Johannes Bader wurde um 1487 in Straßburg geboren. Über seine Jugend, Ausbildung und Herkunft ist nahezu nichts bekannt. Er trat erstmals 1509 in Zweibrücken als Prinzenerzieher von  Ludwig II. von Pfalz-Zweibrücken in Erscheinung. Ab 1514 arbeitete er zudem als Kaplan in Zweibrücken.  1518 wird Bader Pfarrer in Landau.

Seit 1522 trat er offen gegen die Missstände innerhalb der katholischen Kirche auf. Daher wurde er am 20. März 1523 vor das bischöfliche Gericht in Speyer einbestellt. Die Verhandlungen gegen Bader wurden am 28.4. und 17.7.1523 von Generalvikar Georg von Schwalbach geführt und endeten damit, dass ihm entsprechend dem Nürnberger Reichsabschied von 1523 empfohlen wurde, „das heilige Evangelium zu predigen und sich den kaiserlichen Mandaten gehorsam zu halten“. Ungeachtet dessen setzte Bader seinen Widerstand gegen die Missstände fort und bekannte sich zur lutherischen Lehre. Daraufhin wurde er am 10.3. 1524 wieder vor das bischöfliche Gericht in Speyer geladen. Da er zum zweiten Verhandlungstermin am 17.03.1524 nicht erschien und sich schriftlich verteidigte, wurde Bader von Georg von der Pfalz dem Bischof von Speyer mit dem Kirchenbann belegt. 

Bader setzte seine Tätigkeit als Pfarrer in Landau fort und arbeitete dort besonders für die Jugendarbeit, wobei er unter anderem die Gründung einer deutschen Schule in Landau veranlasste. Trotz mehrmaliger Auslieferungsgesuche durch Bischof Georg fand Bader Unterstützung beim Stadtrat von Landau. Daher blieben auch Versuche Gregors mit Hilfe von Kurfürsten Ludwig V. von der Pfalz oder des Kaisers Ferdinand I. Baders habhaft zu werden erfolglos. Nachdem der Landauer Stift die Bezahlung Baders auf Betreiben des Bischofes einstellte, wurde seine Entlohnung vom Stadtrat übernommen.

1526 verfasste Bader den ältesten evangelischen Katechismus. 1536 trat er der Wittenberger Konkordie bei. In der Abendmahlsfrage stand Bader Martin Bucer nahe. Er wandte sich mit seiner Gemeinde entschieden gegen die Täuferbewegung. Zudem verband ihn eine enge Freundschaft mit Kaspar Schwenckfeld, dessen Einfluss auf die Lehren Baders immer deutlicher wurde. Seit 1538 erkrankte Bader mehrfach, so dass ihm 1543 ein Diakon vom Stadtrat als Helfer zugestanden wurde. Zwischen dem 10. und 15.08.1545 verstarb Johannes Bader in Landau.