Erstmals erwähnt wird Ockenheim am 15.10.823 in einer Urkunde des Klosters Prüm (Prümer Liber Aureus). Damals schenkte Kaiser Otto II. dem Mainzer Erzbischof Willigis auf dem Reichstag in Verona das "Binger Land". In dieser Veroneser Schenkung war auch Ockenheim (Huccunheim) enthalten.
Das mittelalterliche Ockenheim musste sich an der Verteidigung der Stadt Bingen beteiligen. Dafür, dass die Ockenheimer ihren Ort befestigten und eine Zollstation erbauten, genossen sie eine Zeitlang Zollfreiheit.
Am 21.1.1462 verpfändete der Mainzer Erzbischof Adolf von Nassau Ockenheim und andere Ortschaften an Markgraf Karl von Baden. Der Markgraf gab am 29.8.1466 seine Pfandrechte an die Grafen von Katzenelnbogen ab. Am 10.7.1480 löste der Mainzer Erzbischof Diether von Isenburg die Pfandschaft wieder ein. Ockenheim wurde der Amtskellerei Algesheim unterstellt.
Im Rahmen des Bauernkriegs (1525) beteiligten sich auch Ockenheimer an den Kampfhandlungen im Rheingau. Nach der Niederschlagung der Revolte musste das Dorf eine hohe Geldstrafe bezahlen, die auf die einzelnen Einwohner umgelegt wurde. Seit dieser Zeit wurden die kurmainzischen rechtsrheinischen Gebiete von den linksrheinischen Gebieten getrennt verwaltet.
Im Jahr 1552 zerstörte Markgraf Albrecht von Brandenburg-Kulmbach als Verbündeter des französischen Königs mit 10.000 Söldnern "des Heiligen Römischen Reiches Pfaffengasse" von Mainz bis Trier. Dabei wurde auch Ockenheim in Mitleidenschaft gezogen. Der Ort wurde erneut verpflichtet, sich an der Verteidigung der Stadt Bingen zu beteiligen und seine Dorfummauerung zu verstärken.
Im Dreißigjährigen Krieg (1618-1648) war Ockenheim von 1630 bis 1636 von schwedischen Truppen besetzt. 1631 kamen die Spanier und führten wieder die katholische Religion ein, die von den Schweden abgeschafft worden war. 1635 kamen 16.000 Franzosen nach Ockenheim. Das Dorf wurde von Plünderungen und Bränden heimgesucht. Nach dem Ende des Krieges 1648 lebten in Ockenheim nur noch 58 Personen. Kaum hatte sich der Ort vom Krieg erholt, wütete 1666 die Pest. Trotzdem trafen am 26.9.1666 u. a. in der Ockenheimer Gemarkung kurfürstliche Truppen auf mainzische Verbände und lieferten sich auf dem Höhenzug südlich des Dorfes Richtung Dromersheim eine blutige Schlacht.