1552 verpflichtete sich Büdesheim zum Bau eines Binger Stadtmauerturms. Es handelte sich dabei um den 5. Turm der Binger Umwehrung, dem Büdesheimer Turm. Er war mit vier Mann aus Büdesheim zu verteidigen.[Anm. 10]

Im Dreißigjährigen Krieg wurde Büdesheim, wohl um 1635, größtenteils zerstört. Als Bingen 1639/40 für gewisse Zeit von schwedischer in habsburgische Hand überging, war Büdesheim das Hauptquartier der deutsch-spanischen Truppen, was eine Belastung für die Bewohner bedeutete.[Anm. 11]

Nach dem Dreißigjährigen Krieg begann der Wiederaufbau von Büdesheim, der allerdings durch den Ausbruch der Pest 1666 ins Stocken kam. Für die Stadt Bingen sind Totenlisten aus jenem Jahr belegt, die aufzeigen, dass in den ersten neun Monaten des Jahres 1666 etwa 1300 Menschen starben. Das war etwa ein Drittel der Einwohner.[Anm. 12] Dass auch in Büdesheim viele Einwohner Opfer der Seuche wurden, ist anzunehmen.

Im Pfälzischen Erbfolgekrieg (1688-1697), im polnischen Erbfolgekrieg (1733-1738) und im Siebenjährigen Krieg (1756-1763) wurde Büdesheim zwar nicht mehr zerstört, wurde aber durch Einquartierungen, Kriegssteuern und andere zu leistende Abgaben finanziell und materiell belastet.[Anm. 13]

Von März bis Juli 1793 gehörte Büdesheim theoretisch zum Gebiet der Mainzer Republik, wurde aber bereits am 28. März von preußischen Truppen kurzzeitig wieder eingenommen.[Anm. 14] In napoleonischer Zeit (1797-1814) gehörte Büdesheim zum Kanton Bingen, Departement Donnersberg.

1816 kam Büdesheim mit dem gesamten rheinhessischen Gebiet zum Großherzogtum Hessen (Hessen-Darmstadt). Ideen der Aufklärung, die sich spätestens bei der sogenannten Märzrevolution 1848 entluden, wurden auch in Büdesheim umgesetzt. So gründete sich im März 1848 ein Bürgerkomitee und später im selben Jahr der erste Turnverein von Büdesheim. Bei dessen Gründungsfeier war als prominenter Gast auch „Turnvater“ Friedrich Ludwig Jahn anwesend. Aufgrund des massiven, politischen Gegenwindes wurde der Verein aber bereits kurze Zeit später wieder aufgelöst.[Anm. 15]

Der Weinhandel sorgte in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhundert für die Ansiedlung großer Kellereibetriebe wie „Weingut Junghof“ (1859), „Weinbrennerei Scharlachberg“ (1898), „Weingut Soherr“ (1899), „Deutsche Weinkellereien“ (1900). Die überregional bekannte  Einzellage „Scharlachberg“ ist als Bezeichnung bereits ab 1248 schriftlich belegt.[Anm. 16] Die Spezialisierung auf Sonderkulturen führte im 20. Jahrhundert zum Bau verschiedener Betriebe wie etwa der Staatlichen Weinbaudomäne (1922), der Markthalle der „Spargel- und Obstbaugenossenschaft“ (1932) oder auch der Kellerei des Winzervereins (um 1930). Im 19. Jahrhundert entstand auch eine Stuhlfabrik in Büdesheim, die Stühle und andere Möbel herstellte. Durch einen Großbrand wurde die Fabrik allerdings in den 1930er Jahren zerstört und nicht wiederaufgebaut.[Anm. 17] Von 1906-1955 existierte ein Straßenbahnanschluss nach Bingen, der später durch Linienbusse ersetzt wurde. 1924 wurde die Nahebrücke nach Münster gebaut.[Anm. 18]

In den Ersten Weltkrieg zogen aus Büdesheim 642 wehrfähige Männer. Davon fielen 101, 9 blieben vermisst. Nach dem Krieg gehörte Büdesheim zur französischen Besatzungszone.[Anm. 19] Im Zuge der separatistischen Bewegungen im Rheinland in den 1920er Jahren bildete sich in Bingen und Büdesheim am 28. Oktober 1923 ein von den französischen Behörden anerkannter Exekutivausschuss, der sich als Teil der sogenannten Rheinischen Republik sah. Da dem Ausschuss jegliche Handlungsfähigkeit fehlte wurde er am 7. Februar 1924 wieder aufgelöst.[Anm. 20]

