Die Johanneskirche in Niederlahnstein entstand um 1130-1136 und gehört zu den ältesten Emporenkirchen am Mittelrhein und den kunsthistorisch bedeutendsten. Nach ihrem Vorbild wurden die Kirchen in Koblenz (Liebfrauenkirche) und Boppard gebaut. So findet man besonders oft ein steiles Mittelschiff bei den Kirchen des Mittelrheins. (Peterskirche in Bacharach)
Die einstige Pfarrkirche aus dem 12. Jahrhundert brannte 1794 nieder. Bis ins Jahr 1856/57 blieb sie eine Ruine. Dann wurde sie als eine "flachgedeckte vierjochige Pfeilerbasilika mit sparsamem Schmuck" unter der Leitung von Richard Görz und Edurad Zeis wieder aufgebaut, allerdings wie es für romanische Basilika unüblich ist, mit einem zusätzlichen Emporengeschoss.  (Cornelius;116)
Aus dem 12.Jahrhundert stammen noch das Kirchenschiff, der Chor und die drei untersten Geschosse des Turmes. Ein vierter Turm, der gegen Ende des 12.Jahrhunderts erbaut wurde, stürzte 1884 aufgrund der Folgen eines Brandes von 1794 ein. Das Turmdachwerk der erhalten gebliebenen Türme ist heute das älteste am Mittelrhein.
Die Johanneskirche in Niederlahnstein war die ehemalige Pfarrkirche des Ortes und gehörte mit ihm seit 1047 den Erzbischöfen von Trier. Im Jahr 1906 wurde sie Klosterkirche und in den Bau einer Kosteranlage integriert.
Die inneren und äußeren Farbmalereien erfolgten im 20.Jahrhundert nach dem Vorbild eines mittelalterlichen Befundes.