Erstmals genannt wir Henschhausen als Hentzhusen im Jahr 1319; Später wird er Ort auch als Henzhusin (1331), um 1335 als Henssigishusin, 1363 als Heinzhusen, 1368 als Hentshusen, 1372 als Henschhusen, Hensshusen, 1387als Hentshusen, später auch als Heintzhusen,  Hentzhaußen,  Hentschuchsheim u.a. bezeichnet. Etymologisch wird der Ortsname als "bei den Häusern des Hen[t]so" erklärt. Um 1000 befand sich Henschhausen in Besitz der Kölner Erzbischof. Es wurde 1140 als Lehen an den Grafen Hermann von Stahleck übertragen und seit 1189 gehört der Ort entgültig zu dem Besitz der Pfalzgrafen. Aus dem Jahr 1372 ist ein Lehnsrevers des Emmerich Breitscheid von Steeg gegen Erzbischof Friedrich von Köln über den Hof Henschhausen gegenüber Bacharach (2 Stück Wingert bei Bacharach und 1 Stück bei Steeg) überliefert. Laut dem Weistum aus dem Jahr 1387 gehörte der Hof Henschhausen dem Erzstift Köln. 1590 werden zwei Höfe zu Henschhausen als kurkölnische Lehen im Besitz der Erben der Herren Gellern zu Bacharach genannt. 1669 war ein Hofgut zu Henschhausen, das ehemals im Besitz der Gellernschen Erben gewesen war, nun als kurkölnisches Lehen in der Hand der Leichtweilerischen Erben. Zu Henschhausen lag auch ein Hofgut, bestehend aus Ackerland und Wiesen, das "vor undenklichen Zeiten" zerstückelt und unter die Untertanen zu Henschhausen und zu Langscheid aufgeteilt worden ist. Das Gut musste jährlich acht Malter Korn, zwei Malter Hafer und zwei Simmer Erbsen an die kurpfälzische Kellerei Bacharach zahlen. Laut der Oberamtsbeschreibung Bacharach vom Jahr 1669 war Henschhausen von alters her ein Hofgut (2 Höfe bzw.  Weiler) gewesen und gehörte zur Stadt Bacharach. Landesherr war der Pfalzgraf bei Rhein. 1769 wurde der Hof an die Gemeinde verpachtet. Nach der Besetzung des Rheinlandes durch die Franzosen gehörte Henschhausen 1812 zur Mairie Bacharach im Kanton Bacharach.