Der Ort Kapellen wurde mit dem Bau der Burg Stolzenfels unter Erzbischof Arnold II. von Isenburg (1242-1259) befestigt. Man bezog nämlich das Tal in die Befestigung ein. Der Punkt an dem die Burg erbaut wurde, war strategisch günstig, denn hier trafen die Länder der drei rheinischen Erzbistümer aufeinander.
Erzbischof Heinrich von Finstingen verlieh dem Ort am 29.9.1275 die Stadtrechte nach dem Vorbild von Koblenz. Zusammen mit den Stadtrechten 1275 bekam die Stadt auch ein eigenes Siegel. Unter Kurfürst Balduin von Luxemburg (1308-1354) wurde Stolzenfels kurtrierisches Amt. Balduin verlegte auch 1328 den Rheinzoll von Koblenz zu Füßen der Burg Stolzenfels. Im Jahr 1412 wurde der Zoll als "Koblenzer Rheinzoll" nach Engers verlegt. Dem im Bistumsstreit 1436 abgesetzten Erzbischof Ulrich von Manderscheid wurde von einem Schiedsgereicht die Burg Stolzenfels als Wohnsitz zugewiesen.
Während des Pfälzischen Erbfolgekrieges wurde die Burg im Zuge der Belagerung der Stadt Koblenz zerstört.
Im Jahr 1808 verlor Stolzenfels die Stadtrechte. 1814 überschritten in der Neujahrsnacht russische Truppen unter General Graf de St. Priest bei Stolzenfels den Rhein.
Der Ortsteil Stolzenfels hieß bis 1968 "Kapellen". Am 9. Juni 1969 wurde Stolzenfels in die Stadt Koblenz eingemeindet.