Endlichhofen wurde erstmals im Jahre 1296 schriftlich erwähnt. Bis 1526 wurde Endlichhofen noch als „Endelengobe“ (1361) oder „Endelingoben“ (1400) bezeichnet, was in etwa „zu den Höfen des Andeling“ bedeutet. Es handelte sich also wohl ursprünglich um die Niederlassung eines Mannes namens Andeling.

Im Mittelalter gehörte Endlichhofen zum Landgericht der vier Herren auf dem Einrich. Das bedeutete, dass der Ort vier verschiedenen Autoritäten unterstand: Den Grafen von Hessen, Nassau, Oranien Usingen und Weilburg. Aus dieser Konstellation ergaben sich häufig Schwierigkeiten für die EinwohnerInnen, die als Leibeigene verschiedene Verpflichtungen und Abgaben zu leisten hatten. Mitte des 14. Jahrhunderts kam Endlichhofen in den Besitz der Grafen von Nassau und gehörte zu Miehlen.

Mutmaßlich um die Reformationszeit wurde die heute als Naturdenkmal besonderen Ranges klassifizierte „dicke Eiche“ am Rand der heutigen Gemeinde gepflanzt. Es handelt sich hierbei um eine 350 bis 560 Jahre alte Stieleiche mit über 7m Umfang auf Brusthöhe und einer Höhe von etwa 18m.[Anm. 1]

Mindestens seit dem ausgehenden Mittelalter bis zum 19. Jahrhundert war Endlichhofen eng mit seiner Nachbargemeinde Oelsberg verbunden. So hatten sie um die Jahre 1502 und 1782 jeweils einen gemeinsamen Bürgermeister und es herrschte stets ein reger Austausch zwischen den beiden Gemeinden.

Im Dreißigjährigen Krieg erfuhr Endlichhofen wie fast alle umliegenden Dörfer großes Leid durch die umherziehenden Truppen, Seuchen und Hungersnöte. Pfarrer Plebanus aus Miehlen berichtete: „Zu Ruppertshofen und Kasdorf sind alle miteinander gestorben. In meinem Hinübergehen nach Miehlen kam ich nach Endlichhofen. Ich habe darin keinen lebendigen Menschen angetroffen.“[Anm. 2] Am Ende des Krieges standen nur noch zwei Häuser im Ort.

Seit 1778 gehörte Endlichhofen sowohl zum Haus Nassau-Weilburg als auch zum Amt Miehlen. Von 1806 bis 1813 war das Gebiet der Niedergrafschaft unter französischer Verwaltung Napoleons (Pays réservé de Catzenellenbogen). Im Wiener Kongress 1815 schließlich wurden Endlichhofen und 34 andere Gemeinden dem Herzogtum Nassau einverleibt, welches wiederum im preußisch-österreichischen Krieg 1866 vom Königreich Preußen annektiert worden war. Es war zunächst der Provinz Hessen-Nassau zugeordnet und ab 1885 dem neu gegründeten Kreis Sankt Goarshausen.

1905 zählte die Gemeinde erstmals einen Höchststand von 154 EinwohnerInnen.[Anm. 3] Die Kinder aus Endlichhofen besuchten die zur Kirche in Ruppertshofen gehörende Schule. Im 19. Jahrhundert wurden dort 60 bis 120 SchülerInnen aus den im Pfarrbezirk Ruppertshofen eingegliederten Gemeinden Endlichhofen, Oelsberg, Bogel, Kasdorf und Pissighofen (heute Hainau) unterrichtet.[Anm. 4] Gegen Ende des Zweiten Weltkriegs wurde der Schulweg nach Ruppertshofen aufgrund von Fliegerangriffen zu unsicher für die 23 Schulkinder im Ort, sodass in Endlichhofen eine behelfsmäßige Schule eingerichtet wurde.

Im Ersten Weltkrieg fielen acht Soldaten aus Endlichhofen. Es war von 1923 bis 1930 französisch besetzt.

Wie genau sich der Nationalsozialismus auf den Ort auswirkte, ist noch nicht erforscht. Auffällig ist jedoch, dass die NSDAP bei den Wahlen vom 5. März 1933 100% der Stimmen aus dem noch sehr ländlich geprägten Endlichhofen erhielt. In anderen, größeren Orten wie Diez und Bad Ems erreichte die Partei weniger als 50%, in Niederlahnstein sogar nur 29,5% der Stimmen.[Anm. 5]

Auch nach dem Zweiten Weltkrieg lag Endlichhofen nach der Einnahme durch US-amerikanische Truppen am 26. März 1945 in der französischen Besatzungszone. In beiden Kriegen erhielt die Gemeinde russische und polnische Kriegsgefangene zur Unterstützung bei der landwirtschaftlichen Arbeit, nachdem viele Männer als Soldaten eingezogen worden waren. Vierzehn davon kehrten nicht mehr in ihre Heimat zurück.

1946 kam Endlichhofen in das neu entstandene Bundesland Rheinland-Pfalz. Seit 1972 gehört es der Verbandsgemeinde Nastätten im Kreis Rhein-Lahn an.