Nochern wurde erstmals im Jahr 893 im sogenannten Prümer Urbar schriftlich erwähnt. Das Prümer Urbar war ein Güterverzeichnis des Eifelklosters Prüm, welches bereits seit 765 im Besitz von St. Goar war und nun auch Grundbesitz auf dem rechten Rheinufer erwarb.

Aus „Nochere“ erhielt die Klosterabtei verschiedene Abgaben von den 23 halbfreien Mansen (Höfen) und sechs halben Mansen im Ort. An dieser Angabe ist zu erkennen, dass das frühe Nochern für mittelalterliche Verhältnisse schon ziemlich groß war. Des Weiteren wissen wir aus dem Urbar, dass in Nochern Landwirtschaft und Weinbau betrieben, sowie Bier gebraut und mit Mühle und Ofen im Ort Brot gebacken wurde.

Die Abtei Prüm übergab das Vogteirecht an die Grafen von Arnstein, die in dieser Rolle den klösterlichen Besitz verwalteten. Im Jahr 1185 wurde diese Funktion an die Grafen von Katzenelnbogen übertragen. Die Grundherrschaft über Nochern war bereits 1089 durch die Schenkung des Abts Wolfram von Prüm an das Stift St. Goar gelangt, welches diese bis zum Ende des 19. Jahrhunderts behalten konnte.

Nachdem der letzte männliche Nachkomme der Grafen von Katzenelnbogen 1479 starb, gingen all ihr Besitz und ihre Herrschaftsrechte an die Landgrafen von Hessen über. Sie nannten die ehemals katzenelnbogischen Gebiete Niedergrafschaft Katzenelnbogen.

1528 führte Landgraf Philipp der Großmütige die Reformation in der Niedergrafschaft ein. Nochern und das benachbarte Lierschied bildeten eine gemeinsame Pfarrei. Das heißt, dass schon der erste Pfarrer Johann Mombauer (belegt im Amt von 1533 bis 1541) nicht nur für Nochern, sondern auch für den Gottesdienst in Lierschied zuständig war.

Im Dreißigjährigen Krieg (1618-1648) erfuhr Nochern wie fast alle umliegenden Dörfer großes Leid durch die umherziehenden Truppen, Seuchen und Hungersnöte. 1629 wurde unter anderem die alte Kirche des Ortes stark beschädigt. Aus Mangel an Geld konnte das Gebäude erst 1893 durch eines in angemessener Größe für die gewachsene Gemeinde ersetzt werden. Seit der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts verzeichnete Nochern einen regelmäßigen Schulbetrieb für die Kinder des Ortes.

Seit 1774 unterstand das Gebiet um Nochern dem Haus Hessen-Kassel. Von 1806 bis 1813 war das Gebiet der Niedergrafschaft Katzenelnbogen unter französischer Verwaltung Napoleons (Pays réservé de Catzenellenbogen).