Im Laufe des fünften nachchristlichen Jahrhunderts zog sich die römische Herrschaft unter dem Druck fränkischer Feldzüge sukzessive aus dem Rhein- und Moselraum zurück, jedoch blieb neben den nun entstehenden fränkischen Siedlungen an der Mosel wohl bis in das 7. Jahrhundert hinein eine romanische Bevölkerung bestehen.[Anm. 7] Aus dieser Zeit stammt ein Gräberfeld auf dem Petersberg auf der rechten Moselseite, das 1973 systematisch freigelegt wurde. Zu den dort gefundenen Grabbeigaben gehören unter anderem Bronzeschnallen, Waffen und Gebrauchsgeräte sowie eine Grabplatte aus Marmor mit frühchristlicher Inschrift und eingemeißeltem Christusmonogramm aus dem 6. Jahrhundert.[Anm. 8]

Die heutige Ortschaft Eller wurde Mitte des 11. Jahrhunderts als „Elre“ erstmals urkundlich erwähnt.[Anm. 9] In Eller befanden sich mehrere Güter im Besitz der Pfalzgrafen, welche die polnische Königin Richeza, Tochter des 1034 verstorbenen Pfalzgrafen Ezzo, im Jahr 1051 bzw. 1056 der Abtei Brauweiler schenkte.[Anm. 10] Die Kirche St. Hilarius in Eller existierte hingegen bereits in merowingischer Zeit; sie wurde vermutlich im Laufe des 6. Jahrhunderts gegründet. Sie war Teil eines Besitzkomplexes, den König Dagobert I (+639) dem Stift St. Germanus in Speyer vermachte.[Anm. 11] Nach Einschätzung der neueren Forschung diente Eller als Zentrum einer Großpfarrei, die vermutlich auch die Nachbarorte Alf, St. Aldegund, Bremm, Bullay, Driesch, Ediger, Kennfus, Lutzerath, Nehren, Neef und Strotzbüsch umfasste.[Anm. 12] Der Pfarreibezirk wurde von einer kleineren Gemeinschaft von Klerikern betreut, die bis in die erste Hälfte des 12. Jahrhunderts hinein Bestand hatte.[Anm. 13] Kurz vor Mitte des 12. Jahrhunderts verlor die Kirche St. Hilarius in Eller ihren Status als Pfarrkirche, der nun an die benachbarte Kirche St. Martin in Ediger überging.[Anm. 14]

Im Jahr 1097 bestätige der Trierer Erzbischof die Übertragung von bebauten Grundstücken und Ländereien in Eller und Ediger an das St. Simeonstift in Trier durch den damaligen Probst des Stifts namens Poppo.[Anm. 15] 1230 verkaufte das St. Germanusstift in Speyer seinen Besitz in Eller sowie seine Patronatsrechte an den Erzbischof von Trier, der zudem Landesherr in Eller war.[Anm. 16] Die Vogtei befand sich bereits vor 1179 im Besitz der Ritter von Arras, die 1464 alle ihre Rechte und Güter an die Grafen von Pyrmont verkauften.[Anm. 17] Diese verfügten seit 1334 zudem über einen Hof zu Eller, der 1410 und erneut 1440 in Teilen an einen in Oberwesel ansässigen Juden namens Abraham verpfändet wurde.[Anm. 18] Der Pyrmonter Hof wurde in der Folgezeit wiederholt umgebaut und ist bis heute erhalten.

Die Reformation konnte sich in Eller ebenso wie in Ediger nicht durchsetzen. Im Jahr 1527 verlieh der Trier Fürstbischof der Bevölkerung von Ediger und Eller das Recht, jeden Montag einen Wochenmarkt auszurichten.[Anm. 19] 1566 wurden die Nachbarorte zudem zu einer Vogtei zusammengelegt, womit die beiden Dörfer nun eine feste Verwaltungseinheit bildeten.[Anm. 20] Im Jahr 1788 galten Ediger und Eller als eine sogenannte „hohe Gemeinde“, wobei auf Eller etwa 2/3 der Gesamtbevölkerung entfiel.[Anm. 21]

Ebenso wie in Ediger war auch in Eller der Weinbau das gesamte Mittelalter und die Frühe Neuzeit über von überragender wirtschaftlicher Bedeutung. So sind für das Jahr 1784 insgesamt nahezu 350.000 Weinstöcke in Eller verzeichnet; darüber hinaus spielte auch der Ackerbau und die in Eller ansässige Bäckereizunft eine gewisse Rolle.[Anm. 22]

Mit der Besetzung des Moselgebiets durch französische Revolutionstruppen im Jahr 1794 endete auch in Eller die kurtrierische Landesherrschaft. Eller wurde 1798 dem französischen Staatsgebiet zugeschlagen und gehörte als Teil des Kantons Cochem von nun an zu dem neu geschaffenen Départements Rhin-et-Moselle mit Sitz in Koblenz.[Anm. 23] Zudem wurde Eller Sitz einer Mairie, zu der Alf, St. Adelgund, Bremm, Ediger, Ellenz und Nehren gehörten.

Mit dem Wiener Kongress von 1814/15 fiel Eller ebenso wie die gesamte Moselregion an das Königreich Preußen. Eller wurde Sitz einer Bürgermeisterei, der nun die Nachbargemeinden Bremm, Ediger, Ellenz-Poltersdorf und Nehren angehörten.[Anm. 24] 1933 wurde die Bürgermeisterei Eller aufgelöst und an das neu gegründete Amt Cochem-Land mit Sitz in Cochem angeschlossen.

Im Jahr 1808 lebten laut einer Erhebung 14 Juden in der Mairie Eller. Sie verteilten sich auf die Gemeinden Alf und Ediger.[Anm. 25] Eine weitere Untersuchung aus dem Jahr 1858 bezeugt, dass zu dieser Zeit auch in Eller selbst einzelne jüdische Familien wohnten. Diese gehörten zu der Synagogengemeinde von Ediger, der auch die jüdischen Einwohner:innen von Bremm, Nehren und Senhals angehörten.[Anm. 26] Die Mehrheit der jüdischen Einwohner:innen der Bürgermeisterei Eller waren als Händler und Handwerker tätig; hierbei war insbesondere das Metzgerhandwerk von Bedeutung.[Anm. 27] Im Jahr 1933 war nur noch die jüdische Familie Aron in Eller ansässig. Sie musste den Ort aufgrund der Zwangskonfiszierung ihres Hauses im Jahr 1939 verlassen und kam bei der Familie Mayer in Ediger unter. Das Ehepaar Aron wurde 1942 deportiert und in den nationalsozialistischen Vernichtungslagern auf dem Gebiet des heutigen Polen ermordet.[Anm. 28]

Seit 1948 gehörte Ediger zum Amt Cochem innerhalb des Landkreises Cochem. 1969 wurden die bis dahin eigenständigen, jedoch historisch bereits vielfach miteinander verbundenen Nachbargemeinden Ediger und Eller zur neuen Ortsgemeinde Ediger-Eller zusammengeschlossen. Die Ortsgemeinde gehört zur Verbandsgemeinde Cochem und hat heute (31. Dezember 2021) 890 Einwohner:innen.