Die heutige evangelische Kirche in Niederkirchen befindet sich im Norden des Ortsgebietes in der Schulstraße. Die heutige Kirche wurde 1723 als barocker Saalbau mit zwei Fensterachsen und dreiseitigem Schluss an der Stelle der mittelalterlichen Pfarrkirche errichtet.

Bereits der Ortsname von Niederkirchen deutet darauf hin, dass sich die Ortschaft um die Kirche herum entwickelt hat. Da diese Kirche im Gegensatz zur Kirche des *Heimo (namensgebend für das heute eingemeindete Heimkirchen) geographisch tiefer im Tal gelegen war, wurde sie die „niedere“ Kirche genannt, woraus sich der Ortsname Niederkirchen entwickelte. Bereits in der urkundlichen Erstnennung von Niederkirchen in einer Aufzählung aller Kirchengemeinden im Archipresbyteriat Münsterappel der Erzdiözese Mainz von 1401 wird ein Pfarrer im Ort erwähnt. Über diese mittelalterliche Kirche ist jedoch nur wenig überliefert. Ein altes Niederkirchener Gerichtssiegel zeigt allerdings den Heiligen Laurentius mit dem Rost in der rechten und einem Kelch in der linken Hand, weshalb angenommen werden kann, dass diese mittelalterliche Kirche dem Heiligen Laurentius geweiht war. [Anm. 1]

In der Mitte des 16. Jahrhunderts wurde die Reformation in den Gebieten der Wild- und Rheingrafen eingeführt und die Kirche von Niederkirchen wurde vermutlich, wie alle Kirchen im Odenbachtal, bis 1552 lutherisch. Die Orte Niederkirchen, Morbach, Hefersweiler und Berzweiler gehörten zu diesem Zeitpunkt zur Pfarrei Niederkirchen. Die zunehmenden Spannungen zwischen den christlichen Konfessionen boten Anfang des 17. Jahrhunderts den religiösen Vorwand für den blutigen Machtkampf der europäischen Großmächte, der 1618 zum Ausbruch des Dreißigjährigen Krieges (1618–1648) führte. Während des Krieges gehörten die linksrheinischen Gebiete zu den am stärksten vom Krieg betroffenen Gegenden. Wiederholte Eroberungen und Rückeroberungen führten zu häufig wechselnden Konfessionen in der Bevölkerung, da sich diese stehts an die Konfession des jeweiligen Herrschers anpassen musste. Nach dem Ende des Dreißigjährigen Krieges durch den Westfälischen Frieden 1648 kam es zu einer verstärkten Einwanderung aus weniger stark vom Krieg betroffenen Gebieten, da sich viele, die in ihrer Heimat wegen ihres Glaubens vertrieben worden waren, in den Gebieten der protestantischen Fürsten des linksrheinischen Gebietes ansiedeln wollten.

Im Jahre 1723 wurde die heutige protestantische Kirche in Niederkirchen, an derselben Stelle wie die mittelalterliche Vorgängerkirche, errichtet. Über die Entstehung der neuen Kirche gibt es sogar eine Sage: Als die alte Kirche abgebrochen war, sollte die neue Kirche am Relsberger Kirchenpfad erbaut werden. Das Baumaterial soll bereits an diese Stelle gebracht worden sein, als die Niederkirchener eines Nachts dorthin gingen und das Bauholz und die Steinquader an den jetzigen Kirchenplatz brachten. Damit war die Frage des Bauplatzes eindeutig entschieden. [Anm. 2]

