Eine herrschaftliche Mühle in Emmerichenhain wird im Jahr 1485 erwähnt.[Anm. 1] Sie war neben den drei Kirchen in der Herrschaft zum Westerwald, Emmerichenhain, Marienberg und Neukirch, der einzige steinerne Bau im Hohen Westerwald. Die Mühle gehörte in den Jahren 1502 und 1561 der Herrschaft Nassau-Beilstein und danach stets dem jeweiligen Landesherrn.

Im Jahr 1564 wird sie als »schön herliche moele« bezeichnet, mit einem »schönen Herrnseeß«, also mit Räumlichkeiten, in denen die Herrschaft, wenn sie nach Emmerichenhain kam, standesgemäß wohnen konnte.[Anm. 2] Die Mühle »war noch 1719 ein stattlicher Bau mit kleinem Treppenturm, einem unteren gewölbten Stockwerk und einem 'vornehmsten Gemach' im obersten Stock. Die Müller waren meist, so etwa 1571 und 1622, auch Wirte, so daß für den Aufenthalt der Grafen, ihrer Diener und Beamten, wenn diese dort zu tun hatten, gesorgt war.«[Anm. 3]

Als zwischen 1688 und 1723 die Westerwäldischen Stände und die Nassau-Katzenelnbogener Häuser mehrfach ihre Konferenzen in Emmerichenhain abhielten, kann es gut sein, dass diese Treffen in der Mühle stattfanden.

Der Mühlenzins war 1576 an Johann Wilhelm Bertram von Bell verpfändet.

Es gab offensichtlich mehrere herrschaftliche Weiher im Ort. Außer dem Mühlenweier 1566 werden ein weiterer Weiher 1645, der sog. neue Weiher 1738, sowie zwei weitere Weiher im Jahr 1645 erwähnt. In den Jahren 1569 und 1782 wird von drei »Behältern« in Emmerichenhain gesprochen.Literatur[Anm. 4] Noch heute sind sechs Weiher im nördlichen Bereich des Ortes zu finden.

Später war die Mühle eine Getreide- und Schneidmühle, die zwei Mühlräder hatte. Nach dem 2. Weltkrieg (1939-1945) habane die Mühlen in Emmerichenhain und in Rennerod ihre Arbeit eingestellt. Unklar ist, wie die Mühle in Emmerichenhain zum Namen »Klostermühle« gekommen ist und wie die Sage entstand, von der Mühle aus habe ein unterirdischer Gang zur nahegelegenen Kirche geführt. Denn von einem Kloster ist in der Überlieferung von Emmerichenhain niemals die Rede, ein Geheimgang konnte bisher nicht aufgefunden werden.[Anm. 5]