Die Weltwirtschaftskrise der 1920er Jahre traf die Bewohner des wirtschaftlich schwachen Gebietes um Büdesheim hart und die Arbeitslosigkeit stieg, da sich nur wenige Industriebetriebe sesshaft machten. Die damals neu gegründete NSDAP, deren Funktionäre einen Wirtschaftsaufschwung und bessere Lebensbedingungen versprachen, erntete in der Bevölkerung Zuspruch.[Anm. 21] Nach der sogenannten „Machtergreifung“ der NSDAP 1933 wurden reichsweit alle Gewerkschaften verboten und durch die Arbeitsfront – welche die Arbeiter im Interesse der Partei vertrat – ersetzt. Auch in Büdesheim wurde eine Dienststelle der Arbeitsfront eingerichtet. Die Arbeitslosigkeit im Ort ging durch die Gründung der FAD (Freiwilliger Arbeitsdienst, später RAD – Reichs-Arbeitsdienst) tatsächlich vorübergehend zurück, wodurch die Nationalsozialisten in Büdesheim noch mehr Zulauf fanden.[Anm. 22] Die Jugend des Ortes wurde von den Ortsverbänden der Hitlerjugend (HJ) und des Bunds deutscher Mädchen (BdM) dazu aufgerufen, sich jeden Sonntag um 10 Uhr auf dem Schulhof einzufinden. Als dieser Aufruf anfangs auf wenig Beachtung stieß, da man im katholischen Büdesheim zu jener Zeit eher in den Gottesdienst ging, wurde das sonntägliche HJ-Treffen zum Zwang.[Anm. 23] Die Kindererziehung wurde auch durch das Austauschen des Personals mit regimetreuen Erziehern und Erzieherinnen sowie Lehrern und Lehrerinnen im Kindergarten und der Schule auf die Weltanschauung des NS-Regimes ausgerichtet.[Anm. 24] Etwas Widerstand gegen diese ideologische Gleichschaltung regte sich bei der Geistlichkeit in Büdesheim und beim Rektorat der Schule, nennenswert scheint er aber nicht gewesen zu sein.[Anm. 25]

Für das 19. Jahrhundert ist für die heutige Professor-Kraus-Straße 20 eine Synagoge belegt.[Anm. 26] Um 1804 lebten 34 Menschen jüdischen Glaubens in Büdesheim. 1861 verzeichnete die Gemeinde ihren Höchststand mit 76 Mitgliedern, danach folgte ein schrittweiser Rückgang der Mitglieder. 1927 wurde die Synagoge in Büdesheim geschlossen und die verbliebenen Gemeindemitglieder schlossen sich der jüdischen Gemeinde von Bingen an.[Anm. 27] Während der Novemberpogrome von 1938 (sogenannte „Reichspogromnacht“) kam es auch in Büdesheim zu Übergriffen auf die jüdischen Mitbürger. Die Familie Feist, wohnhaft in der Binger Straße, wurde verhaftet und abtransportiert. Ihr Haus wurde durch Randalierer zerstört. Eine jüdische Frau, welche Hubert B. Schmitt nur „Flora“ nennt, wurde ausgeraubt und ihr Haus in der Prof.-Kraus-Straße wurde vor ihren Augen demoliert. Der Wein- und Schnapsladen eines Herrn Bärmann wurde ebenfalls demoliert und ausgeplündert. Ein Herr Kahn war bereits zuvor ins Ausland geflohen.[Anm. 28] 1942 wurden die letzten 7 verbliebenen Juden durch das nationalsozialistische Regime deportiert.[Anm. 29]

Zu Beginn des Zweiten Weltkrieges wurden 120 Büdesheimer einberufen und es kam zu mehreren Einquartierungen im Ortsgebiet.[Anm. 30] Im großen Saal der Gaststätte „Zum Römer“ wurden französische Kriegsgefangene untergebracht, die in Büdesheim auf den landwirtschaftlichen Betrieben arbeiten mussten.[Anm. 31] Am 10.12.1944 wurden einige Häuser von Büdesheim bei einem Luftangriff zerstört.[Anm. 32] Am 18. März 1945 lag Büdesheim unter Artilleriebeschuss von jenseits der Nahe. Nachdem die Nationalsozialisten auf ihrem Rückzug alle Nahebrücken und die Hindenburgbrücke über den Rhein sprengten, sollte auch die Schule und der Kindergarten in Büdesheim gesprengt werden, da diese Gebäude als Munitionsdepots dienten. Während der Kindergarten von Anwohnern noch gerettet werden konnte, wurde die Schule schließlich gesprengt, wobei dadurch auch Teile des Dalberger Hofes zerstört wurden. Am 20. März 1945 erreichten die Amerikaner schließlich Büdesheim.[Anm. 33] Am Ende des Krieges waren 320 Bürger und Bürgerinnen aus Büdesheim gestorben.[Anm. 34] 1946 fand die erste Ortsvorsteherwahl in Büdesheim nach dem Krieg statt, die Willi Becker von der SPD gewann.[Anm. 35] 1954 wurde in Büdesheim ein Werk des Spielautomatenherstellers NSM erbaut, welches heute die größte Industrieanlage des Ortes ist und viele Arbeitsplätze schaffte.[Anm. 36]

1929 wurde Büdesheim nach Bingen eingemeindet. 1789 umfasste die Bevölkerung von Büdesheim fast 1000 Einwohner, im Jahr 1900 waren es 2782 in 490 Wohnhäusern.[Anm. 37] Heute sind es 7458 Einwohner.[Anm. 38]