Das Augsburger Interim von 1548 sorgte dafür, dass die Pfarrei Bacharach mit Kirchen, Kapellen und Einnahmen wieder dem St. Andreasstift in Köln zugeschlagen werden sollte. Diese Anweisung wurde nur zögern befolgt, evangelische Prediger und Lehrer wirkten weiterhin vor Ort. Es kam zu Gegenklagen und zu klärenden Verhandlungen, die sich jedoch nachteilig auf die evangelische Gemeinde auswirkten: der Stand der Katholiken wurde gestärkt, der katholische Gottesdienst in Bacharach wieder eingeführt. 

Als 1556 Kurfürst Ottheinrich an die Macht kam, schaffte er unter Berufung auf 1555 die katholischen Kirchenbräuche ab und ordnete die neue Lehre an. Dieses Mal zeigten sich die Bacharacher Amtsleute eifrig bei der Umsetzung der landesfürstlichen Befehle. 

Schließlich sah das Andreasstift die eigene Machtlosigkeit ein und verkaufte den Bacharacher Kirchenbesitz an die Kurpfalz, was die Reformation für Bacharach und das Viertälergebiet abschließend sicherte. Hier hatten Volk und Landesherr an einem Strang gezogen.

Nach dem ursprünglich lutherischem Bekenntnis wurde in der Pfalz durch Kurfürst Friedrich den Frommen (1559-1576) mit dem Heidelberger Katechismus von 1563 der Calvinismus flächendeckend eingeführt. Sein Nachfolger Ludwig VI. (1576-1583) protegierte hingegen das Luthertum, der Calvinismus wurde zurückgedrängt. 1580/81 wurden die Geistlichen zur Unterzeichnungen der luthrischen Konkordienformel gezwungen, bei Weigerung folgte Entlassung. 

Nach Ludwigs Tod übernahm sein Bruder Johann Casimir die Regierung. Können Sie die Ereignisse erahnen? Wie zu erwarten war, folgte ein Konfessionswechsel: der reformierte Glauben wurde wiederhergestellt, lutherische Kirchen- und Schuldiener entlassen.

Unter der spanischen Besetzung Bacharach (1620-1632) wurde der katholische Glaube zwangsverordnet, mit dem Einmarsch der Schweden durfte wieder die evangelische Konfession das Zepter übernehmen.

1685 kam Bacharach aufgrund des Aussterbens der evangelischen simmernschen Linie unter die Regierung der katholischen Linie Pfalz-Neuburg: Reformierten und Lutheranern wurde ihre Existenz gesichert, die neu entstandene katholische Gemeinde durfte im Simultaneum ihre Gottesdienste begehen. Die Wiederzulassung der Katholiken sollte jedoch nicht zu Lasten der Protestanten gehen. Nach den Religionswirren des 17. Jahrhunderts hätte die konfessionelle Situation damit endlich befriedet sein können.

Jedoch: der Pfälzische Erbfolgekrieg brachte die Franzosen nach Bacharach, die 1688/89 die Protestanten abdrängten und den Katholizismus wiederaufleben ließen - auch der Frieden von Rijswijk änderte daran nicht. Die Beschützer der Protestanten im Rheinland, Brandenburg-Preußen, übten als Vergeltung Druck auf die Katholiken in ihrem Gebiet aus. Zur Bereinigung des Konflikts kam es 1705 in Düsseldorf zur Religionsdeklaration: Die Gewährung vollkommener Gewissens- und Glaubensfreiheit für alle drei Konfession in der Kurpfalz wurden festgeschrieben. Eine Diskriminierung aus Glaubensgründungen wurde untersagt.

Damit hatte Bacharach in Religionsfragen endlich Frieden gefunden.