Die ältesten Spuren menschlicher Aktivitäten in der Gemarkung wurden in Form von Grabbeigaben gefunden, die in die Bronzezeit (ca. 2.000-800 v. Chr.) datiert werden. Später siedelten in der Region Kelten, die im Laufe der Latènezeit teilweise von germanischen Verbänden verdrängt wurden. Schließlich breiteten sich im 1. Jahrhundert n. Chr. die Römer nördlich des Rheins aus, welche im 2. Jahrhundert den Limes errichteten. Das Steinkastell in Holzhausen wurde unter der Regierungszeit von Kaiser Commodus (180-192 n. Chr.) zum Schutz der Grenze errichtet und zählt mit einer Fläche von 1,4 ha zu den kleineren Kastellen der Region. Die Garnison, die aus Soldaten der cohors II Antoniniana Treverorum bestand, war ca. 500 Mann stark. Nördlich des Kastells lag wohl ein vicus, die Befundlage hierzu ist jedoch äußerst dünn. Auch wird vermutet, dass sich östlich des Lagers ein Militärbad befand. Während der allmählichen Aufgabe des Limes wurde die Anlage 259/60 vermutlich durch ein Feuer zerstört. [Anm. 1]

Nach dem Rückzug der Römer fiel das Gebiet zwischen Rhein, Lahn und Aar im Laufe des fünften Jahrhunderts unter die Herrschaft der Franken, die das Areal als Einrichgau bezeichneten. Erstmals wurde der Ort 1190 unter dem Namen Holzhusen urkundlich erwähnt. Das Dokument bestätigt, dass der Graf von Katzenelnbogen dem Adeligen Werner von Bolanden den Zehnten des Ortes zum Lehen gegeben hatte. Schreibweisen des Ortes waren Grebenholtzhusen, Hornholtzhausen, Holzhausen uf der Heyden und ab 1900 schließlich Holzhausen an der Haide. Der Zusatz „an der Haide“ deutet auf eine große, heute verschwundene Heidenlandschaft hin, die sich südöstlich bis in die Nachbargemeinden erstreckte. Es ist aufgrund der verkehrsmäßig günstigen Lage – der Ort lag u.a. an der von den Römern angelegten Bäderstraße – auch denkbar, dass der Ort bereits früher besiedelt war. Belege hierfür fehlen allerdings.[Anm. 2]

Aus der bereits erwähnten Urkunde geht hervor, dass das Dorf im 12. Jahrhundert unter der Herrschaft der Grafen von Katzenelnbogen stand. Diese besaßen Mitte des 13. Jahrhunderts 22 erwachsene Personen im Ort, die ihnen gegenüber hörig waren. Seit den Erbteilungen der Häuser Katzenelnbogen 1250 und Nassau 1255 war der Ort darüber hinaus Teil des Vierherrengerichts auf dem Einrichgau, einem Kondominat, das gemeinsam durch die Adelsgeschlechter verwaltet wurde. Hier entstand, wie vielerorts, eine unübersichtliche Situation: Das eigentliche Dorf Holzhausen gehörte Katzenelnbogen, die sich außerhalb der Bannzäune befindende Gemarkung war zur Hälfte Eigentum von Katzenelnbogen, zu einem Viertel von Nassau-Dillenburg sowie zu je einem Achtel von Nassau-Idstein und Nassau-Weilburg. Nachdem die Herren von Katzenelnbogen 1479 ausgestorben waren, erbten die Landgrafen von Hessen die Anteile Katzenelnbogens.[Anm. 3]

Über die mittelalterlichen Grundherrschaften im Dorf, das 1400 bereits 33 Haushalte zählte, ist kaum etwas überliefert. Zehntanteile besaßen die Landesherren des Kondominats sowie der Männerkonvent in Schönau. Bis ins 19. Jahrhundert machten hörigen Bauern, die ihren Lebensunterhalt mit Viehzucht und Ackerbau bestritten, den Großteil der im Ort ansässigen Bevölkerung aus. Daneben waren einige Handwerker in Holzhausen ansässig, die ihr Gewerbe oftmals neben der Landwirtschaft betrieben. Besonders das Handwerk der Krugbäcker war in Holzhausen von Bedeutung.[Anm. 4]

Die von Landgraf Philipp I. 1527 in der Niedergrafschaft eingeführte lutherische Reformation setzte man in der Pfarrei Holzhausen zögerlich um, was ein Visitationsbericht aus dem Jahr 1535 zeigt. So wurde der Gottesdienst wohl erst nach 1540 nach lutherisch-reformierten Grundsätzen gehalten. Es verblieb jedoch eine kleine katholische Gemeinde im Ort, welche seit 1653 wieder die Gottesdienste im benachbarten Nastätten besuchen konnte. Die im Zuge der Reformation eingerichtete Kirchspielschule in Holzhausen bestand wohl ungefähr seit Anfang des 17. Jahrhunderts. Von der alten Kirche, die 1765 durch das noch heute erhaltene Gotteshaus ersetzt wurde, ist außer einem Kruzifix nichts erhalten. [Anm. 5]

