Nachdem seine provokanten Thesen bis an den Kaiserhof vorgedrungen waren, verließ Hofmann, wohl nicht ganz freiwillig, die Großstadt Wien und kehrte in seine Studentenstadt Mainz zurück, wo er sich erfolgreich auf den Lehrstuhl für Philosophie bewarb. Durch die Universitätsprofessur ermutigt, veröffentlichte Hofmann im Jahr 1784 seine erste bedeutende wissenschaftliche Abhandlung „Über die heimliche Lehrart der Alten und die der Neueren in lateinischer Sprache“. In dieser forderte er dazu auf, Latein als Schrift- und Gelehrtensprache endgültig abzuschaffen, damit Wissenschaft und Religion endlich auch einer breiteren Bevölkerung zugänglich würden. Hofmann selbst beherrschte neben Latein diverse Fremdsprachen, Griechisch, Französisch, Italienisch und Englisch, in Perfektion. [Anm. 4]

Hofmann war Anhänger der Kantischen Philosophie der Aufklärung und verkehrte nicht nur in Lesegesellschaften, sondern darüber hinaus auch in den noch jungen Kreisen des 1776 gegründeten Illuminatenbunds.[Anm. 5] Im Juli 1789 vernahm er, wie viele andere Intellektuelle seiner Zeit, mit großer Zustimmung die Nachrichten aus dem nahen Frankreich. Seine tiefe Begeisterung für die Errungenschaften der französischen Revolutionäre und ihr Streben nach Liberté, Egalité und Fraternité sollten Hofmanns Leben nachhaltig prägen.

Seine eindeutig prorevolutionäre und „unorthodoxe“ [Anm. 6] Haltung verbarg er nicht und lobpreiste vom Katheder aus die französischen Ideale. Im Sommer 1792 und damit wohlgemerkt erst nach drei Jahren folgten die ersten Konsequenzen für Hofmann: Im Auftrag des Kurfürsten von Mainz verhörte der Prorektor der Universität, Johann Michael Hettersdorf, die Schüler des Philosophieprofessors. [Anm. 7] Sie sollten Aussagen zu den Inhalten von Hofmanns Vorlesungen treffen. Dass das Verhör einen halbherzigen Versuch darstellte, Hofmann für seine politischen Äußerungen zur Rechenschaft zu ziehen, zeigt die bloße Verwarnung, die der Professor im Anschluss erhielt.

Dies ist umso erstaunlicher, als der Kampf gegen die französischen Ideale an anderer Stelle, d.h. auf dem Schlachtfeld, derweil neue Züge annahm. Der Wendepunkt erfolgte Ende September 1792 in der Nähe des französischen Valmy. Hier gelangte das preußische Truppenkontingent der Koalitionsarmee nach einem Artillerieduell zum Stehen und musste sich zurückziehen, der Sturm der Interventen auf Paris war beendet. Es folgte die französische Gegenoffensive in Richtung Rheinland von Landau durch die Pfalz nach Rheinhessen.

Diese Radikalität und Unangepasstheit im verbalen Kampf um die revolutionären, aber auch moralischen Ideale bescherten Hofmann bis an sein Lebensende und darüber hinaus ein hohes Ansehen. [Anm. 14] So kam es, dass er am 17. März 1793 in einer Stichwahl gegen Georg Forster zum Präsidenten des „Rheinisch-Deutschen Nationalkonvents“ gewählt wurde, des ersten nach demokratischen Prinzipien gewählten Parlaments auf deutschem Boden. Bezeichnend für die Demokratiegeschichte Deutschlands war ebenso der Folgetag, der 18. März 1793. An diesem Tag rief Präsident Hofmann, auf dem Balkon des Deutschhauses stehend, die erste deutsche Republik, den „Rheinisch-Deutschen Freistaat“, aus.

In seiner Funktion als Präsident spiegelte sich Hofmanns radikale Position besonders deutlich wider. Eine Opposition gab es nicht und durfte es auch nicht geben, denn es ging darum, interne Geschlossenheit zu verkörpern: Abweichende Meinungen bezogen sich so weniger auf inhaltliche, sondern vielmehr auf Verfahrensfragen, Debatten und Diskussionen dienten der Demonstration der „ideologischen Geschlossenheit“ [Anm. 15] Als sich auf der Sitzung vom 21. März der Mainzer Professor Karl Westhofen offen gegen die vorgesehene Vereinigung mit Frankreich aussprach, wurde er von der „Rednerbühne heruntergejagt (...) mit dem Beifügen von Hofmann, dass es die Franzosen nicht anders haben wollten“ [Anm. 16]

Hofmann sollte jedoch nicht nur der erste, sondern auch der einzige Präsident des Konvents bleiben. Die Enttäuschung von Valmy war überwunden und neu gestärkt war die Koalitionsarmee bereits seit Jahresende 1792 gegen die französischen Besatzer erneut ins Feld gezogen. Mit Frankfurt war am 2. Dezember die erste Stadt wieder in deutschen Besitz gelangt. Im März 1793 blickte man, zumindest seitens derjenigen, die sich selbst als „Befreier und Befreite“ [Anm. 17] verstanden, voller Sorge auf die Kriegsgeschehnisse, die sich nun rasant und zum Nachteil der Franzosen entwickelten.

