Bei diesen Sprengungen soll auch die Gruft Hildegards aufgerissen worden sein. Peter Bruder schreibt anno 1882: "Im Jahre 1858 beim Durchbrechen des Berges zum Zwecke der Bahnanlage sah man noch dieses Gewölbe. Es war einer Gruft ähnlich, gemauert, mit viereckigen Fließen geplättet, von Mannshöhe; das Innere füllte Schutt, sonst war nichts zu entdecken." Der enthaltene Sarkophag war einer zeitgenössischen Zeitungsmeldung zufolge aus der aufgesprengten Gruft geborgen und nach oben geschafft worden. Weiter schreibt Peter Bruder: "Beim Anlegen eines Kellers im Jahre 1851 stießen die Arbeiter auf Begräbnißstätten, Gebeine etc. An den Schädeln waren die Kopfkränzchen noch deutlich erkennbar, welche den Nonnen in den Sarg mitgegeben werden."

Hier sind wohl die Nonnengräber unter dem Kirchenfußboden ausgehoben worden. Die angegebene Jahreszahl 1851 ist interessant, weil der Gasthof "Zum Rupertsberg", das Herthersche- und heutige Würthsche Haus (Rupertsberg 16) über dem Keller, welchem die Nonnengräber weichen mussten, also dem Mittel- und südlichen Seitenschiff der Kirchenruine erbaut worden ist. Gesichert ist, dass das Haus 1819 noch nicht stand und wohl auch noch nicht 1851, wollte man es nicht nachträglich unterkellert haben. Sehr wahrscheinlich wurde es erst nach den Sprengungen für die Bahntrasse 1857/58 über dem Keller von 1851 errichtet. Noch um 1790 bot die Ruine der Klosterkirche dieses Bild:

Auf dieser Abbildung kann man erkennen, dass die westliche Giebelwand der Kirche um 1790 bereits fast vollständig fehlte und sich nur im Westgiebel des südlichen Seitenschiffes, der damals die später in das südliche Seitenschiff eingebaute Marienkapelle abschloss, erhalten hatte. Der Westgiebel des Hochschiffs war von einem quer zum Kirchengiebel stehenden Wohnhaus überbaut, dessen östliche Traufseite etwa auf der Achse der von Westen zweiten, vermauerten Arkade gestanden haben musste. Bis dorthin reichte das nördliche Seitenschiff nach Westen. Die westlichste Arkade der nördlichen Hochschiffwand scheint mit Blick auf die Abbruchkante der Hochschiffwand entlang der Ostkante des westlichsten Fensters zum damaligen Zeitpunkt bereits nicht mehr existiert zu haben. Die westliche Traufseite des über dem Westen des ehemaligen Hochschiffs errichteten Wohnhauses überflügelt die Kontur des ehemaligen Kirchengiebels gar. Insgesamt lässt sich dieser Grundriss erkennen:

Daraus folgt, dass der Gasthof "Zum Rupertsberg" die westliche Giebelwand der Kirche nicht einschließen kann, weil sie, als er erbaut wurde bereits nicht mehr existierte. Man hätte sie in Fortsetzung der Giebelwand der aufgegebenen Marienkapelle rekonstruieren müssen. Nach dem Abbruch des kleinen barocken Wohnhauses hatte man (von Pater Otto bereits 1779 als "Hofhaus" angegeben) zwar im Süden - dank der Marienkapelle - noch eine Hochschiffwand vorgefunden, die ihre ursprüngliche Ausdehnung nach Westen aufwies, nicht aber im Norden, wo sie über dem ersten westlichen Pfeiler endete. Statt die nördliche Hochschiffwand nach Westen zu rekonstruieren, richtete man sich nach der etwas geringeren Westausdehnung der nördlichen Hochschiffwand und die Westwand des Gasthofes (heute Haus Würth) westlich an die ersten westlichen Hochschiff-Pfeiler an. Diese Beobachtung wird sich noch als bedeutsam erweisen.

