Während der Reformationszeit blieb Koisdorf katholisch. Im Dreißigjährigen Krieg hatten die Einwohner hier wie überall entlang des Mittelrheins unter Einquartierungen, Plünderungen und Epidemien zu leiden, die sich im darauffolgenden Pfälzischen (1688-1697) und Spanischen Erbfolgekrieg (1701-1714) fortsetzten. Den nächsten großen Einschnitt bildete der Beginn der Revolutionskriege. Im Jahr 1792 drangen französische Truppen auf Reichsgebiet vor. Das gesamte linke Rheinufer fiel 1801 im Frieden von Lunéville an Frankreich und wurde nach den neuen politischen Grundsätzen regiert, die im Mutterland der Revolution Einzug gehalten hatten. Die alten Herrschaftsverhältnisse lösten sich auf. Erst mit dem Sturz Napoleons und der der darauffolgenden Neuordnung Europas kam auch Koisdorf wieder zu Deutschland, genauer gesagt unter preußische Verwaltung. Die neue Regierung sorgte für stabile politische Verhältnisse und wirtschaftlichen Aufschwung in der Region. So wurde die Braunkohlegrube "Im Klüttenkaul" von 1834 bis 1858 mit Gewinn ausgebeutet. Auch die seit dem 17. Jahrhundert in Koisdorf belegte Dachziegelfertigung erlebte einen Aufschwung.

Im Ersten Weltkrieg (1914-1918) hatte Koisdorf sechs Gefallene zu beklagen. Allgemein litt die Bevölkerung unter Lebensmittelknappheit und Arbeitskräftemangel, der vor allem den Landwirten zu schaffen machte. Die frühen Zwanziger Jahre waren mit Inflation, französischer Besatzung und der gescheiterten Ausrufung einer "Rheinischen Republik" eine politisch und wirtschaftlich schwierige Zeit am Mittelrhein. Trotzdem erhielten die Nationalsozialisten bei den letzten relativ freien Reichstagswahlen im Frühjahr 1933 in Koisdorf nur wenige Stimmen. Eine große Mehrheit der Bürger stimmte weiterhin für die katholische Zentrumspartei. Im Zweiten Weltkrieg (1939-1945) fielen insgesamt 19 Bürger, fünf weitere blieben vermisst. Koisdorf ist seit 1969 Stadtteil von Sinzig.