Die lutherische Gemeinde bildete sich offiziell mit dem Übertritt des kurpfälzischen Fürsten Friedrich II. (1482-1556) zur Lehre Martin Luthers im Jahr 1546. [Anm. 1] Später wurde die Kurpfalz dem reformierten Bekenntnis zugeführt. In der Pfarrkirche St. Remigius wurde reformierter Gottesdienst gehalten. Während des Dreißigjährigen Kriegs fanden mehrere Konfessionswechsel statt. Danach wurde die Kirche simultan genutzt.

Die Pfälzische Kirchenteilung von 1705 wurde zum Nachteil für die Reformierten und Lutheraner. Die katholische Gemeinde erhielt das alleinige Benutzungsrecht der Kirche St. Remigius. So mussten nun die protestantischen Gemeinden eine Möglichkeit zur Abhaltung ihres Gottesdiensts finden. Da zusammen mit der Kirche auch das Pfarrhaus an die katholische Gemeinde fiel, hatten die Reformierten keinen eigenen Pfarrer mehr am Ort. Sie wurden Filialgemeinde von Hangen-Weisheim.[Anm. 2] Die Lutheraner waren nach Westhofen gepfarrt, nachdem sich im ersten Viertel des 18. Jahrhunderts die lutherische Gemeinde neu gebildet hatte.[Anm. 3]

Zwei Jahrzehnte später wurde mit dem Bau einer eigenen reformierten Kirche begonnen, die 1726 fertiggestellt war. Der Bau sollte sich mehrmals als problematisch erweisen. In den folgenden zwei Jahrhunderten mussten ständig Reparaturen vorgenommen werden.[Anm. 4] Die Lutheraner hatten ihren Betsaal im Rathaus bis zur Wörrstädter Union am 28. November 1822 als sich Reformierte und Lutheraner zusammenschlossen.[Anm. 5]

1861 wurde die sanierungsbedürftige Kirche repariert. Die Kirche wurde mitsamt dem Mobiliar neu gestrichen. Die Fenster wurden vergrößert. Ein steinerener Altar wurde aufgestellt, wofür die Jungfrauen von Gundersheim ein blaues Altartuch stifteten.[Anm. 6]

1893 wurden die Kirchenfenster gesegnet. Sie zeigen Jesus Christus, den Hl. Paulus (gest. um 64), Martin Luther (1483-1546) und Huldrych Zwingli (1484-1531). Sie wurden von Konrad Dürkes gestiftet.

Der Kirchturm, der heute das Erscheinungsbild der Kirche bestimmt, wurde erst 1891 bis 1892 errichtet. Jakob Gratwohl, der Kirchenvorsteher, stiftete dazu eine Glocke. Am Kirchturm und an der Glocke der katholischen Kirche St. Remigius hatte bis dato die protestantische Gemeinde ein Mitbenutzungsrecht.[Anm. 7] Bereits 1901 wurden Turm und Kirche wieder restauriert.[Anm. 8] Die letzte Instandsetzung des Turms erfolgte unter der Bildhauerin Birgit Dursy (geb. 1962) im Jahr 2010.[Anm. 9]

1920 wurde zur bereits vorhandenen Glocke eine weitere angeschafft die durch Spenden in der Gemeinde finanziert wurde. Sie wurde von der Firma Rinker in Sinn gegossen.

Die Hauptglocke von Jakob Gratwohl musste im Zweiten Weltkrieg zum Einschmelzen abgegeben werden und kam nicht mehr zurück. So hing nur noch die Glocke von 1920 im Kirchturm. Deshalb wurden zwei kleinere Glocken im Jahr 1951 gegossen.

Die Orgel erhielt 1921 ein neues Magazingebläse und wurde zuletzt 1965 gründlich überarbeitet.

Die Umgestaltung von 1961 bis 1965 betraf den gesamten Innenraum: Eine neue Empore wurde eingebaut, ein neues Gestühl, ein neuer Altar und ein neues Lesepult. Für den liturgischen Gebrauch wurden neue Paramente angeschafft.

Der Haupteingang zur Kirche wurde unter den Turm verlegt.[Anm. 10]

Mit dem Bau des neuen Pfarrhauses mit Gemeindesaal 1955-1958 bekam auch Gundersheim wieder einen eigenen evangelischen Pfarrer.[Anm. 11] Heute leben 826 protestantische Christen in Gundersheim.[Anm. 12]Sie stellen etwas mehr als die Hälfte der Bevölkerung und teilen sich zusammen mit den Nachbarorten Hangen-Weisheim und Hochborn einen Pfarrer.[Anm. 13]