Leider schweigt Peter Bruder vollständig über die Marienkapelle (?), welche in den vier westlichen Jochen des südlichen Seitenschiffes der Basilika irgendwann nach der Zerstörung der Klosterkirche 1632 notdürftig eingerichtet worden war. Die Aufhebung dieser Kapelle muss dem Bau des Hertherschen Gasthofes, der sie fast vollständig überformen wird, voraus gegangen sein. Gut denkbar ist die Aufgabe dieses Oratoriums in der Zeit nach 1839, im Zuge der Planungen für die Eisenbahnlinie.

Seit 1998 existieren fotogrammetrische Bauaufnahmen des Landesamtes für Denkmalpflege in Mainz vom ehemaligen Gasthofes "Zum Rupertsberg". Diese wurden angefertigt, weil man von jeher weiß, dass sich in in dem Gebäude Reste der südlichen Hochschiffwand der abgebrochenen Klosterkirche befinden, die nach den Sanierungsarbeiten in Folge eines Brandes in dem Gebäude wieder sichtbar gemacht worden waren. Projiziert man diese Bauaufnahme-Zeichnung

in den auf dem Grundriss, Abb. III rekonstruierten Schnitt der Kirche, so ergibt sich dieses Bild:

Auch von der Süd-Ost- Seite der Klosterkirche besitzen wir eine Ansicht. Dieser Prospekt ist von J. A. Ackermann, um 1790, vom Fluss aus gesehen:

Daniel Meisner (Abb. XV) gibt sie um 1620 (gedruckt später) jedoch im Mauerverband mit dem Kloster an und zwar in etwa an dessen Nord-Ost-Ecke, dort wo 1852 Herter sein Gärtchen an Höfler verkauft hatte.

Hätte sie aber im Mauerverband mit dem Kloster gestanden, hätte sie 1857 beim Eisenbahnbau dem Gleisbau weichen müssen.
Die Nikolauskapelle stand an ihrem ursprünglichen Platz aber noch nachweislich 1957 (Datum des Luftbildes Abb. XIV) und auch noch 1958 (Datum des Fotos, das hier in Umzeichnung wiedergegeben wird, Abb. XVI) Sie wurde 1958 zwar neu aufgebaut und in einen sie in Nord-Südrichtung überflügelnden Profanbau integriert, aber es handelte sich im Kern, dem "drei Sechstel-Schluss", etwas von den Seitenwänden und den Strebepfeilern, aber immer noch um den historischen Bau, der auch 1632 von den Schweden zerstört worden und 1790 (Darstellung von Ackermann, Abb. XVI) noch nicht wieder aufgebaut war.
Möglicherweise ist die Ruine auch erst in den 1850er Jahren im Zuge des Eisenbahnbaus und für den Eisenbahnbetrieb als Profanbau wieder hergestellt worden?

Zwischen Südgiebel des Dormentbaus (östlicher Klausurflügel) und Ostgiebel des Refektoriums (südlicher Klausurflügel) ist die Klosterküche angenommen. Mit ihrem Kamin könnte sie dem Dormitorium etwas Wärme gespendet haben und eine Anbindung an den Speisesaal wäre auch gewährleistet gewesen. Sollte sich, wie der Herter-Plan vermuten lässt, in diesem Bereich tatsächlich ein Brunnen befunden haben, so wäre das sicher kein Argument gegen eine Küche an dieser Stelle.

