Die erste urkundliche Erwähnung von Bockenau geht auf den Grafen Eberhard von Sponheim (987-1044) zurück. In einer Urkunde von 1044 wurde Bockenau damals noch „Bogenau“ geschrieben. [Anm. 1] Bockenau gehörte zu der Zeit zur Vorderen Grafschaft Sponheim, die ihren Sitz auf der Kauzenburg in Bad Kreuznach hatte. [Anm. 2]

Fundstücke wie Steinbeile und Scherbenreste bei Bockenau verweisen jedoch bereits auf eine Besiedelung in der jüngeren Steinzeit (3.500-1.800 v. Chr.). Aus der nachfolgenden Bronzezeit (1.800-700 v. Chr.) können Zuwanderungen im Rahmen von Völkerwanderungen angenommen werden. Die nächsten Fundstücke stammen aus der Eisenzeit, circa 600 v. Chr., in Form von keltischen Grabhügeln, die in der Nähe von Bockenau gefunden worden. [Anm. 3] Aus der Römerzeit um circa 50 v. Chr. bis 500 n. Chr. sind Münzen in der Gegend gefunden worden, die in das 3. und 4. Jahrhundert n. Chr. datiert werden. [Anm. 4] Bockenau gehörte damals zur römischen Provinz Obergermanien (Germania superior). [Anm. 5] Aus der danach folgenden Zeit bis ins frühe Mittelalter hinein gibt es keine Besiedelungsspuren.

Nach der französischen Revolution geriet das gesamte linksrheinische Gebiet, darunter auch Bockenau, unter französische Herrschaft. [Anm. 12] Nach dem Wiener Kongress und dem Anschluss der linksrheinischen Gebiete an Preußen wurde Bockenau 1816 dem von Preußen gegründeten Landkreis Bad Kreuznach zugeordnet. [Anm. 13]

Ab 1896 führte eine Kleinbahn zwischen Bad Kreuznach und Winterburg über Bockenau. [Anm. 14] Die Bahn bewirkte eine Teilindustrialisierung des Gebietes und u.a. auch die Inbetriebnahme eines Steinbruchs. [Anm. 15] Die Strecke musste 1936 aus wirtschaftlichen Gründen eingestellt werden. [Anm. 16] 1903 wurde der Grundstein für die katholische Kirche gelegt. [Anm. 17]

Ende des 19., Anfang des 20. Jahrhunderts entstanden Handwerkstraditionen um die Knopfindustrie und die Metallverarbeitung in Bockenau. Die damalige Schmiedewerkstatt Johann Hay GmbH & Co. KG eröffnete 1925 ihren Standort in Bockenau. 1951 wurde sie zur Zahnradfabrik erweitert. [Anm. 18] Auch das Töpfer- und Küferhandwerk war zu der Zeit in Bockenau üblich. [Anm. 19]

Wegen des Zweiten Weltkriegs konnte die 900-Jahr-Feier von Bockenau im Jahr 1944 nicht begangen werden. Daher wurde das 950-jährige Jubiläum im Jahr 1994 gefeiert. [Anm. 20]

Seit einer Verwaltungsreform, bei der 1970 die Verbandsgemeinde Rüdesheim/Nahe entstand, gehört zur Bockenau zu dieser Verbandsgemeinde. [Anm. 21] Der Verbandsgemeinde gehören 32 eigenständige Ortsgemeinden an, der Verwaltungssitz ist in der namensgebenden Gemeinde Rüdesheim an der Nahe.