Urkundlich erstmals erwähnt wird Pfaffendorf 1018, als Kaiser Heinrich II. dem Trierer Erzbischof Poppo von Babenberg den fränkischen Königshof in Koblenz mitsamt den Weinbergen in Paffendorf schenkte. Wenig später wird Pfaffendorf in einer Schenkungsurkunde zugunsten des Stifts St. Kastorstiftes erneut erwähnt (1047). Von den Stiftsgeistlichen, dern Pfaffen, dieses reichen Koblenzer Stiftes rührt auch der Name „Pfaffendorf“ her.
Die kurtrierische Ortsherrschaft endete mit der Bestzung der Rheinlande durch die Frazosen (1794). Im sog. Reichsdeputationshauptschluss 1803 wurde Pfaffendorf mit seinen Nachbargebieten dem Herzogtum Nassau und schließlich 1815 nach dem Wiener Kongress an das Königreich Preußen überweisen. Der Ort gehörte zur Bürgermeisterei Ehrenbreitstein im Kreis Koblenz.
Am 1.7.1937 wurde Pfaffendorf nach Koblenz eingemeindet.