Der westliche Klausurflügel ist Pater Ottos Angabe folgend (Abb. XI) im Grundriss in drei Abschnitte geteilt angenommen. Der zuletzt erhaltene - oder (ohne Rundbogenfenster) nach 1632 wieder aufgebaute - war der südlichste Abschnitt, den Pater Otto 1779 zweigeschossig als "Kelterhaus und Keller" bezeichnet und das von Osten gesehen Ackermann (Abb. X) um 1790 bezeugt. Dieses Gebäude scheint Franz Herter zu Folge noch 1819, bzw. später, als "Zollamt, resp. Jetziges Beamtenhaus" weiter bestanden zu haben. Vom aufgehenden Mauerwerk des übrigen westlichen Klausurgebäudes ist um 1790 ansonsten nur noch der untere Teil der Westfassade erhalten gewesen und darin das nördliche Tor, welches ehemals in das Bauwerk geführt hatte und nach dessen Zerstörung in den Kreuzgarten. Herter gibt in seinem Plan von 1819 diese Mauer mit dem Tor nicht an. Vielleicht ist sie beim Verkauf des Kelterhauses an die Zollbehörde und die Zuschlagung der angrenzenden Flächen abgetragen worden? Die Zuschlagung der angrenzenden Flächen zum Beamtenbau, insbesondere der nördlichen Fläche wäre sinnvoll gewesen, befand sich darunter doch der von Pater Otto erwähnte Keller. Wenn es im Grundriss des Gebäudes drei Abteilungen gab, die anscheinend unabhängig von einander zugänglich waren (je ein Tor im Süd- und Nordkompartiment), so kann man wohl auch ein Tor in der Gebäudemitte annehmen.

Der Baukörper gegenüber der Westfassade der Kirche könnte der gewesen sein, den Franz Herter als seine "Stallung" bezeichnet. Dass an dieser Stelle gegenüber dem Haupteingang der Klosterkirche schon zu Hildegards Zeiten Nutzvieh gehalten worden war, darf man wohl bezweifeln. Es erscheint sogar unsicher, ob es an dieser Stelle überhaupt je ein Bauwerk gegeben hatte. Allerdings müssen auf dem Klostergelände Profanbauten gestanden haben, um den Betrieb zu gewährleisten. Es scheint einigermaßen sinnvoll, an der Stelle an welcher der "Wallweg" "nach der Chausse" abknickt, in der Klostermauer eine Pforte anzunehmen, durch welche das Kelterhaus gut von den umgebenden Weinbergen aus anzufahren gewesen wäre. In Verbindung mit dem hypothetischen Profanbau an Stelle der Herterschen Stallung ließe sich so ein Wirtschaftshof in der Süd-West-Ecke des Klosterareals denken, der nach Norden und der Kirche hin sogar durch eine ca. 8m kurze Mauer ganz vom übrigen Klostergelände abzutrennen gewesen wäre. Dieser Hof böte entlang der Umfassungsmauer noch einiges Potential zur Errichtung benötigter Wirtschaftsgebäude.

An der Stelle, an der die westliche Klostermauer nach Nord-Osten schwenkt, ist als Turm wohl die erhöhte Stelle angenommen, die laut Peter Bruder, im Rupertusbüchlein 1882, im Volksmund als "die Kanzel" bezeichnet worden war. Ihre Rekonstruktion basiert auf einem farbigen Aquarell von Caspar Schneider "Ruine des Klosters auf dem Rupertsberg" von um 1790.

