Im Jahr 933 soll Nieder-Hilbersheim zum ersten Mal in einer Urkunde der Abtei Seligenstadt vorgekommen sein (eine Quelle hierzu ist nicht bekannt). bei dem im Jahr 1108 genannten „Hilbridesheim“ ist unsicher, ob Nieder- oder Ober-Hilbersheim gemeint ist.
1128 ist in einer Urkunde die Bezeichnung „Helbridesheim“ zu finden. Bereits ab dem Anfang des 13. Jahrhunderts wird das Dorf meist Nieder-Hilbersheim genannt, um ihn von dem dicht dabei gelegenen zur Vorderen Grafschaft Sponheim gehörigen Hilbersheim zu unterscheiden, dass fortan Ober-Hilbersheim genannt wurde. Das Dorf fiel früh an die Kurpfalz, vermutlich gleichzeitig mit dem Ort Appenheim, da beide Orte zu dem jenseits der Nahe gelegenen Oberamt Stromberg gehörten. als die Pfalzgrafschaft Ende des 18. Jahrhunderts aufgehoben wurde, kam Nieder-Hilbersheim an das Großherzogtum Hessen.

Die evangelische Kirche mit dreiseitigem Schluss wurde 1612 (Portal-Fenster) und 1745 (Dachreiter) verändert. Die Barockinnenausstattung ist einheitlich.