Die Stiftskirche geht auf Pfalzgraf Ruprecht I. zurück, der 1356 zum Gedenken an seinen Bruder Pfalzgraf Rudolf II. ein Kollegialstift errichten ließ. Rudolf II. hatte testamentarisch verfügt, dass die aus dem 13. Jahrhundert stammende Pfarrkirche St. Ägidius in eine Gebets- und Gedenkstätte für das Haus Wittelsbach umgewandelt wurde. Ruprecht I. ließ daraufhin 1368 die romanische Pfarrkirche St. Ägidius im gotischen Stil umbauen. Zudem wurde sie durch einen Chor im Osten erweitert. In Folge der Kurpfälzischen Religionsdeklaration 1705 wurde eine Trennmauer gezogen, die heute noch den protestantischen vom katholischen Kirchenteil trennt.