Dass die Römer auch im Bereich des heutigen Biebernheim gesiedelt haben, belegen Funde von alten Ziegeln und Tonplatten im Bereich der Pfalzfelder und Urbarer Straße. Das Dorf (villa) Biebernheim wird urkundlich erstmals im Jahr 820 als Biberesheim erwähnt. Damals schenkte König Ludwig der Fromme den Waldbezirk um das Dorf dem Kloster des Heiligen Goar.

Biebernheim war ursprünglich im Besitz der Abtei Prüm. 1381 verkaufte die Abtei ihre Ortsherrschaft an die Trierer Kirche. Der Dinghof zu Biebernheim wurde 1420 an die Grafen von Katzenelnbogen verpfändet, 1449 aber wieder von der Abtei ausgelöst und in ein Lehen umgewandelt. Im Jahr 1448 kaufte Abt Johann sämtliche Güter, die seine Vorgänger in St. Goar, Pfalzfeld und Biebernheim an Kurtrier bzw. die Grafen von Katzenelnbogen verkauft hatten, wieder zurück.

Da die Geschichte des Dorfes eng mit der der nahen Burg Rheinfels verknüpft ist, wurde Biebernheim mehrfach von den Kampfhandlungen betroffen, die sich um diese mächtige Burg über St. Goar abspielten (so etwa 1626 und 1688). Im Dezember des Jahres 1692 griff ein großes französisches Heer Burg Rheinfels an. Die Biebernheimer Bürger flohen über den Rhein und mussten ihr Hab und Gut zurücklassen. Bevor die Franzosen am 2. Januar 1693 den Kriegsschauplatz wieder verließen, brandschatzten sie auch Biebernheim, die Kirche brannte bis auf die Grundmauern ab. Nach 1794 gehörten St. Goar mit Burg Rheinfels sowie Biebernheim zum französischen Arrondissement Simmern. 1798 war Biebernheim französische Commune im Kanton St. Goar. Nach dem Abzug der Franzosen kam das ganze Gebiet nach dem Wiener Kongress 1815 unter preußische Verwaltung und wurde der preußischen Bürgermeisterei St. Goar zugeteilt. Zahlreiche Ziegelbauten im Altdorf aus der Zeit um 1900 erinnern an die örtlichen Ziegeleien, in denen diese Steine gebrannt wurden. Die letzte Biebernheimer Ziegelei bestand bis 1935. Biebernheim ist seit 1969 der Stadt St. Goar eingemeindet.