Mainz wurde zum letzten französischen Stützpunkt. Mitte April begann die Belagerung und Isolation der Stadt, im Juni folgte die Beschießung. Am 23. Juli 1793 mussten die Franzosen kapitulieren, die revolutionäre Mission war gescheitert. Während viele der Mainzer Jakobiner in preußische Haft kamen, konnte Hofmann gemeinsam mit den französischen Besatzungstruppen abziehen. Angesichts der im September 1793 angebrochenen Zeit der Terreur und der damit einhergegangenen fremden- und ausländerfeindlichen Stimmung, handelte es sich auch für die Exilanten keineswegs um ein sorgenfreies Leben im post-revolutionären Frankreich. [Anm. 18]

Dass Hofmann noch während des Krieges aktiv für die französische Annexion des Rheinlandes geworben und sich damit für die „Cisrhenanische Republik“ ausgesprochen hatte, war den Franzosen positiv in Erinnerung geblieben. Nur so ist es zu erklären, dass sie im Jahr 1798 mit Hofmann einen Deutschen zum Generaleinnehmer von Donnersberg ernannten, dem höchsten Amt der Finanzverwaltung eines Departements: Prinzipiell wurden mehrheitlich Franzosen für leitende Funktionen in den zu integrierenden Gebieteneingesetzt, so waren unter den 36 Direktoren, die von 1800–1813 der Finanzverwaltung vorstanden, 30 gebürtige Franzosen, ein Niederländer, ein Engländer und vier Deutsche, darunter Hofmann. [Anm. 21] Doch ebenso wie das Präsidentenamt, hatte der Mainzer Jakobiner diese Position nur für einen relativ kurzen Zeitraum inne: Bereits 1803 wurde er seines Amtes enthoben, da ein ihm unterstellter Beamter eine hohe Summe an Steuergeldern, genauer 750.000 Francs, veruntreut hatte. [Anm. 22]

Kurz vor dessen abrupten Amtsenthebung wollte der derzeitige Konsul Napoleon Bonaparte am 25. September 1801 Hofmann noch zum Mitglied der Legislative befördern, doch dieser lehnte ab, „die zunehmende Machtfülle des kleinen Cäsars“ [Anm. 23] soll ihn davon abgehalten haben.

Der 52-jährige Hofmann war „politisch ermüdet“ [Anm. 24] als er sich 1804 ins Private nach Winkel im Rheingau zurückzog, wo er noch über 40 Jahre verbrachte. Trotz seiner politischen Enthaltsamkeit geriet Hofmann auch in vier Dekaden bei seinen Zeitgenossen nicht in Vergessenheit. Einerseits erinnerte sich das Ancien Regime während der 1815 beginnenden Restaurationszeit wieder an den radikalen Mainzer Jakobiner, sodass im Zuge der „Demagogenverfolgungen“ auch sein Haus einer provisorischen Durchsuchung unterzogen wurde. Auf dem Wiener Kongress von 1814/15 hatte sich der europäische Adel darauf verständigt, jegliche revolutionären Tendenzen bereits in ihren Anfängen unterbinden zu wollen.

Andererseits vergaß auch die Generation des Vormärz den eloquenten Wortführer von 1792/93 nicht und bezeichnete ihn liebevoll als „lebende Koryphäe“ [Anm. 25]. Auch Johann Adam von Itzstein besuchte Hofmann auf seinem Landgut. [Anm. 26] Dieser war ebenfalls Mitglied im Mainzer Jakobinerklub gewesen und zudem der Initiator des „Hallgartenkreises“, der später, von namenhaften „48ern“ wie Robert Blum besucht, zu einer der Keimzellen der Frankfurter Nationalversammlung wurde.

Nachdem er, vermutlich endgültig jeder Hoffnung an ein republikanisches Deutschland beraubt, noch das Scheitern der Märzrevolution erlebt hatte, verstarb Andreas Joseph Hofmann 1849 in Winkel im hohen Alter von 97 Jahren. Seine Beisetzung organisierte seine Tochter Charlotte Sturm und erfolgte unter Ausschluss der Geistlichkeit.

Hofmann zählte wohl zu den „revolutionärsten der Revolutionäre der Mainzer Republik“ und konnte sich bei seinen Zeitgenossen als „volksnaher, unerschrockener Kämpfer für Freiheit und Gerechtigkeit“ profilieren. [Anm. 27] Er gehörte zu jenen Jakobinern der ersten Generation, die die Grundlage für die Mainzer Republik schufen und beim Aufbau der französischen Herrschaft nach 1798 in der Verwaltung französische Direktiven umsetzten „ohne jedoch entscheidend neue Akzente setzen zu können“ [Anm. 28].

Obwohl Hofmann damit die These zu bestätigen scheint, dass ehemalige Revolutionäre unter dem autokratischen System Napoleons nahezu keine eigenen Entfaltungsmöglichkeiten besaßen, zeigt sein Beispiel, dass eine rigoros republikanisch-demokratische Gesinnung dadurch nicht notwendigerweise erlöschen musste. Hofmanns Haltung stellte vielmehr eine Konstante und Kontinuität dar zwischen Französischer Revolution, Vormärz und gescheiterter 1848er-Revolution und wurde damit zum Vorbild für alle diejenigen, die sich nach einem vereinten Deutschland und dem Ende des „Despotismus“ der Fürsten sehnten.

Als Hofmanns ehemaliger Student und österreichische Staatskanzler Fürst Klemens von Metternich ihn 1846 auf den nahegelegenen Johannisberg einlud, erteilte er diesem eine grobe Absage. [Anm. 29] Auch wenige Jahre vor seinem Tod blieb Hofmanns Ressentiment gegen das Ancien Regime ungebrochen.