Remagen gehörte in der Reformationszeit zum Herzogtum Jülich, das in der Reformation katholisches Territorium blieb. Für Remagen hingegen sind bereits für die Zeit vor 1600 die Existenz von Protestanten belegt.

Ein erster wichtiger Schritt war die Einführung der Reformation im zu Remagen gehörigen Oberwinter 1549, von dort aus erhielt die neue Konfession auch Einzug in der Stadt. Von den katholischen Landesherren wurden die kleinen reformierten Gemeinden in Oberwinter und Remagen geduldet, in Remagen wurde der Glaube jedoch nicht offen gelebt, Gottesdienste wurden in Privathäusern abgehalten, im Verlauf des 16. Jh. besuchte man jene in Oberwinter.

1617 führte der Remagener Amtmann von Merode auf eigene Faust offiziell die neue Konfession ein, viele folgten ihm - ob aus religiöser Überzeugung oder reiner Zweckmäßigkeit lässt sich im Nachhinein schwer feststellen. Jedenfall sind auch für Remagen viele Klagen über die Zustände der katholischen Kirche und das Fehlverhalten ihrer Prediger überliefert.

1650 wehrte sich Remagen gegen den Versuch der Landesfürsten, den evang. Gottesdienst zu verbieten. Rechtlich gesehen waren sie auf der sicheren Seite, hatte doch der Westfälische Frieden 1624 als Normaljahr ausgerufen - zu jener Zeit hatten die Reformierten aber unbehelligt öffentliche Gottesdienste gefeiert. Zur Mitarbeit am Bau der katholischen Kirche wurden sie jedoch trotzdem gezwungen, was zu ständigen Auseinandersetzungen führte. 1651 gab der Landesherr sogar den scharfen Befehl zur Ausweisung jener nichtkatholischen Bürger, die keine geborenen Remagener waren und erst nach 1650 in die Stadt gekommen waren. Die Remagener verweigerten sich der Anordnung, 1661 wurde der Befehl erneut verkündet. Die Bürgermeister Remagens waren jedoch reformiert, so dass die evangelische Gemeinde auf deren Unterstützung zählen konnte. Einige Ausweisungen gab es dennoch, auch einige Konversionen von der Ausweisung Bedrohter. Noch 17 reformierte Familien befanden sich zu jener Zeit in Remagen.

1688 emanzipierten sich die Reformierten Remagens von Oberwinter, gründeten ihre eigene Gemeinde und bekamen um 1700 einen eigenen Prediger. Mehrheitlich katholisch blieb die Stadt dennoch.