Zu den frühesten Zeugnissen menschlicher Ansiedlung auf dem Gebiet der heutigen Ortsgemeinde Klotten gehört ein aus 15 Grabhügeln bestehendes Gräberfeld im Jünkernwald westlich der heutigen Gemeinde. Aufgrund fehlender Untersuchungen ist eine genaue Datierung der Gräber bislang nicht möglich, jedoch hält die neuere Forschung eine Datierung in die frühe Eisenzeit (ca. 800-500 v. Chr.) für wahrscheinlich. [Anm. 1] An der sogenannten „Schwedenschanze“, einer 180 Meter breiten Wallanlage auf dem Klottener Berg, konnten verschiedene Einzelfunde aus der späten Urnenfelderzeit sowie der Eisenzeit geborgen werden. [Anm. 2]

Nachweislich aus römischer Zeit stammen die Überreste eines landwirtschaftlich geprägten Gutshofs (villa rustica) mit dazugehörigem Gräberfeld, der sich auf dem Klottener Berg zwischen Feller- und Dortebach in der Nähe des heutigen sogenannten „Annischer Hofes“ befindet. [Anm. 3] Nach Einschätzung von Karl-Josef Gilles war die Villa vom ersten Jahrhundert nach Christus bis in die Zeit der Germaneneinfälle nach 275/6 besiedelt. [Anm. 4] Am westlichen Ortsausgang am Fuß eines steilen Weinhanges wurden zudem mehrere römische Brand- und Körpergräber gefunden sowie Gebäudereste, bei denen es sich möglicherweise um ein Kelterhaus handelte. [Anm. 5] Zwei weitere römische Siedlungsstellen befanden sich am rechten Moselufer sowie hinter der sogenannten „Schwedenschanze“ auf dem Klottener Berg. [Anm. 6]

Zahlreiche spätrömische Kleinfunde an den Hängen der heutigen Burg Coraidelstein oberhalb des Ortes deuten darauf hin, dass sich dort im 4. und 5. Jahrhundert eine spätrömische Höhenbefestigung befand. Sie war Teil eines größeren Systems von Militärstationen, das sich von Trier entlang der Mosel bis zur Mündung in den Rhein hinzog und wohl zur Sicherung der Wasserstraße für die Versorgung der Kaiserresidenz in Trier diente. [Anm. 7] Zudem lag die Festung an den Fernwegeverbindungen, die über den Hunsrück von Trier nach Koblenz und von Trier über die Eifel nach Neuwied führten. [Anm. 8] Zwischen Klotten und Pommern befand sich zudem eine Furt, die eine wichtige Querverbindung zwischen der Eifel und dem Hunsrück bildete. [Anm. 9] Das zur Befestigungsanlage gehörende Gräberfeld befand sich wahrscheinlich im Bereich der heutigen Klottener Pfarrkirche; dort waren 1865 mehrere Körpergräber mit Beigaben aus dem 4. nachchristlichen Jahrhundert entdeckt worden. [Anm. 10] Es ist davon auszugehen, dass die Höhenburg auf dem Coraidelstein ebenso wie die übrigen Befestigungen an der Mosel den Germaneneinfällen im 5. Jahrhundert n. Chr. zum Opfer fiel. [Anm. 11] Aus der anschließenden merowingischen Zeit sind auf der Gemarkung der heutigen Gemeinde Klotten nur wenige Einzelfunde überliefert. [Anm. 12]

Die erste gesicherte urkundliche Überlieferung von Klotten stammt aus dem Jahr 888. [Anm. 13] Es handelt sich hierbei um eine Urkunde König Arnulfs, der dem Marienstift zu Aachen die Zinsen aus einem zehntpflichtigen Gut in „Cloduna“ überschrieb. Nach Einschätzung mehrerer Sprachforscher ist der Ortsname keltischen Ursprungs und lässt sich demnach vom keltischen „Caleto dunon“, übersetzt „befestigte Anhöhe“, ableiten. [Anm. 14] Diese philologische Interpretation wird durch die Funde römischer Siedlungsreste auf dem Burgberg und nahe der Pfarrkirche gestützt. [Anm. 15] Der heutige Ort entwickelte sich aus drei ursprünglich eigenständigen Siedlungskernen, zu denen neben der Befestigungsanlage auf dem Platz der heutigen Burg auch der Distrikt „Kirchkommert“ auf dem Gebiet um die heutige Pfarrkirche sowie der Bereich um „Kempelen“, der sich später im Besitz der Abtei Brauweiler befand, gehörte. [Anm. 16] Die Siedlungszentren wurden vermutlich seit dem 4. Jahrhundert zu einem zusammenhängenden Siedlungsgebiet zusammengefasst.

Klotten war ursprünglich Teil des Reichslehens, das die lothringischen Pfalzgrafen als Lehen trugen, die ihren Sitz auf der über dem Ort thronenden Burg hatten. [Anm. 17] Die polnische Königin Richeza, Tochter des 1034 verstorbenen Pfalzgrafen Ezzo, vermachte ihren Weingutsbesitz in Klotten im Jahr 1056 der Benediktinerabtei Brauweiler bei Köln. [Anm. 18] 1090 ging Klotten wieder in den Besitz der Pfalzgrafen über, wurde diesen jedoch 1151 von König Konrad III. entrissen. [Anm. 19] 1293 ließ König Adolf von Nassau (1292-1298) das Dorf mit der Burg an Kurtrier verpfänden; Klotten ging schließlich 1298 unter König Albrecht I. von Österreich endgültig in den Besitz des Kurtrierer Erzstifts über. [Anm. 20] 1332 erteilte König Karl VI. dem Trierer Kurfürst das Recht, dem Ort Klotten Stadtrechte zu verleihen, doch behielt Klotten in der Folgezeit dennoch seine dörfliche Struktur. [Anm. 21]

Seit dem 11. Jahrhundert ist ein Wochenmarkt in Klotten nachweisbar.[Anm. 22] Eine Kirche wird 814 in einer nicht erhaltenen Urkunde Ludwigs des Frommen und erneut 980 erwähnt. [Anm. 23] Sie war dem heiligen Petrus geweiht. Nach Ansicht von Friderich existierte jedoch bereits gegen Ende des 6. Jahrhunderts eine königliche Eigenkirche in Klotten. [Anm. 24] 1004 weihte Erzbischof Ludwolf von Trier eine neue, den heiligen Petrus, Maximinus, Justus, Lucas Evangelist und Polycarp gewidmete Pfarrkirche in Klotten ein. [Anm. 25]