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Petrus Faber wurde 1506 als Pierre Favre in Villaret, in Savoyen, als Sohn eines Bauern geboren. Er besuchte zunächst die Lateinschule von La Roche und studierte ab 1525 am Barbara-Kolleg in Paris. Dort war Faber Zimmergenosse von Franz Xaver. Nachdem er 1534 die Priesterweihe erhalten hatte gründete er am 15.08.1534 zusammen mit Ignatius von Loyola, Jakob Laynez, Alfons Salmeron und Nikolaus Bobadilla den Jesuitenorden. Ab 1537 hielt er sich zunächst in Rom auf, ab 1539 war er in Parma tätig. 1540 kam er im Gefolge des päpstlichen Gesandten Ortiz ins Reichsgebiet. Er nahm 1540 am Religionsgespräch in Worms und 1541 an dem Religionsgespräch in Regensburg teil. Nach einem kurzen Aufenthalt in Speyer, wurde er 1542 von Albrecht von Brandenburg nach Mainz gerufen.

Faber gewann Petrus Canisius als ersten deutschen Jesuiten und gründete in Köln die erste jesuitische Niederlassung in Deutschland. 1544 wurde er jedoch von seinem Orden nach Spanien und Portugal gerufen, wo er die Ordensniederlassungen in Valladolid und Coimbra stiftete. Auf seiner Reise zum Konzil von Trient verstarb er  am 01.08.1546 in Rom. 1872 wurde er seliggesprochen.

Als erster Jesuit auf deutschem Boden spielte Petrus Faber eine entscheidende Rolle beim Versuch der katholischen Kirche die Reformation einzudämmen, was er unter Albrecht von Brandenburg auch in Mainz unter Beweis stellte.