Obwohl Siefersheim erst 1254 in den Schriftquellen auftaucht, war der Ort - das zeigen die vielen vor- und frühgeschichtlichen Funde - „schon immer“ besiedelt. Die Siedlungskontinuität setzte sich auch in römischer Zeit fort. Das heutige Dorf wurde - wie alle Orte mit der Endung -heim - in fränkischer Zeit, also im 6.-8. Jahrhundert gegründet.
Das Dorf gehörte schon früh den Raugrafen, kam von diesen an die Grafen von Sponheim und fiel dann in Gemeinschaftsbesitz der Pfalzgrafschaft und der Markgrafschaft Baden. Kurpfalz war von 1437 bis 1714 (seit 1707 Alleinherr) die bestimmende Kraft im Ort.
Von 1714 bis 1798 war Siefersheim dann aufgrund eines Vertrages mainzisch. Es wurde mit Volxheim dem Amt Neu-Bamberg zugeteilt und blieb bis zur französischen Okkupation 1798 beim Mainzer Erzstift.
Nach 1814 stand Siefersheim kurzzeitig unter bayerisch-österreichischer Verwaltung und fiel 1816 durch Artikel 47 der Wiener Kongressakte an den linksrheinischen Teil des Großherzogtums Hessen. Rheinhessen blieb als Provinz auch im 1919 territorial folgenden Volkstaat Hessen bis zur Auflösung der Kreis- und Provinzialtage durch die Nationalsozialisten in den Jahren 1936/37 bestehen.
Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde Siefersheim dann 1947 dem Land Rheinland-Pfalz zugeschlagen.