Niederlahnstein bekam (wie auch Oberlahnstein) im Jahr 1322 Stadtrechte. Doch die tatsächliche Anerkennung als eine solche folgte erst 1885 durch eine Kreisverordnung.
Oberlahnstein und Niederlahnstein sind seit jeher durch die Lahn voneinander getrennt, was dazu führte, dass jeder Ortsteil seine eigene historische Entwicklung durchmachte. Wenn auch in der fränkischen Zeit wohl noch keine solch scharfe Trennung der beiden Ortsteile von Lahnstein bestand, so änderte sich dies mit der Einteilung in Gaue. Oberlahnstein gehörte zum Einrichgau und Niederlahnstein zum Engersgau. Beide Städte gehörten im 18. und frühe 19.Jahrhundert zum Herzogtum Nassau, wurden aber im Preußisch-Österreichischen Krieg preußisch. Seit dem Zweiten Weltkrieg gehört Niederlahnstein wie auch Oberlahnstein zum Bundesland Rheinland-Pfalz.
Seit dem Jahr 1969 bilden beide Ortsteile die Stadt Lahnstein, die  den Status "einer Großen kreisangehörigen Stadt" besitzt.