Stein-Bockenheim wurde, wie die Endsilbe naheglegt, wie die anderen „auf -heim“ endenden Orte in fränkischer Zeit gegründet. Die Vorsilbe „Stein“ wurde vermutlich später aus Unterscheidungsgründen zu anderen „Bockenheims“ eingeführt und könnte auf die Zugehörigkeit Bockenheims zur Rheingrafschaft hinweisen. Im Jahr seiner Erstnennung Jahr im Jahr 784 gehörte Buckenheim noch zum Herrschaftsbereich des Klosters Lorsch.
Zu einem nicht näher bekannten Zeitpunkt vor 1283 kamen die Wild- und Rheingrafen in den Besitz des Dorfes Stein-Bockenheim, deren Herrschaftszentren u. a. in Dhaun an der Nahe und auf dem Rheingrafenstein lagen. Das ganze Mittelalter über gehörte Stein-Bockenheim zu deren Herrschaft. Wild- und Rheingraf Philipp von Dhaun führte 1552 die lutherische Religion in Stein-Bockenheim ein.
Mit dem Jahr 1576 änderten sich die Besitzverhältnisse. Stein-Bockenheim gehörte nun zur Hälfte dem Fürsten von Salm zur anderen Hälfte der Markgrafschaft Baden. Die Markgrafen waren wohl aufgrund einer Verpfändung in den Besitz des Dorfes gelangte, während die Fürsten von Salm ihre Rechte auf dem Erbweg erlangten. (Noch 1904 war das Wappen Stein-Bockenheims das des Fürsten von Salm und zeigte zwei silberne Salmen in rotem Feld bestreut mit silbernen Kreuzen.) Die Gegend um Stein-Bockenheim gehörte während des Dreißigjährigen Krieges zu den mit am stärksten betroffenen Gebieten. 60 – 70% der Bevölkerung Rheinhessens sollen in den nahezu ununterbrochenen Kriegen zwischen den Kriegsmächten Habsburg, Spanien, Österreich, Schweden, Frankreich und ihren Helfern umgekommen sein. In Stein-Bockenheim - hat man– ähnlich wie in Oppenheim - ein weit verzweigtes System von unterirdischen Gängen entdeckt, die der Bevölkerung in Kriegszeiten als Zufluchtsort und Lagerstätte diente.
Die Französische Revolution setzte der wildgräflichen Ortsherrschaft ein Ende. In den Jahren 1792-1797 besetzten die Franzosen auf ihrem Vormarsch auch das heutige Rheinhessen. Auch in Stein-Bockenheim waren Franzosen einquartiert, man musste Getreide und Nahrungsmittel liefern und Fuhrdienste leisten. Um den herumziehenden Räuberbanden entgegentreten zu können, wurde Anfang des 19. Jahrhunderts eine Bürgerwehr aufgestellt. Wie sehr die Bürger sich an die wirtschaftlichen und sozialen Errungenschaften der französischen Verwaltung gewöhnt hatten, zeigte ihre verhaltene Reaktion, als nach dem Wiener Kongress (1815) im Jahr 1816 das Großherzogtum Hessen die Herrschaft übernahm. Am 12. Juli 1816 nahm Großherzog Ludwig I. von seinen neuen Landesteilen Besitz.
Im Jahr 1816 wurde Rheinhessen von einer Hungersnot heimgesucht. Heftige Gewitter hatten Anfang Juni einen großen Teil der Ernte vernichtet. Diese Naturereignisse betrafen nicht nur Rheinhessen sondern das gesamte damalige Deutschland, bis nach Österreich und in die Schweiz hinein. Auch aus dem Jahr 1822 werden schwere Unwetter, Stürme und Regengüsse gemeldet. Hinzu kam eine Mäuseplage, die sich 1819 und 1822 bemerkbar machte und sich, wie ein damaliger Chronist schreibt, zu einer „pharaonischen Landplage“ entwickelte.