Niederhausen ist, wie die meisten Siedlungen im Alsenztal, von den Franken gegründet worden, als diese die Nordpfalz besiedelten und die zuvor ansässigen Alemannen vertrieben. Vermutlich entstand das Dorf im 8. Jahrhundert, die erste urkundliche Erwähnung stammt jedoch erst aus dem Jahr 1355 als „Niderhusen“. Die Gemeinde unterstand kirchlich der Propstei in Münsterappel, einer Filiale der Benediktinerabtei St. Maximin vor Trier, außerdem war sie seit 1303 Teil der von den Wildgrafen verwalteten Vogtei. Im Jahr 1401 wird erstmals eine Dorfkirche erwähnt. Im Laufe der Reformation wurde 1555 Niederhausen wie auch Münsterappel lutherisch, die Benediktinerpropstei wurde aufgelöst und eine lutherische Pfarrkirche eingerichtet. Damit verlor die Abtei St. Maximin ihren Einfluss über die Gemeinden und aus der Vogtei der Wild- und Rheingrafen entwickelte sich die neue Landesherrschaft.

Der Dreißigjährige Krieg forderte auch in der Nordpfalz viele Opfer und entvölkerte zahlreiche Gemeinden. Niederhausen verzeichnete im Jahr 1667 nur 95 Einwohner. Als sich die Linie der Wild- und Rheingrafen 1699 erneut aufteilte, kam es zur sogenannten Grumbacher Erbteilung. Dabei fiel Niederhausen an den Rheingrafen Leopold Wilhelm, dessen Nachfolger Karl Walram von Grumbach das Dorf im Jahr 1755 mittels eines Tauschvertrags mit dem Herzog von Pfalz-Zweibrücken und den Fürsten von Nassau-Weilburg an die Reichsgrafschaft Nassau-Weilburg übergab. Damit gehörte Niederhausen zum Amt Alsenz.

Im Jahr 1792 wurde die linksrheinische Pfalz von Frankreich besetzt und fünf Jahre später im Frieden von Campo Formio offiziell annektiert. Niederhausen wurde dabei 1798 dem Kanton Obermoschel zugeteilt. Nach dem Sieg über Frankreich 1814 fiel das gesamte Gebiet unter österreichisch-bayrische Verwaltung, bis 1816 die Pfalz dem Königreich Bayern angegliedert wurde. In dieser Zeit erlebte Niederhausen einen Bevölkerungsaufschwung von 291 Einwohnern im Jahr 1802 auf 431 Einwohner im Jahr 1835, ab dem 20. Jahrhundert wurde die Zahl jedoch leicht rückläufig. 1946 wurde die Gemeinde Teil des neugegründeten Bundeslandes Rheinland-Pfalz und 1969 Teil des Landkreises Donnersbergkreis.