Köngernheim wurde in fränkischer Zeit als Ansiedlung von Königsleuten begründet. In der Gemarkung wurde 1892 ein großes fränkisches Gräberfeld gefunden.
Erstmals genannt wird der Ort unter dem Namen "Cuningesheim" im Jahr 782 in einer Güteraufstellung des Klosters Lorsch (Codex Laureshamensis). Spätere Namen sind Cuningernheim (1190), Kungernheim (1268), Kongernheim (1323) und Kennigheim (1413). Man deutet den Ortsnamen als "Heim der Königsleute". Der Ort war früh im Besitz der Wildgrafen, von denen 1190 der Reichsministeriale Werner II. von Bolanden die Gerichtsbarkeit zu Lehen trug. Später gehörte der Ort der oberrheinischen Ritterschaft, in den letzten Jahrhunderten war Köngernheim dann im Besitz der Grafen von Sickingen. Sie geboten über das Dorf bis zu den Eroberungszügen der Franzosen Ende des 18. Jahrhunderts.