Köngernheim wird schon im 9. Jahrhundert urkundlich erwähnt. Im Jahr 804 schenkte Cecilia dem Kloster Lorsch Ackerland in Cuningeroheim im Wormsgau. Später erscheint der Ort unter den Namen Chuningernheim (1190), Kungernheim (1268), Kongernheim (1323) und Konigernheim (1464). In späterer Zeit wurde er, um ihn von dem westlich von Oppenheim gelegenen Köngernheim zu unterscheiden, Bös-Köngernheim genannt. Im Jahr 1896 erhielt der Ort dann den heutigen Namen Gau-Köngernheim.
Im Jahr 1190 besaß der Reichsministeriale Werner II. von Bolanden die Gerichtsbarkeit über das Dorf. Bei der Teilung ihrer Güter durch die Brüder Werner und Philipp von Bolanden im Jahr 1286 fiel Köngernheim an Werner und seine Erben. Später erscheint Köngernheim als kurpfälzisches Lehen im Besitz der Grafen und späteren Fürsten von Löwenstein-Wertheim, denen es bis zu den territorialen Umwälzungen am Ende des 18. Jahrhunderts gehörte.