Seit über 200 Jahren werden in der heutigen St. Pankratius- Kirche in Budenheim Gottesdienste abgehalten, dennoch war sie nicht die erste Kirche Budenheims. Im Mittelalter befand sich eine Pfarrkirche nahe des Altmünsterhofes, die aufgrund ihrer Baufälligkeit abgerissen werden musste. Um 1734 wurde unter der Leitung des Mainzer Zimmermanns Johann Molchs eine neue Kirche gebaut und am 3. September 1747 vom Weihbischof Christoph Nebel (1690-1769) dem heiligen St. Pankratius geweiht[Anm. 1]. Bis 1781 gehörte sie zum Patronat des Altmünsterklosters in Mainz.

Die Pfarrchronik berichtet:"Der Hochaltar ist geweiht zu Ehren des Kirchenpatrons, des hl. Pancratius, der eine Nebenaltar zu Ehren der Heiligen Johannes von Nepomuk, Wendelin, Sebastian und Rochus. Zugleich wurde auch der Kirchhof zum Gottesacker für die Gemeinde eingeweiht. Vor- und nachmittags wurde das Sacrament der Firmung gespendet."[Anm. 2]

Die Pankratiuskirche ist ein durch Rundbogenfenster mit Sandsteinrahmen gegliederter Saalbau mit einem dreiseitig geschlossenen Chor. Nachdem sie Ende des 19. Jahrhundert um eine Sakristei ergänzt wurde, nahm man in den 1930er Jahren architektonische Umbauten vor: 1935 wurde der alte Haupteingang durch eine geräumige Halle erweitert und im Frühling 1936 die Gartenanlage erneuert. Die alten Akazienbäume wichen zehn junge Linden. Im Zuge des Zweiten Weltkriegs wurde Bronze ein wichtiges Material der Rüstungsindustrie. Auch die Glocken der Pankratiuskirche mussten, abgesehen von der kleinsten Glocke, abgeliefert werden (21.02.1939).[Anm. 3]

In den Jahren nach dem Krieg wurden die zerstörten Kirchenfenster durch einfache Glasfenster ersetzt und das 1948 eingestürzte Dach an der Nordseite neu gedeckt.[Anm. 4] Vier Jahre später waren alle Dacharbeiten abgeschlossen und die Kirche bekam neue Glocken.[Anm. 5] Da sich direkt hinter der Kirche die Hauptverkehrsstrecke der Züge von Frankfurt a.M. nach Köln befand, die in kurzen Abständen an der Kirche vorbeifuhren, die Kirche über keine Lautsprecher verfügte und umfassendere Renovierungsarbeiten nötig gewesen wären, wurde 1961 eine neue Pfarrkirche in Budenheim gebaut, die Dreifaltigkeitskirche. Hier fanden ab dem 05.11.1961 die Sonntagsgottesdienste statt.[Anm. 6] Die Gottesdienste unter der Woche wurden jedoch bis zur Schließung der Kirche in der Pankratiuskirche abgehalten. Im Winter 1971 musste das Kirchengebäude endgültig geschlossen werden, da unter anderem die alte Koks-Warmluftheizung undicht geworden war und Rauch in das Kirchen-Innere eindrang. Selbst mit Zuschüssen des Bistums hätte die Kirchengemeinde die Renovierungskosten von rund 300.000 DM nicht aufbringen können, da der Kredit für die neue Pfarrkirche, die Dreifaltigkeitskirche, noch abbezahlt werden musste.[Anm. 7] Mit der Schließung des Kirchengebäudes geriet auch die Budenheimer Kohlhaas-Orgel[Anm. 8], der ältesten nahezu gänzlich erhaltenen Orgel der Diözese Mainz, durch „mangelhafte Pflege[…] in einen völlig desolaten Zustand“[Anm. 9]. Erst um 1989 wurde die Pankratiuskirche, darunter der Kirchturm und Außenputz erneuert sowie der Wetterhahn und die Kirchturmuhr repariert.[Anm. 10] Die Kohlhaas-Orgel kam 1988 nach Mainz ins Diözesanmuseum und wurde bis 1992[Anm. 11] von der Vleugels Orgelmanufaktur GmbH restauriert. Das Kirchengebäude wurde als Werkstatt an einen Steinmetz verpachtet.