Die Anfänge der Gemeinde Balduinstein sind untrennbar mit den machtpolitischen Interessen ihres Namensgebers, des Erzbischofs Balduin von Trier, verbunden. Dieser führte eine Fehde gegen die Herren von Westerburg, die über die Schaumburg herrschten. Um ihren Einfluss zu schmälern, ließ Balduin von Trier 1319 unweit der Schaumburg auf dem Grund der Westerburger eine neue Burg errichten. Bereits 1321 entschied Balduin den Konflikt zu seinen Gunsten. Im Westerburger Vertrag überließen die Herren von Westerburg Balduin den Grund und Boden der neuerrichteten Burg und des zugehörigen Tals.[Anm. 1]

Im selben Jahr verlieh Kaiser Ludwig IV. Balduinstein die Stadtrechte. Die Anlage einer Siedlung wurde demnach schon früh ins Auge gefasst. Zudem übertrug der Kaiser Balduin die Gerichtsbarkeit sowie die Landeshoheit im nahen Freiheimgericht („Vriheimgereide“), das wohl mit dem Gebiet des Kirchspiels Habenscheid identisch war. Balduinstein wurde relativ bald nach seiner Gründung – wohl spätestens 1327 – zum Hauptort eines neuen Trierischen Amtsbezirks. Der erste Amtmann Balduinsteins wurde Dietrich von Staffel, der im Konflikt mit den Herren von Westerburg stets zu den Unterstützern Balduins gezählt hatte. 1339 wurde Dietrich von Staffel zum Burggrafen und Amtmann auf Lebenszeit ernannt. Im Gegenzug verpflichtete er sich, eine Stadt zu errichten und diese mit einer Mauer zu umgeben.[Anm. 2]

Die Balduinsteiner Wirtschaft war in wesentlichen Teilen durch die Landwirtschaft geprägt. Bereits für das Jahr 1321 ist durch einen Kaufvertrag der Weinbau in Balduinstein belegt. Insbesondere der Bruder des ersten Amtmanns Dietrich von Staffel, Wilhelm von Staffel, der Abt des Klosters Arnstein war, förderte den Weinbau. Arnstein besaß auch in späterer Zeit besondere Zehntrechte an Wingerten in Balduinstein. Die meisten Wingerte in Balduinstein befanden sich in den Übergängen zum späteren Ortsteil Hausen. Angebaut wurde vor allem Rotwein.[Anm. 3] Der Weinbau an der Lahn erlebte seine Blütezeit zwischen 1500 und dem Beginn des Dreißigjährigen Kriegs 1618. Im 17. Jahrhundert war er aufgrund von Kriegen, aber auch einem Wandel des Klimas, im Niedergang. Ein letzter Nachweis einer Weinlage in Balduinstein stammt aus dem Jahr 1902.[Anm. 4]

Schon relativ früh verlor Balduinstein seine strategische Bedeutung. Bei seiner Gründung war Balduinstein – neben Montabaur – der einzige Vorposten des Erzbistums Trier im rechtsrheinischen Raums gewesen. 1344 aber erhielt Balduin durch Pfandschaft die Hälfte von Burg, Stadt und Herrschaft Limburg. 1407 ging die Herrschaft Limburg dann komplett in Trierischen Besitz über. Trotz seiner schwindenden strategischen Bedeutung wurde die Stadt Balduinstein aber 1429 bis zum Ausgang des Tals erweitert, wobei eine Mauer und ein Turm über der Pforte (genannt „Port“) errichtet wurden.[Anm. 5]

Im 17. Jahrhundert erlebten Stadt und Burg Balduinstein einen gewissen Niedergang. Die Burg verfiel ab 1631 immer mehr, so dass 1680 nur noch die Mauern standen. Im Dreißigjährigen Krieg (1618–1648) wurde die Stadt wohl durch Hunger und Krankheiten schwer getroffen. Die Einwohnerzahl fiel stark. Von ehemals 40 Familien lebten nach dem Krieg nur noch acht in der Stadt. [Anm. 6]

