In der „Chronik der Evangelischen Kirche zu Laubenheim/Rhein" heißt es: „Im Jahre 1894-1895 wurde durch den Spender, Gutsbesitzer Adolph Umber, zu Laubenheim ein Bauplatz mitten im Dorfe gestiftet, und er ließ auch eine kleine Kirche darauf bauen, welche von der evangelischen Gemeinde benutzt werden durfte...“
Am 7. Oktober 1895 wurde die kleine Kirche in Größe eines Wohnhauses per Dekret dem gottesdienstlichen Gebrauche übergeben und am 1. April 1905 hat sie Umber der Evangelischen Kirchengemeinde gänzlich geschenkt.

Noch unter Kurmainzischer Herrschaft war es für evangelische Christen nicht möglich, sich in Mainz und Vororten niederzulassen. Erst unter Großherzoglich Hessischer Herrschaft, also erst seit dem Wiener Kongress 1815, konnten sich evangelische Christen hier ansiedeln. Von daher waren auch in Laubenheim die Evangelischen von jeher in der Minderheit. Jahrzehntelang war die Geschichte der Laubenheimer Gemeinde mit der Geschichte der beiden Nachbargemeinden Weisenau und Hechtsheim eng verbunden. 1883 wurde auf Bitten der Weisenauer Evangelisten eine Filialgemeinde gegründet. Zu dieser Filialgemeinde gehörte seit 1886 neben Hechtsheim auch Laubenheim, damals mit ca. 85 Gemeindemitgliedern.

Ihren ersten Gottesdienst feierten die Laubenheimer am 15. Februar 1893 in einem angemieteten Betsaal im Dort'schen Hause an der Mainzer Landstraße (heute Oppenheimer Straße) in Laubenheim, ab 1895 dann in der kleinen Kapelle von Adolph Umber.

1913 wurde Laubenheim aus dem Parochialverband Weisenau gelöst, vom Dekanat Mainz abgetrennt und wie die Gemeinden Bodenheim-Nackenheim dem Dekanat Oppenheim zugeführt.

Über die Zeit zwischen den beiden Weltkriegen berichten die Quellen teils von regem, teils von trägem Gemeindeleben. Während des Dritten Reiches führte der Gegensatz zwischen "Deutschen Christen" und Anhängern der Bekennenden Kirche auch in Laubenheim zu erheblichen Spannungen.

Am Abend des 1. Februar 1945 verursachte ein Bombenangriff auf Laubenheim schwere Schäden und kostete 20 Einwohner das Leben. Auch der Schuppen neben der Kirche geriet in Brand und durch die Detonationen waren Ziegel vom Kirchendach zerborsten, das Harmonium verbrannt und die Fensterscheiben zerstört. Nach notdürftigen Reparaturen konnte der Gottesdienst dort jedoch weiterhin stattfinden.

Nach 1945 waren es Flüchtlinge, die zu einem deutlichen Wachstum der Evangelischen Gemeinde beigetragen haben. So kam es, dass mit Wirkung vom 1. April 1970 eine Pfarrvikarstelle (1986 zur Pfarrstelle umgewandelt) eingerichtet wurde.

Anfang der 1980er Jahre verzeichnete Laubenheim eine wahre "Bevölkerungsexplosion". Entsprechend war auch die Evangelische Gemeinde gewachsen. Sie zählt heute ca. 2.200 Mitglieder.

So wurde 1980 ein Gemeindezentrum in Dienst gestellt und zwei Jahre später das Pfarrhaus. Durch die neue Stätte und die alte, 1984 renovierte Kirche mit ihrem 1986/87 erneuerten Vorhof ist die Evangelische Gemeinde in beiden, durch die Bahnlinie getrennten, Ortshälften präsent. Mit dem Ziel, die Gemeinde in dem Bemühen zu unterstützen, das alte Kirchlein als gottesdienstlichen Raum zu erhalten, wurde 1984 der "Verein zur Erhaltung der Evangelischen Kirche Mainz-Laubenheim" gegründet. Seit 1992 steht die Kirche unter Denkmalschutz und wurde 2019 in den Kreis der Historischen Gebäude von Mainz aufgenommen.

Verglichen mit den großen und altehrwürdigen Gotteshäusern der Stadt Mainz, ist das Kirchlein klein und relativ jung und war nie etwas anderes als evangelisch.