Grabstättenfunde aus der Zeit 1500 bis 1200 v. Chr. und freigelegte Fundamente einer römischen Siedlung lassen darauf schließen, daß schon sehr früh Menschen auf der Gemarkung des späteren Dorfes gelebt haben. Eine römische Siedlung des 2.-3. Jh. n. Chr. hat beim Hellenpütz an der Straße Bingen-Koblenz (römische Hunsrückhöhenstraße) bestanden. Sie war schon im 17. Jahrhundert bekannt (Schatzfund 1693 = 588 römischen Goldmünzen aus der Mitte des 1. bis zum Ende des 2. Jahrhunderts n. Chr.). Im Jahr 1390 wird eine Landwehr in Perscheid erwähnt.

Perscheid wird urkundlich erstmals im Jahre 1248 als „Perrischeit" genannt. Weitere Nennungen: 1268 Isentrud von Perrescheid; 1275 in Perrischeid; 1332 in Pyrscheit; 1346 Perscheit; 1385 Pirscheid; ca. 1690 Perscheidt; 1788 Perscheid. Der Ortsname wir etymologisch von dem vorgermanischen Gewässerort *pirre + -scheid ‘bewaldeter Höhenrücken' hergeleitet.

Perscheid liegt in einem Rodungsgebiet, das ursprünglich zu einem Fiskalbzirk um Oberwesel gehörte. Der Ort gilt als eine villa des dortigen Königshofes und wurde von dort aus besiedelt. 1268/1812/17 wird Perscheid als „Dorf“ bezeichnet. Später gehörte Perscheid zum AmtOberwesel (Oberamt Boppard). Die Einwohner unterstanden der kurtrierischen Landeshoheit. 1385 war Perscheid zu Kriegsfuhren für das Aamt Oberwesel verpflichtet. Im Jahre 1563 hatte Perscheid 31 Haushaltungen (Feuerstellen), im Jahr 1763 wurden 70 Einwohner gezählt. Im 18. Jahrhundert brannte der Ort mit seinen Strohdächern bis auf drei Häuser nieder. Perscheid war im 18. Jahrhundert Sitz eines kurtrierischen Forstreviers mit Waldungen bei Bad Salzig, Boppard und Oberwesel. 1788 erhielt Kurtrier von Perscheid Güterschatzung, Nahrung und. Schirmgulden. 1859 brach im Unterdorf der Typhus aus. 8 % der Einwohner starben an dieser Seuche. Um 1900 hatte Perscheid mit rund 400 Seelen wohl seine bisher größte Einwohnerzahl. Heute zählt der Ort 350 Bürger. 1798 war Perscheid französische Commune im Kanton Bacharach (Arrondissement Simmern), gehörte im Jahr 1800 zur Mairie Wiebelsheim und ab 1816 zur preußischen Bürgermeisterei Wiebelsheim; 1950 im Amt Oberwesel (Landkreis St. Goar), 1969/70 Teil der Verbandsgemeinde Oberwesel (Rhein-Hunsrück-Kreis) gehört Perscheid seit 1970 zur VG St. Goar.