Die Erbteilung des Hauses Hessen 1567 führte zu einer kurzzeitigen Herrschaft des Hauses Hessen-Rheinfels über Holzhausen, bis das Dorf schließlich 1583 an die Landgrafen von Hessen-Kassel fiel. Nun wurde die Verwaltungszugehörigkeit neu geordnet: Das Amt Hohenstein löste 1600 das bisher für den Ort zuständige Amt in Reichenberg ab. Seit dem 17. Jahrhundert war Holzhausen Sitz eines Gerichtes, von dem jedoch kaum etwas überliefert ist.[Anm. 6] An das Gerichtssiegel aus dem Jahr 1790 ist die Gestaltung des heutigen Gemeindewappens angelehnt. Dieses zeigt über einem gelben Stern einen rot-weiß unterteilten hessischen Löwen vor blauem Grund.[Anm. 7]

Während des Dreißigjährigen Krieges war die Gemeinde, wie das gesamte Rhein-Lahn-Gebiet, hart von Plünderungen und Verwüstungen betroffen. Diese resultierten nicht selten in Krankheit, Hunger und Tod. Besonders schwere Bedingungen herrschten zwischen den Jahren 1633 und 1639 in der Folge von Einquartierungen. So erreichte die Einwohnerzahl, die vor dem Krieg bei 36 Familien lag, erst im Jahr 1700 wieder dieses Niveau. Als spätere Folge des Konfliktes wurde die Pfarrei in Obertiefenbach, die auch Bettendorf umfasste, aufgelöst und die beiden Orte wurden dem Kirchspiel in Holzhausen zugeordnet. Dies geschah wohl aufgrund des drastischen Bevölkerungsrückgangs, der eine Zusammenfassung der Pfarrbezirke nötig machte. Auch in der Folgezeit kam es immer wieder zu Truppendurchzügen, beispielswiese während des Spanischen Erbfolgekrieges (1701-1713) oder des 3. Schlesischen Krieges (1756-1763).[Anm. 8]

Nachdem sich bereits seit längerer Zeit die Konflikte zwischen den Landesherren des Vierherrengebietes gehäuft hatten und eine gemeinsame Verwaltung kaum mehr möglich war, entschied man sich nach dem Westfälischen Friedensschluss im Jahr 1647 zur Aufteilung des Territoriums in Quartiere. Diese Einteilung, die ursprünglich nur den Bereich der Abgabenerhebung betreffen sollte, wurde 1681 auf die Justizverwaltung ausgedehnt. Das endgültige Ende des Kondominats wurde 1774/75 in den Nastätter Rezessen festgeschrieben. Holzhausen geriet nun auch außerhalb der Bannzäune unter die Kontrolle Hessen-Kassels und fiel unter die Zuständigkeit des Amtes Nastätten.[Anm. 9]

In den Revolutions- und Koalitionskriegen, die Ende des 18. und Anfang des 19. Jahrhunderts in Europa stattfanden, hatten die BewohnerInnen des Ortes abermals unter den Folgen von Einquartierungen und Truppendurchzügen zu leiden. Die Niedergrafschaft war zwischen den Jahren 1806 bis 1813 durch Frankreich besetzt, bevor sie nach dem Wiener Kongress 1816 an das Herzogrum Nassau fiel. Der Vormarsch Frankreichs hatte für die Bevölkerung neben den Belastungen des Krieges auch positive Auswirkungen. So wurde in Nassau die Leibeigenschaft beseitigt und die allgemeine Personenfreizügigkeit eingeführt.[Anm. 10]

Im Jahr 1827 zählte das Dorf schon 545 EinwohnerInnen, 1843 waren es bereits 670 (davon 529 Protestanten, 120 Katholiken und 21 Juden), die Holzhausen zum viertgrößten Ort im damaligen Amtsbezirk machten.[Anm. 11] Das anhaltende Bevölkerungswachstum veranlasste die Gemeinde zum Neubau einer Schule, da das alte strohbedeckte Unterrichtsgebäude in der Nähe der Kirche zu klein geworden war. Die neue Schule wurde im Herbst des Jahres 1827 eröffnet und 1866 um einen zweiten Lehrraum erweitert. Seit 1869 beschäftigte die Gemeinde für die 124 Kinder eine zweite Lehrkraft, seit 1912 sogar eine Dritte.[Anm. 12] Die neu errichtete Schule besuchte auch der berühmteste Sohn der Gemeinde; Nikolaus August Otto. Der Tüftler konnte im Laufe des 19. Jahrhunderts entscheidende Verbesserungen von Verbrennungsmotoren vornehmen, weswegen man später auch den Ottomotor nach ihm benannte. In seinem noch erhaltenen Geburtshaus ist heute ein Museum untergebracht.[Anm. 13]

