Ellenhausen dürfte zu einem nicht näher bekannten Zeitpunkt im 9. oder 10. Jahrhundert gegründet worden sein.[Anm. 1] Erstmals genannt wird Ellenhausen erst im Jahr 1261. Im August 1261 schenkte Reinard von Graben (de Fossato) dem Kloster Rommersdorf jene Güter in »Elkinhusen«, welche er für 9 Mark von diesem Kloster gekauft hatte. Die Herren Heinrich und Bruno, Edelherren von Isenburg besiegelten das Schriftstück.[Anm. 2]Der Dorfname, der wohl aus einem Personennamen und der Nachsilbe »hausen« zusammensetzte, wandelte sich über Helchinhusin (1265), Elnusen, Ellenhusen später zu Ellenhausen.

Das Dorf stand unter der Hoheit des von den Herren von Isenburg-Arenfels gebildeten Gerichts Oberheyd im Kirchspiel Breitenau. Das Gericht ging später an die Grafen von Isenburg und zuletzt an die Grafen von Isenburg/Grenzau über. Mit dem Gericht Breitenau kam es 1664 zum kurtrierischen Amt Grenzau, 1738 zum Amt Vallendar, 1740 zum Gericht Marienrachdorf, 1815 zum Amt Herschbach und schließlich 1818 zum Amt Selters.[Anm. 3]

Im Jahr 1287 wird erstmals eine Mühle in Ellenhausen (Elkinhusin) erwähnt[Anm. 4]), Als Heinrich Herr zu Isenburg eine Teilung seiner Güter vornahm. Der Urkunde nach sollte die Mühle in "»Elkinhusen« zur Burg Isenburg gehören.

Begütert in Ellenhausen waren neben den Grafen von Isenburg und der Abtei Rommersdorf auch das Erzstift Trier. Der Trierer Erzbischof hatte in der Zeit, in der Ellenhausen zum trierischen Amt Grenzau gehörte, Güter in Ellenhausen erworben. In den Jahren 1713/1790 sind Nachrichten über das Kurtrierische Hofgut zu Ellenhausen überliefert.[Anm. 5]

Auch die Grafen von Sayn hatten Rechte im Dorf. Am 29. September 1532 tauschten Gerlach Herr zu Isenburg und zu Grenzau mit Bernhard Graf zu Nassau, Herr zu Beilstein, Vormund der Junggrafen zu Sayn, einige Leibeigene. Krentzgens Tochter Merge von Ellenhausen und Rorich Eydtges Sohn Hamman von Selters, die bisher Leibeigene der Häuser Isenburg und Grenzau waren, sollten fortan saynisch werden. Im Gegenzug sollten die Tochter des Heintzgen Schryffer von Maxsain und Hamen Korn von der saynischen in die isenburgische Leibeigenschaft wechseln.[Anm. 6] Einen ähnlichen Tausch nahmen am 15. Juni 1548 Heinrich der Ältere Herr zu Isenburg und zu Grenzau und Johann Graf zu Sayn, Herr zu Homburg vor.[Anm. 7]

Saynische Zentansprüche in Ellenhausen werden erkennbar, als im Jahr 1600 Zehntrechte zu Ellenhausen und an anderen Orten verpachtet wurden.[Anm. 8] Die Zehntansprüche der Grafschaft Sayn waren nicht unumstritten. Zwischen 1653 und 1666 werden Streitigkeiten mit Graf Christian zu Sayn-Wittgenstein um Zehntrecht zu Krümmel, Ellenhausen und Sessenhausen bekannt.[Anm. 9]

Im Jahr 1526 war Contzgin von Ellenhausen als isenburgischer Eigenmann Schultheiß der Feste am weißen Stein bei Albach.[Anm. 10] und 1565 bekleidete Jakob Müller aus Ellenhausen Schultheiß in Breitenau.[Anm. 11]

In Ellenhausen hat es keine Kirche gegeben. Die Einwohner gingen ursprünglich nach Breitenau zur Kirche, wurden jedoch schon um das Jahr 1600 angewiesen, den Gottesdienst im Kirchspiel Marienrachdorf zu besuchen. Dies galt bis zum Jahr 1873. Danach gingen die Ellenhausener in der damaligen »neuen Missionsgemeinde«, seit 1892 Pfarrei Selters zum Gottesdienst.

Im Jahr 1637, damals suchte der Dreißigjährige Krieg (1618-1648) auch den Westerwald heim, lebten nur zwei Einwohner in Ellernhausen. Nach dem Krieg stieg die Einwohnerzahl kontinuierlich an. Im Jahr 1723 wohnten 12 Familien im Ort, 1787 wurden 117 Einwohner gezählt. Heute leben 285 Einwohner in Ellenhausen.

Von einer Schule in Ellenhausen hört man zuerst Mitte des 18. Jahrhunderts. Im Jahr 1760 unterrichteten sog. »Dinglehrer« in der Winterschule, die im Winterhalbjahr zwischen Allerheiligen bis Ostern unterrichteten. Am 1. Juli 1840 wurde ein neues Schulhaus erbaut und ein eigener Gemeindelehrer angestellt.[Anm. 12] 1862 erhielt das Schulgebäude ein Glockentürmchen. Der Schulhof, der lange Zeit gegenüber der Schule lag, wurde im Herbst 1895 mit zwei Linden und 4 Kastanienbäumen bepflanzt.

Seit dem Jahr 1904 erhielten sämtliche Häuser des Dorfes Wasser aus der neu angelegten Wasserleitung. Eine Kanalisation wurde in den Jahren 1952/53 eingerichtet. Seit 1906 gibt es Telefon im Ort. Am 31. März 1913 stellte der Postkutschendienst seine Tätigkeit ein, um einer Busverbindung zwischen Breitenau und Langenhahn zu weichen.[Anm. 13]