Das Stift wurde um 1040 von Graf Eberhard von Nellenburg und seiner Mutter Hedwig als Eigenkloster gegründet. Im Jahr 1130 wurde es von Graf Meginhard von Sponheim, dessen Ehefrau Mechthild eine Enkelin des Stiftsgründers war, dem Mainzer Erzbischof Adalbert unterstellt. Der Mainzer besetzte das Kloster mit regulierten Chorherren des Augustiner-Ordens, die ihren Vorstehr aus ihrer Mitte erwählen sollten. Ebenso sollte der Ortspfarrer aus ihrer Mitte genommen werden und schließlich sollte Graf Meginhard und von dessen Nachkommen demjenigen, dem Burg Dille zufalle, die Schirm- und Klostervogtei des Klosters zustehen. 1229 setzt Papst Gregor IX. die Zahl der Kanoniker auf 18 Personen fest. Zur Vermehrung des Stiftsfonds übertrug im Jahr 1240 Graf Simon II. von Sponheim dem Kloster das Patronatsrecht der Kirche zu Hackenheim und seine Witwe Margareta schenkte ihm 1265 das bachhaus in Sprendlingen. Weitere Zuwendungen machten in dieser Zeit der Mainzer Erzbischof Gerhard I. (1258) und Rheingraf Siegfried II. (1287). Grund für diese Schenkungen war, dass zwischen 1230-1260 die Abteikirche neu gebaut wurde (1308 geweiht).

Unter Kurfürst Johann Wilhelm schickte, auf Antrag der Katholiken von Pfaffen-Schabenheim und der umliegenden Ortschaften, der Prior des Klosters Eberhardsklausen bei Trier den Bruder Ignaz Antonius Martels 1697 dahin, der in der Klosterkirche, die nunmehr Simultankirche wurde, die erste heilige Messe las. 1699 pachtete Martels, dem noch zwei Brüder nachgesandt worden waren, von der Geistlichen Administration in Heidelberg alls Klostergüter und Klostereinkünfte. Jetzt konnten die Chorherren wieder einen förmlichen Konvent einrichten, der die Verwaltung der Pfarreien Pfaffen.Schwabenheim, Badenheim, Ober-Hilbersheim, Welgesheim und Zotzenheim übernehmen sollte.. Martels wurde Propst und starb als solcher im Jahr 1740.

Im folgten noch vier Pröpste nach, bis 1802 das Kloster aufgehoben wurde. 1803 wurde Pfaffen-Schwabenheim Succural-Pfarrei. Kirche und Klostergebäude wurden den Pfarrei vorläufig übergeben und 1806 wurde ihr das Hauptgebäude samt Garten überwiesen. P. Stanger, ehemals Mitglied der Kanonie, wurde zum Pfarrer ernannt. 1808 wurde die katholische Gemeinde der Pfarrei Badenheim Filiale der Kirche.

Im Jahr 1811 trat der Kirchenfabrikvorstand dem Bischof Colmar von Mainz die ehemaligen Klostergebäude ab, um die Errichtung eines Priesterhauses zu ermöglichen. Da sich die Gebäude nicht zu Einrichtung eines Eremitenhauses eigneten (1821 geplant) wurden sie 1833 für 8.000 Gulden an die Gemeinde verkauft. Die Kirche blieb Simultankirche, bis sie 1910 in das Eigentum der Katholiken überging, die den Evangelischen 20.000 Mark Entschädigung zahlten. Die Kirche wurden von der katholischen Gemeinde durchgreifend restauriert.