Spätestens ab 1740 verfügte die Stadt eine eigene Schule. 1806 fiel Balduinstein an Nassau-Weilburg, wenig später ging es im 1806 gegründeten Herzogtum Nassau auf. 1866 wurde das Herzogtum Nassau durch Preußen annektiert. 1886 verlor Balduinstein durch die im Jahr zuvor verabschiedete preußische Kreisordnung seine Stadtrechte.[Anm. 7]

Balduinstein war in der Frühen Neuzeit und auch im beginnenden 19. Jahrhundert eine vergleichsweise arme Gemeinde. Diese Armut dürfte wohl auch der Grund für die zahlreichen Auswanderungen gewesen sein. Zwei Familien mit Namen Hergenhahn gingen nach Ungarn. Ihren Höhepunkt erreichte die Auswanderung zwischen 1840 und 1870. 1849 verließ eine Witwe, 1852 zwei Familien, 1853 eine Familie, 1856 eine weitere Person, 1865 eine geschiedene Frau mit Sohn und 1867 eine weitere sechsköpfige Familie die Stadt.[Anm. 8]

Die Gründe für die Armut der Gemeinde waren vielfältig. Seit etwa 1750 hatte ein erhebliches Bevölkerungswachstum eingesetzt. Durch die auch in Balduinstein vorherrschende Realerbteilung, bei der das Erbe gleichmäßig unter den Erbberechtigten aufgeteilt wurde, verringerte sich von Generation zu Generation die dem Einzelnen zur Verfügung stehende landwirtschaftliche Nutzfläche. In Balduinstein kam zum einen hinzu, dass die Böden wenig fruchtbar und teilweise felsig waren, zum anderen, dass die Gemeinde durch die Umstände ihrer Entstehung nicht über große Wald- und Wiesenflächen verfügte. Eine Industrie, die die freigewordene Arbeitskraft hätte auffangen können, existierte nicht.[Anm. 9] Einzelne Personen konnten wohl im Bergbau unterkommen. Dieser wurde bereits seit der Frühen Neuzeit (ca. 1500–1800) in Balduinstein betrieben. 1670 wurde erfolgreich nach Eisenerz gegraben. Dieses kam in der Balduinsteiner Gemarkung nestförmig vor, so dass einzelne Haspelschächte gegraben wurden. Am Hauser Berg wurde zudem Dachschiefer gewonnen. Der Bergbau setzte sich im 19. Jahrhundert fort. Für die Jahre 1828 bis 1856 sind 11 verschiedene Grubenfelder vermerkt. Im Hinblick auf den Dachschieferabbau sind für diesen Zeitraum vier Grubenfelder verzeichnet. Der Dachschieferbau kam wohl ab 1860 zum Erliegen.[Anm. 10]

Die Beschäftigungsmöglichkeiten besserten sich wohl in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts, wenn auch nur langsam. Dabei half etwa die Renovierung der Schaumburg, auf der der Standesherr, Erzherzog Stephan von Österreich-Schaumburg, ab 1850 residierte, der Abbau von Schiefer am Hauser Berg sowie ab 1888 die neuerrichteten Marmorwerke. Beim Bau der Lahntalbahn erhielt Balduinstein zwar wegen der nahen Schaumburg einen eigenen Bahnhof, konnte daraus jedoch keinen großen Vorteil für die Stadtentwicklung ziehen. Allerdings schuf die Bahn Arbeitsplätze. Nichtsdestotrotz reichten diese Entwicklungen nicht aus, um die Stadt zum prosperieren zu bringen. 1878 wurde die Gemeinde als „die wohl Ärmste im Amte Diez“ bezeichnet.[Anm. 11]

