Er verfasst eine beeindruckende Zahl von Schriften in ganz unterschiedlichen Fachgebieten. So beschäftigt er sich mit Medizin, Pharmazie, Chemie, Mineralogie, Biologie, aber auch mit der Moralphilosophie. Sogar eine sprachwissenschaftliche Arbeit entspringt seiner Feder, er möchte für die Übersetzung in andere Sprachen ein – so würde man es heute nennen – Tool entwickeln, das auf einer Einordnung der Vokabeln in ein Ziffernsystem beruht. Bechers heute bekanntestes Werk dürfte sein „Politischer Discurs“ (1668) sein, der ihn als einen der führenden deutschen Merkantilisten und Kameralisten ausweist.

Eine lange Nachwirkung haben Bechers Arbeiten auf dem Gebiet der Chemie. Bemerkenswert sind seine Experimente mit Kohle, aus der er Pech und Teer gewinnen kann. Auch hierfür erlangt er in London im März 1681 ein Patent. Für zwei Nebenprodukte der Teererzeugung, die später große Bedeutung erlangen sollten, den Koks und das Leuchtgas, findet Becher allerdings noch keine rechte Verwendung. Dafür befasst er sich intensiv mit dem Verbrennungsvorgang selbst, für den es bis dahin noch keine überzeugende Erklärung gibt.

Manche Stoffe enthalten nach seiner Auffassung eine besondere Substanz, die terra pinguis, die für die Brennbarkeit von Stoffen sorgt. Nach seinem Tod wird daraus von Georg Ernst Stahl die Phlogiston-Theorie entwickelt, die diese feurige Substanz in den Stoffen als Auslöser für die Verbrennung sieht. Die Phlogiston-Theorie findet weite Verbreitung. Erst 100 Jahre nach Bechers Tod wird die Bedeutung des Sauerstoffs für die Verbrennung, aber auch für die Oxidation entdeckt. Auch wenn sich Bechers Theorie zur Erklärung des Verbrennungsvorgangs als falsch erwiesen hat, so hat sie doch die Beschäftigung mit chemischen Prozessen beflügelt.

Sehr originell ist die Schrift „Närrische Weißheit und weise Narrheit“, die er gegen Ende seines Lebens verfasst. In ihr listet er etwa 100 eigene wie auch fremde Projekte auf, die entweder unmöglich erscheinen, aber doch nützlich sein könnten, oder aber umgekehrt vernünftig zu sein scheinen, aber in der Praxis scheitern. Zu letzteren gehört zweifellos der Einsatz von Elefanten in der Landwirtschaft:

Er ist nicht nur räumlich ein rastloser Geist. Stets sind es auch Projekte, die ihn bewegen. So lässt ihn der Gedanke Schiffsmühlen einzurichten, die den Abtransport des Mehls erleichtern sollen, sein Leben lang nicht los. Während er in Mainz für dieses Projekt keine Unterstützung findet, kann er schließlich in Holland und England das Interesse wecken. Hierfür wird ihm in London am 30. August 1681 sogar das Patent verliehen. Wenige Wochen zuvor erhält er das Patent für eine Vorrichtung zum Wickeln von Seide, die er bereits in Holland erprobt hat. Becher befasst sich schließlich während seines ganzen Lebens – erfolglos – mit Pendeluhren, die als perpetuum mobile funktionieren sollen.

Becher propagiert Infrastrukturprojekte wie die Wiederaufnahme der Arbeiten an der „fossa carolina“, dem heutigen Rhein-Main-Donau-Kanal. Dabei geht es ihm einerseits um die Beschleunigung des Warentransports nach Österreich und in die Türkei. Vor allem aber wäre damit die gefährliche Passage durch die Meerenge von Gibraltar vorbei an den Küsten der Korsaren vermieden. Noch weiter greift Becher aus, wenn er auch den Inn in seine Wasserstraße für den Transport nach Oberitalien einbeziehen möchte. Schließlich ist Becher auch Alchimist und versucht sich in der Goldgewinnung. Für seine vielfältigen Projekte braucht er natürlich Geldgeber. Das können in jener Zeit meist nur die Herrscher sein; aber deren Schatullen bleiben oft verschlossen.

Dafür kann sich Becher als Berater zu Fragen der Staatsführung äußern. Ihm liegt die Förderung von Handel und Gewerbe am Herzen. Ganz nach den Prinzipien des Merkantilismus ist der Blick dabei auf das eigene Territorium gerichtet – gegenseitiger Freihandel hat in diesem Konzept (noch) keinen Platz. Die Gewerbeförderung obliegt für Becher dem Staat. Dazu bedarf es eines guten Schul- und Ausbildungssystems einerseits, der Verbreitung technischer Neuerungen andererseits.

Zu diesem Zweck veranlasst er den Bau eines Kunst- und Werkhauses auf dem Mons Tabor in Wien, ein ausgesprochen ehrgeiziges Projekt. Denn es ist für eine ganze Reihe von Gewerbezweigen gedacht. 1676 ist das Haus errichtet, es soll einerseits dem Müßiggang entgegenwirken, andererseits aber auch dem Wissensaustausch dienen. Es ist insoweit eine Mischung aus Arbeitshaus und – wie man heute sagen würde – Technologiezentrum. Ganz nach merkantilistischer Lehre sollen Fachkräfte aus dem Ausland angeworben werden, die neue technische Verfahren beherrschen und umsetzen können. Es ist eines der wenigen Projekte Bechers, das zur Ausführung kommt; doch ihm ist kein Erfolg beschieden. Schon 1681 wird das Haus geschlossen, während der Türkenbelagerung 1683 brennt es auch noch ab.

Die Anwerbung von Fachkräften dient nicht nur wirtschaftlichen Interessen. Geprägt durch die verheerenden Folgen des 30-jährigen Krieges empfiehlt Becher eine „Peuplirungspolitik“. Sie kann aber nur erfolgreich sein, wenn es gute Erwerbsmöglichkeiten, eine auskömmliche Ernährung und angemessene Wohnbedingungen gibt. Eine zu starke Bevölkerungsvermehrung, die zu Lohnverfall und Teuerung führen könnte, befürchtet er nicht, solange hinreichend Güter und Nahrungsmittel für die Bevölkerung produziert werden.

Damit befindet sich Becher in der Position eines Politikberaters. Er entwickelt Vorschläge zur Besteuerung, sie soll maßvoll sein und alle Steuerzahler gleichermaßen erfassen. Mit dem Konzept ist er seiner Zeit durchaus voraus; auch sein Gedanke einer „Luxussteuer“ wird erst lange nach Becher politisches Interesse finden. Schließlich macht Becher auch Vorschläge für das (Verwaltungs-)Personal, das benötigt wird. Er spricht sich für eine angemessene Besoldung aus, um der Korruption keinen Vorschub zu leisten, und empfiehlt sogar die Einführung einer Art von Alterssicherung über eine „Pensionskassa“.