Die Zugehörigkeit Holzhausens zum Herzogtum Nassau endete 60 Jahre nach dessen Gründung. Als Verbündeter Österreichs im preußisch-österreichischen Krieg wurde Nassau 1866 von Preußen annektiert und der Provinz Hessen-Nassau zugeschlagen. Man ordnete den Ort dem Unterlahnkreis zu, bevor 1885 der Kreis St. Goarshausen die Verwaltung übernahm.[Anm. 14]

Als Teil des 1871 gegründeten Deutschen Reiches profitierte Holzhausen vom allgemeinen wirtschaftlichen Aufschwung und den technischen Neuerungen der Zeit. So wurde die mittlerweile über 700 EinwohnerInnen zählende Gemeinde im Jahr 1901 an die Nassauische Kleinbahn angeschlossen. Von dort aus bestanden Verbindungen in nordwestlicher Richtung nach Miehlen und Braubach, in südwestlicher Richtung nach St. Goarshausen und in nordöstlicher Richtung nach Hahnstätten zum Bahnhof Zollhaus. Aufgrund mangelnder Profitabilität wurde jedoch 1953 der Personenverkehr eingestellt. 1957 legte man den Bahnanschluss in Holzhausen komplett still.[Anm. 15]

Im Jahr 1902 konnte nach mehrjährigen Bemühungen der katholischen Kirchengemeinde Holzhausens schließlich die Grundsteinlegung für eine Filialkirche im Ort gelegt werden. In dem 1903 eingeweihten Sakralbau konnte 1906 der erste Gottesdienst stattfinden, die Gläubigen mussten somit nicht mehr den ca. 5km langen Weg in den Nachbarort zurücklegen.[Anm. 16] Noch heute sind die Katholiken in Holzhausen Teil der Gemeinde St. Peter und Paul in Nastätten.[Anm. 17]

Während des Ersten Weltkrieges litt die Bevölkerung unter Lebensmittelknappheit und dem Mangel an Dingen des täglichen Bedarfs. Obwohl die Versorgungssituation der Landbevölkerung noch verhältnismäßig gut war, wurden zahlreiche Vorschriften erlassen, welche die Abgabe von landwirtschaftlichen Erzeugnissen regelten. So gab es beispielsweise zahlreiche Reglementierungen zum Schlachten sowie Anweisungen, wieviel ihres Getreides die Bauern behalten durften. Der allgemeine Mangel wirkte sich auch auf andere Lebensbereiche aus. So wurde die private Benutzung von Fahrrädern eingeschränkt, da man das Gummi für die Rüstung benötigte. Pfarrer Schmidt schrieb 1917: „Sämtliche Fahrradbesitzer, welche ihre Fahrradbereifung angemeldet, jedoch keine Genehmigung zur Weiterbenutzung erhalten haben, müssen die Fahrradbereifung bis zum 5. Febr. an die Sammelstelle […] in St. Goarshausen Hasebach abliefern […]“[Anm. 18] Auch eine Kirchenglocke und die zinnernen Orgelpfeifen aus der evangelischen Kirche wurden abtransportiert. Um die fehlenden Arbeitskräfte in der Landwirtschaft zu ersetzen, kamen in Holzhausen seit 1916 russische Kriegsgefangene zum Einsatz. Insgesamt kehrten 28 zum Kriegsdienst eingezogene Männer aus Holzhausen nicht mehr aus dem Krieg zurück.[Anm. 19]

Nach der Niederlage des Deutschen Reiches im Ersten Weltkrieg zog sich die deutsche Armee Ende 1918 hinter den Rhein zurück. Den Soldaten wurde vielerorts ein feierlicher Empfang bereitet. So auch in Holzhausen, wo Ehrenlogen errichtet wurden und die Bevölkerung ihre Häuser schmückte. Während der anschließenden Rheinlandbesatzung gehörte die Gemeinde bis 1930 zur französischen Zone. Im Dezember 1918 besetzten französische Kolonialtruppen den Ort, die sich in der Schule und dem Pfarrhaus einquartierten. In der Folgezeit kam es immer wieder zu Konflikten zwischen den französischen Soldaten und der Zivilbevölkerung. Die letzten Besatzungstruppen zogen Anfang Januar 1920 aus dem Dorf ab.[Anm. 20]

