Das Wappen besteht aus Bestandteilen beider früher selbständiger Gemeinden Bad Münster am Stein und Ebernburg.

„Das Wappen von Bad Münster am Stein beinhaltet ein schwarzes, mit silbernen Kleeblattkreuzen bestreutes Schild und einen goldenen gekrönten, rot bezungten Löwen, der in den Vorderpranken je einen silbernen Salm hält. Der gekrönte Löwe ist ein Hinweis auf die Herren von Löwenstein“

„Das Wappen der früheren Gemeinde Ebernburg: Schild gespalten von Schwarz und Silber durch eine eingebogene rote Spitze, darin ein silberner Turm mit vier Zinnen und rechts fünf silberne Kugeln, links ein grüner Palmzweig. Das Sickinger Wappen, die fünf silbernen Kugeln, sind in den Schild enthalten.“

Die heraldische Beschreibung des Wappens lautet: „Durch eine gebogene silberne Spitze, darin ein roter Burgturm mit vier Zinnen, gespalten, vorne in Schwarz fünf silberne Kugeln, hinten in Schwarz ein silberner, golden gekrönter, rot bezungter Löwe.“ [Anm. 1]