Die Gemarkung des Dorfes Bornheim war vermutlich schon seit der Jungsteinzeit besiedelt. Auch Kelten, Vangionen, Römer und Franken haben hier Spuren hinterlassen. Bornheim taucht im Jahr 782 erstmals in Lorscher Urkunden auf. Bereits im 8. und 9. Jahrhundert hatten die Klöster Lorsch und Fulda Besitzungen im Dorf, auch das Kloster St. Alban zu Mainz war damals Grundbesitzer. Im frühen Mittelalter gehörte es den Wildgrafen, 1283 dem Wildgrafen Gottfried von Dhaun. Nach dem Erlöschen dieser Linie im Jahr 1350 kam Bornheim an die Kyrburger Linie. Im Jahr 1368 verpfändete Wildgraf Friedrich von Kyrburg seinen Teil an den Amtsorten Bornheim, Flonheim und Uffhofen für kurze Zeit an Pfalzgraf Ruprecht I. Später fiel Bornheim an die Kyrburger Erben, die Fürsten von Salm und die Rheingrafen von Grumbach, bei denen der Ort bis Ende des 18. Jahrhunderts blieb. Das Amt Flonheim mit seinen Amtsorten Bornheim, Flonheim und Uffhofen hatte bis zur französischen Okkupation Ende des 18. Jahrhunderts Bestand. In der Franzosenzeit gehörte Bornheim zum französischen Département Mont-Tonnerre. Nach dem Sturz Napoleons und der anschließenden Neuordnung Europas kam es 1816 zum Großherzogtum Hessen. Heute gehört Bornheim der Verbandsgemeinde Alzey-Land an.