Die politischen und wirtschaftlichen Verhältnisse konnten sich erst nach dem Höhepunkt der Inflation 1923 – in diesem Jahr erwarb der Pfarrer der evangelischen Kirche eine Altarbibel für die Summe von 176 Mio. Mark – entspannen.[Anm. 21] Der kurze Aufschwung wurde jedoch durch die Weltwirtschaftskrise 1929 und den anschließenden Aufstieg des Nationalsozialismus in der Rhein-Lahn-Region jäh unterbrochen. Bei der Reichstagswahl 1930 löste die Hitler-Partei in Holzhausen mit 179 Stimmen erstmals die Landvolkpartei (146 Stimmen) als stärkste Kraft ab. In den folgenden Wahlen hatte sich die NSAP in Holzhausen bereits als mit Abstand stärkste Partei etabliert.[Anm. 22] Während der nationalsozialistischen Gewaltherrschaft konnten sich von den ungefähr 21 Juden, die vor 1933 in Holzhausen lebten, sieben in die USA retten. Das Schicksal der übrigen ist unbekannt. Es ist jedoch davon auszugehen, dass der Großteil von ihnen im Holocaust ermordet wurde.[Anm. 23]

Zu Beginn des Zweiten Weltkrieges waren im Frühjahr 1940 große Wehrmachtsverbände stationiert, die sich auf den Angriff auf Frankreich vorbereiteten. In der Landwirtschaft setzte man ab 1940 Kriegsgefangene ein. So waren im Ort 34 Franzosen, 28 Polen und fünf Russen untergebracht. In den letzten Kriegsjahren nahm der Ort vermehrt evakuierte Familien und Flüchtlinge auf. In dieser Zeit überflogen alliierte Bombergeschwader regelmäßig das Dorf. Im Mai 1944 wurde eine Holzhäuser Bürgerin vom abgeworfenen Benzintank eines Flugzeuges getötet. An den Folgen eines Tieffliegerangriffs, die sich gegen Ende des Jahres 1944 häuften, starb eine weitere Frau aus Holzhausen. Mit dem Herannahen der Front häuften sich zunehmend die Einquartierungen deutscher Soldaten. In Holzhausen kam es zu Rückzugsgefechten, in deren Folge durch amerikanischen Artilleriebeschuss acht Menschen ums Leben kamen. Schließlich wurde die Gemeinde am 28. März 1945 befreit. Insgesamt hatte der Ort neben den zehn zivilen Opfern 33 tote und 22 vermisste Soldaten zu beklagen.[Anm. 24]

Nachdem die Amerikaner abgerückt waren gehörte Holzhausen zur französischen Besatzungszone, als deren Teil man es 1946 in das neugeschaffene Bundesland Rheinland-Pfalz eingliederte. Zunächst zum Kreis St. Goarshausen (später Loreleykreis) gehörend, wurde der Ort 1969 in den Rhein-Lahn-Kreis integriert und ist seit 1972 eine Ortsgemeinde der Verbandsgemeinde Nastätten.[Anm. 25]

In der Folge des Zweiten Weltkrieges hatte die Einwohnerzahl, nachdem sie in den 1920er und 30er Jahren gesunken war, im Jahr 1946 einen vorläufigen Höchststand von 828 BewohnerInnen erreicht. Grund hierfür war hauptsächlich die Aufnahme von Ostvertriebenen, die im Ort untergebracht wurden. Die positive Bevölkerungsentwicklung setzte sich weiter fort, bis im Jahr 1970 über 1.000 Menschen im Ort wohnten.[Anm. 26] Im Jahr 1965 baute die Gemeinde eine neue Schule, deren Sekundarstufe man jedoch fünf Jahre später an den Schulverband Nastätten angliederte. 1973 wurde auch die Grundschule geschlossen.[Anm. 27] Das Waldschwimmbad errichtete die Gemeinde in den Jahren 1970/71.[Anm. 28]

Seit Anfang des 20. Jahrhunderts befand sich die Erwerbsstruktur auf dem Land im Umbruch – eine Entwicklung, die sich im Laufe der 1960er Jahre rasant beschleunigte. Zahlreiche Handwerksbetriebe und Landwirtschaften verschwanden. So überlebten von den 105 Agrarbetrieben, die 1956 in der Gemeinde vorhanden waren, nur 18 den Strukturwandel. Das Bauerndorf der 1950er Jahre hatte sich mit der Zeit also in einen Dienstleistungs- und Industriestandort entwickelt. Heute sind in dem mittlerweile 1.177 EinwohnerInnen starken Holzhausen zahlreiche Unternehmen angesiedelt. So ist das 1959 errichtete Moeller Schaltgeräte-Werk noch heute der größte Arbeitgeber des Ortes.[Anm. 29]