Man erkennt sehr deutlich die Ruine eines Turmes, der offenbar vor einer Mauer, in die er nicht eingebunden gewesen zu sein scheint, errichtet worden war. Die dahinter stehende Mauer zeigt rechts einen (gotischen) Strebepfeiler, der statisch nicht notwendig gewesen wäre, wenn seine Funktion zuvor schon vom Turm übernommen worden wäre. Links weist die Mauer eine zugesetzte, rundbogige Tür in einer Mauernische auf. Bei dieser, gegenüber der Mauerfläche etwas zurückspringenden Nische, dürfte es sich um ein ebenfalls zugesetztes Tor in der Klostermauer gehandelt haben. Wann beide entstanden und wieder zugesetzt worden waren, lässt sich anhand dieser Darstellung nicht klären.
Von dem Turm lässt sich einigermaßen sicher ersehen, das es sich bei ihm um eine nachträgliche, fortifikatorische Maßnahme handelt. In seinem Fuß erkennt man noch Spuren einer rund- oder spitzbogigen Türöffnung. Dahinter sieht man die Reste einer steinernen Spindeltreppe. Die rückwärtige Mauerschale ist höher erhalten, als diejenige, auf die der Chronist geblickt hatte. Man kann sich gut vorstellen, dass diese Situation gut geeignet war, darin etwas einzurichten, dass im späteren 19. Jahrhundert noch als Kanzel in der Nähe des nördlichen Seitenschiffes der Kirche, vor deren Hof sich die Pilger versammelten und von welcher der Prediger an Wallfahrtstagen auf dem Rupertsberg das Wort Gottes verkündete, gedient haben konnte.
Da der Eingang zum Turm - falls er eine fortifikatorische Maßnahme war und nicht mitten auf dem "Wallweg" gestanden und diesen blockiert haben sollte - sich gegen den Klosterhof geöffnet haben müsste, ist das Aquarell von der Kirche aus gemalt worden sein. Der Strebepfeiler, hatte demnach östlich des Turmes gestanden und das Tor westlich davon. Der Strebepfeiler ist interessant, weil er - seine statische Notwendigkeit für die Standfestigkeit der Mauer vorausgesetzte - die in einer Abknickstelle der Mauer natürlich geringer war als auf gerader Strecke - davon zeugt, dass die Mauer insbesondere auf ihren geraden Strecken regelmäßig von derartigen Stützen aufrecht gehalten worden war. In der vorliegenden Rekonstruktion sind also an die Klostermauer angebaute Gebäude in den hypothetischen Rhythmus dieser Stützpfeiler eingefügt.
Das gilt insbesondere für die beiden weiter östlich gelegenen Grundrissquadrate, die dort angenommen sind, weil es sich hier um einen idealen Bauplatz handelt, von dem man sich schlecht vorstellen kann, dass er unbesetzt geblieben sein könnte. Direkt unter ihm und östlich anschließend ist (unterhalb einer kleinen Böschung?) auf dem Grundstück, das Herter als "1852 an Höfler verkauft" bezeichnet, ein weiteres, stark durchfenstertes, eingeschossiges Gebäude angenommen. Auf diesen Bau gibt es wahrscheinlich einen konkreten Hinweis:

Im Gegensatz zu seiner Ansicht des Klosters von der Nahe aus (Abb. X), die durchaus auch um 1800 entstanden sein kann, ist diese auf trockenem Boden entstanden. Der Künstler muss im Schatten von etwas großem gesessen haben. Was, ist nicht zu erkennen - vielleicht ein Baum? Die topografische Situation ist gekennzeichnet durch den sich unten y-förmig gabelnden Weg. Dessen oberer Ast steigt stärker an und läuft schräg auf eine Mauer - den Rest eines befensterten Gebäudes - zu. Der Weg strebt dann in der Mauerflucht des Bauwerkes leicht abschwenkend weiter bergan. Diese topografische Situation findet sich nur an einer einzigen Stelle des Klosterareals, so wie es von Herter überliefert ist: an dessen Nord-Ost-Ecke. Ganz offensichtlich an der Ecke des Gärtchens (blau mit gelben Wegen), aber nur theoretisch auch eine Mauerecke weiter südlich. Wenn man den Standort Ackermanns beim Malen dieses Aquarells also an der Nord-Ost-Ecke des Klosters annimmt, kommt das Licht von Süd-Ost - ex oriente lux.
Im Hintergrund fällt sofort die Befensterung der Nordmauer eines ursprünglich wohl einstöckigen Gebäudes auf, an welchem der Weg bergan vorbei führt - eine Kette romanisch aussehender Rundbogenfenster. Sollte es die in der Literatur erwähnte Schule gegeben haben, so könnte man sie sich hier sehr gut vorstellen. Im Vordergrund erkennt man auf den Schatten einer abgegangenen Mauer und einen dahinter liegenden Mauerwinkel. Dieser und der davor liegenden Mauerstreifen könnten zu einer baulichen Struktur gehört haben? Man könnte das Bild so verstehen, dass ein Bauwerk auf annähernd quadratischem Grundriss in die nordöstliche Mauerecke von Nord- und Ostmauer (des Gärtchens) eingeschoben worden ist. Genau so gut könnte ein solcher Baukörper an die Nord-Ost-Ecke herangeschoben worden sein, denn der Mauerblock, den man in der Bildmittelachse, ganz links sieht, weist kurz vor dem linken Blattrand eine vertikale Kontur auf, hinter der die Fläche wieder zurück springt, so als wäre dieser Block unterer Rest einer Quermauer. Leider behindern die vom Künstler auf den verschiedenen Mauerflächen angegebenen Schattenflächen die Orientierung des Betrachters mehr als sie diese befördern. Herter gibt hier eine unversehrte Ecke an, zeichnet davor aber ein Quadrat ein in das er etwas schreibt, das sich als "Kelterhaus" entziffern ließe.

