Auch das Mainzer Benediktinerkloster St. Alban verfügte bereits im 8. Jahrhundert über Güter in Bodenheim. Ausgehend von seinem Grundbesitz entwickelte sich St. Alban nach und nach zum größten Grundbesitzer im Ort und setzte sich schließlich gegenüber den anderen Grundbesitzern als Ortsherr durch, indem es weitere Rechte - vor allem die Gerichtsrechte - an sich ziehen konnte. Die Verfügungsgewalt über die Rechtsprechung im Ort war ein wichtiges Herrschaftsinstrument für einen Ortsherrn. Das Bodenheimer Hubgericht (= Dorfgericht) war für die Überwachung und Eintreibung des Zehnten zuständig und regelte die Angelegenheiten der bäuerlichen Bevölkerung. Das in Bodenheim ansässige Obergericht traf in den vom Kloster (und späteren Ritterstift) Sankt Alban verwalteten Orte Berufungsentscheidungen. Als man 1609 das neue Rathaus fertigstellte, tagten die Gerichte im Neubau.

Ein entscheidender Schritt zur Erlangung der Ortsherrschaft war der Erwerb der Vogtei. Die kirchlichen Grundbesitzer hatten weltliche Herren zu Vögten ernennen müssen, die in ihrem Namen Bluturteile in der Hochgerichtsbarkeit treffen mussten. Kirchenmännern waren solche Handlungen verboten. Da die Vögte als Herren der Hochgerichte ihre Stellung des Öfteren ausnutzen, um selbst in den Besitz der Ortsherrschaft zu kommen, trachtete die Kirche bald danach, ihre Vögte wieder loszuwerden. Vögte des Klosters St. Alban waren die Herren von Bolanden. 1277 erwarb das Kloster mit finanzieller Hilfe der Bodenheimer Gemeinde die Vogtei, die inzwischen von den Bolandern an die Herren von Hohenfels vererbt worden war. Mit dem Kauf der Vogtei verfügte St. Alban somit über die Ortsherrschaft in Bodenheim. Der jetzt vom Kloster eingesetzte Richter verhandelte Rechtsfälle der sogenannten Niederen Gerichtsbarkeit wie Beleidigungen, Schlägereien und Gemarkungsverletzungen usw. Die Blut- oder Hochgerichtsbarkeit (Diebstahl, Mord und andere Kapitaldelikte) oblag den Beamten des Mainzer Erzstift als dem zuständigen Landesherr.

Die Gemeinde Bodenheim hatte sich am Erwerb der Vogtei durch St. Alban beteiligt. Aber die damit verbundenen Hoffnungen der Gemeinde scheinen sich nicht erfüllt zu haben, denn die weitere Geschichte der Gemeinde Bodenheim ist gekennzeichnet von zunehmenden Auseinandersetzungen mit St. Alban um die Ortsherrschaft. Das Kloster suchte schließlich Hilfe beim Mainzer Erzbischof. In einem Vertrag vom Jahr 1536 wurde die Ortsherrschaft St. Albans endgültig festgeschrieben. Bis zum Ende des 18. Jahrhunderts blieb das Kloster (ab 1419 Ritterstift) Ortsherr von Bodenheim und bestimmte die Geschicke der Gemeinde.

Im Dreißigjährigen Krieg (1618-1648) teilte Bodenheim das Schicksal vieler anderer Gemeinden: Durchzüge rivalisierender Armeen, ständige Einquartierungen, Steuern und Beschlagnahmungen, Raub und Gewaltdelikte. Während der Franzosenzeit (1792-1814) rückten französische Soldaten mehrmals in den Ort ein, es kam es zu Zerstörungen, Requirierungen und Steuererhebungen. Durch den Frieden von Campo Formio fiel Bodenheim unter französische Herrschaft und wurde dem Département Donnersberg (Mont-Tonnerre) zugeteilt. Heute gehört die Gemeinde zum Landkreis Mainz-Bingen.