Die Armut der Gemeinde mag ein Grund dafür gewesen sein, dass sich Balduinsteiner vergleichsweise früh zur Förderung des Tourismus entschlossen. 1913 wurde der „Heimat- und Verkehrsverein“ gegründet. Nach dem Ersten Weltkrieg, aus dem 33 Balduinsteiner nicht mehr zurückkehrten, wurde Balduinstein dann ein Ausflugs- und Ferienort.[Anm. 12]

In der Zeit der Weimarer Republik, und auch in Zeiten der Wirtschaftskrise ab 1929, scheint Balduinstein eine Hochburg der Zentrumspartei – der Partei des politischen Katholizismus – gewesen zu sein.[Anm. 13] Über die Auswirkungen der nationalsozialistischen Machtübernahme in der Gemeinde ist vergleichsweise wenig bekannt. Eine Ausnahme bilden die jüdischen Einwohnerinnen und Einwohner der Gemeinde. Schon für die frühe Geschichte Balduinsteins bis 1420 sind Juden belegt, die auf der Burg Balduinstein lebten. 1450 entstand das sogenannte „Judenhaus“. Die jüdische Bevölkerung wurde zudem auf dem jüdischen Friedhof begraben, der sich in Hausen befand. 1933 lebten noch zwei jüdische Familien in Balduinstein. Eine dieser Familien ist bis 1938 geflohen. Eine zweite Familie, die Familie Stern, wurde in der Nacht vom. 9. auf den 10. November 1938 – der sogenannten „Reichspogromnacht“ - in ihrer Wohnung überfallen, welche demoliert wurde. Familie Stern wurde im Konzentrationslager Theresienstadt ermordet.[Anm. 14]

Im Zweiten Weltkrieg fielen 37 Balduinsteiner. Während des Krieges wurden vermehrt aus den Städten vor Luftangriffen evakuierte Menschen in der Gemeinde untergebracht. Ab 1944 erlebte jedoch auch Balduinstein Luftangriffe, die vor allem auf die Bahnstrecke und die entsprechende Infrastruktur zielten. Am 22. Februar 1945 schlugen zwei Bomben in der Balduinsteiner Hauptstraße ein. Eine Bäckerei wurde dabei zerstört. Es gab Verletzte, aber keine Toten. Der Krieg endete für Balduinstein am 26. März mit dem Einmarsch der Amerikaner. Am Vortag waren aber noch die Brücken über die Lahn gesprengt worden.[Anm. 15]

Nach dem Zweiten Weltkrieg gehörte Balduinstein zur französischen Besatzungszone. 1946 wurde es Teil des neugegründeten Landes Rheinland-Pfalz. In der Nachkriegszeit wurde Balduinstein – erzwungenermaßen – Sitz der Firma Thust. Dieses Unternehmen hatte 1927 die Marmorwerke übernommen. Die Firma hatte ursprünglich noch über weitere Marmorsteinbrüche verfügt, verlor diese allerdings durch die neuen Grenzverläufe im Osten. Daher wurde die Firma nun in Balduinstein heimisch. Nach dem Zweiten Weltkrieg, genauer 1964, erlebte auch der Tourismus in Balduinstein einen Höhepunkt. Seither ist er jedoch immer weiter zurückgegangen. Der Heimat- und Verkehrsverein sei, so die Chronik aus dem Jahr 1992, mehr Heimat- als Verkehrsverein.[Anm. 16] 1961 zog die Balduinsteiner Schule in ein neues Gebäude um. Ab 1971 bzw. 1974 gingen die Balduinsteiner Schülerinnen und Schüler dann allerdings in Holzappel zur Schule.[Anm. 17]

1991 wurde die Nachbargemeinde Schaumburg aufgelöst und Balduinstein zugeschlagen. Damit konnte Balduinstein seine seit jeher reicht kleine Gemarkung erheblich vergrößern. Heute (Stand: 31.12.2019) hat Balduinstein 596 Einwohnerinnen und Einwohner.[Anm. 18]