Die Ursprünge der Kirche Stein-Bockenheim sollen im 8. Jahrhundert liegen. Archivalische Nachrichten oder archäologische Funde liegen dafür allerdings nicht vor. Angeblich soll sie zu einem Kloster gehört haben, das auf der Stelle des heutigen Pfarrhauses stand.
In das Licht der Geschichte tritt die Stein-Bockenheimer Kirche erst bei der Einführung der Reformation in Stein-Bockenheim, denn damals bestand dort schon länger eine katholische Pfarrei. Diese ging bald nach der Reformation ein. Seit 1562 ist eine ununterbrochene Reihe der lutherischer Geistlichen überliefert. Auch eine lutherische Schule wurde im letzten Viertel des 16. Jahrhunderts eingerichtet.
Die alte Kirche wurde baufällig und musste abgerissen werden. Seit 1723 erbaute die evangelische Gemeinde ein neues Gotteshaus, das 1725 fertiggestellt wurde. Der Kirchturm blieb der alte, er wurde erst rund 150 Jahre später, zwischen 1866 und 1869, nach Plänen des Kreisbaumeister Rhumbler neuerrichtet und zwar auf einem eigens dazu angekauften Grundstück, vier Meter von der Kirche entfernt. Diese Entscheidung erwies sich späterals ein glücklicher Umstand, denn 1895 brannte die Kirche bis auf die Grundmauern ab. Der Turm hingegen blieb erhalten.
Der Neubau erfolgte in den Jahren 1897 - 1900. Der Kirchturm wurde in den letzten Kriegstagen im Jahr 1945 zerstört. Bis Mai 1955 wurde das Gotteshaus wiederhergestellt, der Kirchturm war erst sechs Jahre später vollendet, 1970 wurden schließlich drei neue Glocken aufgehängt.