Das Aquarell Ackermanns könnte man auch so lesen, dass sich ein - wahrscheinlich erst später hinzugefügtes Torhaus (Abb. XXIII) ergäbe. Leider lässt sich kein Anhaltspunkt dafür finden, wie dieses eventuelle Torhaus zu datieren wäre. Auch deshalb ist in dieser Rekonstruktion darauf verzichtet worden.

Mit der Frage nach einem Torhaus stellt sich die Frage der baulichen Verbindungsstelle des Konvents mit der Aussenwelt. In dieser Rekonstruktion ist sie als schlichte Pforte - ein kleines Tor - in der Mauer angenommen, auf welche der südlich des Herterschen Gärtchens nach Westen abknickende Weg ansteigt. Nördlich dieser Stelle scheint Herter eine Böschung anzugeben. In der Rekonstruktion berühren sich hier der oberhalb liegende Wirtschaftsbau und das etwas tiefer liegende mögliche Schulhaus, so dass die Mauer mit dem Tor zum Klosterareal eine Fortsetzung der östlichen Giebelwand des oberen Gebäudes darstellt. Links der Pforte ist ein größeres Gebäude angenommen. In der Literatur kämen dafür insbesondere drei Funktionen in Frage: Sommerhaus, Propstbau und Gästehaus. Gut möglich, dass der Propstbau gleichzeitig Sommer- und Gästehaus gewesen war. Da man im Mittelalter sparsam mit Mauerwerk umging und gerne vorhandene Mauern nutzte, ist die nördliche Giebelwand des hypothetischen Propstbaus als vertikale Verlängerung der den Weg zur Pforte südlich begleitenden Stützmauer angenommen. Das bringt mehrere Vorteile: man kann die ohnehin unerlässliche Stützmauer nutzen, man kann auf dem vorhandenen, begrenzten Bauplatz größer bauen, man erhält eine gute Anbindung an den Zugang zum nördlichen Seitenschiff und man kann so bauen, dass der Schmuckgiebel am Turm über dem Abgang zur Krypta nicht verdeckt wird. Die umfassende Stützmauer vor der Flussseite des Klosters wies laut Herter etwa in der Flucht des angenommenen Probstbaus eine etwa halbkreisförmige Ausstülpung auf. Sehr wahrscheinlich ein späterer Wehrerker - wohl im Zusammenhang mit den von Meisner in diesem Bereich angegebenen Mauerzinnen C.

In der Rekonstruktion des Hildegard-Klosters ebenfalls nicht berücksichtigt ist der östliche Anbau in der Flucht des Südturmes der Kirche, dessen Baunarbe Ackermann angibt (ABB. X), weil er ebenfalls eine spätere Zufügung sein könnte. Mit seinem laut Ackermann (ABB. X) unterhalb des Turmzugangs des Dormentbaus (rundbogig) gelegenen Zugangs (spitzbogig) zur Mauertreppe im Südturm, böte er theoretisch die selben günstigen Voraussetzungen für einen Schlafssal, wie das Dormitorium selbst, was ihn aber wohl noch besser als Arbeitsraum der Nonnen geeignet erscheinen lässt.
Auf jeden Fall trennt er den der Klausur östlich vorgelagerten Hof derart in einen südlichen und einen nördlichen Abschnitt, dass der südliche fortifikatorisch betrachtet zum Zwinger wird (vielleicht trägt seine äußere Mauer deshalb keine Mauerzinnen siehe Daniel Meisner).