Die Stadt Trier war bereits seit 1512 ein überregional bedeutendes Pilgerzentrum, als Kaiser Maximilian den Trierer Erzbichof Richard von Greiffenclau zur Ausstellung des Heiligen Rocks drängte. Diese hochbedeutende Reliquie festigte und manifestierte die Bedeutung der Stadt Trier als katholisches Zentrum.

Trier war als Oberstift Metropolitansitz des gleichnamigen Kurfürstentums, der Kurfürst hatte hier in geistlichen und weltlichen Dingen das Sagen. Dies war jedoch kein unumstrittener Zustand, zwischen den Kurfürsten und Trier hatte es lange Zeit Streit um den Status der Stadt gegeben, die sich als freie Stadt verstand und bis ins späte 15. Jh. mehrfach zu Reichstagen eingeladen worden war. 1478 mussten die Trierer Bürger die Landeshoheit des Kurfürsten jedoch zumindest formell anerkennen - Widerstand blieb jedoch bestehen, wie sich im Laufe des 16. Jh. zeigen sollte. 

In Trier selbst fand die Reformation keinen Anklang, in das kurtrierische Diözesangebiet konnte die neue Konfession dennoch einbrechen. Landgraf Philipp von Hessen konvertierte 1526 zum lutherischen Glauben, damit wurde die Niederere Grafschaft Katzenelnbogen (St. Goar) lutherisch. Weitere Verluste waren durch die Konversionen verschiedener Grafschaften sowie die Protestantisierung der Kurfpalz zu verzeichnen.

Kurfürst Richard von Greiffenklau (1511-1531) widmete sich seinen landesherrlichen wie bischöflichen Aufgaben sehr intensiv, und musste sich im Reich wie in seinem Erzstift mit der Reformation auseinandersetzen. Auf dem Wormser Reichstag 1521 führte er mehrere intensive Gespräche mit Luther und versuchte auf ihn einzuwirken, war er ihm doch wohlgesonnen - jedoch ohne dessen Positionen einzunehmen. Greiffenclau blieb standhaft katholisch und trat auch vehement für die katholische Sache ein, was zu mehreren Auseinandersetzungen führte. 

1522 wurde Kurtrier Schauplatz der Sickingenschen Fehde: Reichsritter Franz von Sickingen, beherzter Anhänger der Reformation, hatte dem Kurfürsten und Erzbischof von Trier den Krieg erklärt, um gemäß seiner Überzeugung die Trierer Bürger ‚zu evangelischer Freiheit‘ zu erlösen - allerdings sind auch machtpolititsche Ambitionen nicht von der Hand zu weisen, wollte er sich doch auch eine eigene Territorialherrschaft aneignen. Die stetigen Spannungen zwischen Stadtbevölkerung und Klerus bzw. Landesherr sollten ihm zu Nutzen gereichen. Die Bevölkerung hatte kein Interesse von der 'Pfaffenherrschaft' erlöst zu werden, die Belagerung misslang. 1525 beteiligte sich Kurfürst Richard von Greiffenclau mit Trierer Soldaten an der Offensive gegen die Bauernaufstände, auch in den kurtrierischen Städten Boppard, Limburg an der Lahn und Oberwesel hatte es deswegen Unruhen gegeben.

Mit der Ausweisung der reformatorischen Anstifter endete die Möglichkeit des evangelischen Bekenntnisses in Trier, nur noch vereinzelt sind protestantische Personen nachzuweisen. Kurfürst Johann VI. von der Leyen hatte das Ereignis zum Anlass genommenn, den Kampf gegen die neue Lehre zu intensivieren: protestantischer Adel wurde vom Hof und von der Verwaltung ausgeschlossen, das Bürgerrecht an den Katholizismus gebunden. Nur wenige Protestanten kehrten zurück, durften ihre Konfession aber nicht offen leben.

Das gesamte kurtrierische Territorium blieb fest in der Hand des Katholizismus, jedoch hatten alle Kurfürsten die Bereitschaft für und den Wunsch nach Reformen geäußert - wussten sie doch, dass dies die alte Konfession nachhaltig festigen würde. Es wurden nicht nur römische und tridentinische Reformen umgesetzt, auch eigene Verbesserungswünsche kamen zum Tragen. Jedoch musste sich die Kirchenführung gegen Widerstände durchsetzen: im Domkapitel wollte man die eigentlich verbotenen Pfründenhäufungen nicht aufgeben, Stifte und Klöster waren über bischöfliche Kontrollen erzürnt. Die Reformtätigkeiten hatten bereits Mitte des 15. Jh. unter Jakob von Sierck begonnen, der eine umfassende Klosterreform angestrebt hatte. Jedoch gestaltete es sich für jeden Erzbischof im Laufe der Zeit als schwierig, seine Pläne auch umzusetzen.

Das Trienter Konzil (1545-1563) setzte jedoch kräftige Impulse, durch die Berufung von Jesuiten nach Trier im Jahr 1560 wurde eine wichtige Basis für die Umstrukturierung geschaffen. Eine Generalvisitation 1569/70 leitete die Reformen ein, deren Planung und Umsetzung in den Händen der Jesuiten lag. Es folgten klare Ansagen hinsichtlich Klerus-Ausbildung, Normverstöße der Gläubigen, Vermögens- und Disziplinarangelegenheiten etc.

Unter Beobachtung: der Klerus

Es seien an dieser Stelle die Maßnahmen für den Klerus etwas näher beleuchtet - wichtige Anliegen waren: Wiederherstellung der Disziplin, bessere Bildung und Ausbildung, gründliche Überprüfung der Kandidaten auf ein geistliches Amt. Es wurden Jesuitenkollegien sowie Seminare begründet, Prüfungen wurden teils unter kurfürstlicher Anwesenheit durchgeführt. 

Auch die Seelsorge sollte verbessert werden: so gab es neue Zusammenstellungen hilfreicher Schriften, Anweisungen und Pflichthinweisung für die Sakramentenspende und religiöse Unterweisung. Außerdem wurden ab 1589 ein kleiner sog. 'Kurtrierischer Katechismus' verbreitet und Sendbriefe mit praktisch-didaktischen Anweisungen an Pfarrer verschickt.