Die Kirche wurde am 20. Oktober 1723 als kleiner Saalbau im barocken Stil mit bogigen Fenstern mit einer Einrahmung aus Hausteinen errichtet. An einer Seite ist ein sogenanntes Ochsenauge als Öffnung angebracht. Die Portale befinden sich an der West- und Südseite. Am mit Zierrat geschmückten Westportal findet sich eine Bauinschrift, dass die Kirche unter der Herrschaft des Herzogs Leopold von Zweibrücken und des Wild- und Rheingrafen Karl von Dhaun erbaut wurde. Das Südportal ist mit einem Blumenfries geschmückt und zeigt die Jahreszahl 1723. Auf einer Steintafel findet sich das Bibelzitat aus dem 1. Buch Moses 28,17: „Hie ist nichts anderes denn Gottes Haus und hie ist die Pforte des Himmels.“ Im Innern handelt es sich bei der Kirche um ein gedrücktes Tonnengewölbe ohne Gesims. An drei Seiten befindet sich auf hölzernen Pfeilern eine Empore mit geschlossener Brüstung und geteilten Feldern. Auf der Empore befindet sich das alte Orgelgehäuse von 1770, in der sich heute die neuere Steinmeyer-Orgel befindet. Im Altarraum befinden sich ein großer Altar aus Naturstein und eine Kanzel im neueren Stil. Heute sind noch zwei barocke Abendmahlskelche erhalten. An der Innenwand der Kirche sind auch zwei geschmückte Grabsteine der ehemaligen Pfarrer Johannes Böhmer (1627–1699) und Johannes Giel (1697–1750) aufgestellt.

Bereits 1790 musste die Kirche wegen Platzmangel erweitert werden. In den Jahren 1833/34, 1894/9 und 1931/33 wurden weitere Renovierungen an der Kirche und dem Pfarrhaus durchgeführt. 1839 wurde ein neuer Friedhof am Relsberger Weg angelegt und der alte Friedhof in direkter Nachbarschaft der Kirche wurde nicht weiter genutzt. Nachdem die Orgel in den 1850er Jahren durch den Orgelbauer J. Forell aus Freiburg repariert worden war, erhielt die Niederkirchener Kirche 1907 eine neue Orgel.

Im Ersten Weltkrieg wurden die Glocken der evangelischen Kirche für die Kriegswirtschaft beschlagnahmt. Nach dem Ende des Krieges beschloss die Kirchengemeinde 1925 drei neue Kirchenglocken anzuschaffen. Die politische Gemeinde erklärte sich daraufhin bereit, sich an der Anschaffung finanziell beteiligen zu wollen, wenn sie dafür die Glocken für Polizei- und Feuergeläut durch eine von ihnen bestimmte fachkundige Person nutzen dürften. An diesem Nutzungsrecht und der für Läuten zuständigen Person entfachte sich in der Folge ein heftiger Streit der über vier Jahre andauerte und zu gegenseitigen Drohungen über Nutzungsrechte der Glocken durch die politische Gemeinde und des Schulsaals durch die Kirchengemeinde sowie verschiedenen Gebührenforderungen führte. Der Streit zog sich bis Ende des Jahres 1930 hin, nachdem die fraglichen Nutzungsrechte und die fälligen Gebühren endgültig geklärt werden konnten. Zwei der drei damals angeschafften Glocken wurden schließlich 1942 im Zuge des Zweiten Weltkrieg für die Kriegswirtschaft beschlagnahmt. [Anm. 3]

Im Jahr 1952 schlug der Blitz in den Turm ein und die Schäden an der Kirche wurden noch im selben Jahr beseitigt. Zwischen 1961 und 1962 wurde die Niederkirchener Kirche generalrenoviert, wobei die neue Kanzel und Orgel der Firma G. F. Steinmeyer aus Oettingen erst 1963 eingebaut werden konnte. Am 24. August 1986 konnte schließlich noch zwei neue Glocken eingeweiht werden, wodurch das Geläut der Kirche wieder vollständig war.

1968 erfolgte die Neueinteilung der Kirchengemeinde: Die Gemeinde Heimkirchen wurde aufgelöst und der Gemeinde Niederkirchen zugeordnet, Relsberg wurde von Niederkirchen abgetrennt und kam zu Einöllen und bald darauf wurde Wörsbach abgetrennt und der Gemeinde Olsbrücken zugeordnet. Im Jahr 1977 schlossen sich die Kirchengemeinden Niederkirchen und Heimkirchen endgültig zusammen. Heute sind Niederkirchen und Heimkirchen zusammen mit Morbach, Hefersweiler und Berzweiler sowie seit 2019 wieder Relsberg Teil der protestantischen Kirchengemeinde Niederkirchen-Heimkirchen.