Dompropst Wolfgang von Dalberg gewann am 20. April 1582 die Bischofswahl gegen den streng katholischen Mainzer Domherrn Julius Echter von Mespelbrunn. Letzterer wurde vor allem von den Vertretern der katholischen Restauration unterstützt, musste seine Kandidatur jedoch zurückziehen. Zwar hätte Julius Echter von Mespelbrunn eine einfache Mehrheit auf sich vereinigen können, benötigte aber, da er bereits amtierender Bischof von Würzburg war, eine Zweidrittelmehrheit. Eine solche Majorität konnte nicht gefunden werden, und so wurde Wolfgang von Dalberg, der eher von der vermittelnden Einstellung des verstorbenen Erzbischofs Daniel geprägt war, zum Erzbischof gewählt.

Reichspolitisch verfolgte der neue Kirchenfürst keinen paradigmatischen Wandel, sondern handelte eher zurückhaltend, fast schon ängstlich. Er pflegte gute Kontakte zu seinen katholischen wie auch protestantischen Nachbarstaaten und konnte durch friedliche Vermittlung konfessionelle Konflikte zwischen den Territorien lösen. Zwar setzte er in seinem Erzstift 1583 die Gregorianische Kalenderreform durch, doch bis 1593 schreckte er vor einer strikten Kirchenreform zurück. Erst gegen Ende seiner Regierungszeit veranlasste er Visitationen und erließ Verordnungen im Sinne der Beschlüsse des Trienter Konzils.

Als sich der Erzbischof am Ausgang des 16. Jahrhunderts der Rekatholisierung und Kirchenreform annahm, stieg auch die Zahl der Hexenprozesse erheblich. Bedingt durch Unwetter und Viehseuchen verstärkte sich unter der existenziell bedrohten Bevölkerung die Bereitschaft, Verfolgungen der vermeintlichen Urheber aufzunehmen.

Seit 1590 wurden unter Wolfgang von Dalberg Hexenprozesse zu einem vorrangigen juristischen Anliegen, und überall im Fürstentum wurden Prozesse bestritten. Insbesondere um das Jahr 1593 traten Prozesse vermehrt auf, so dass man von einer ersten Verfolgungswelle sprechen kann. Besonders auffallend und erschreckend ist eine Untersuchung, welche sich in Aschaffenburg, Klein- und Großwallstadt, Damm und Großostheim über einen Zeitrahmen von 1594 bis 1614 erstreckte. Hier sind vermutlich 236 Beschuldigte zu Tode gekommen (Vgl. Pohl, Zauberangst, 116-127; Gebhard, Hexenprozesse, 71-73).

Erstmalig unter dem Erzbischof wurden 1597 ein Konfiskationsedikt und ein Verhörschema speziell zur Hexenverfolgung erstellt. Diese Neuerungen erfolgten im Zuge einer Mainzer Hofgerichtsreform, mit dem Ziel eines behördlichen Zentralismus. Allerdings hatten beide Verordnungen wahrscheinlich zuerst wenig Einfluss auf den tatsächlichen Verlauf während der Prozesse genommen. So wurden beispielsweise noch 1599 die Verhöre in Dieburg ohne jegliches Schema oder Fragekatalog durchgeführt.