Die Siedlungsgeschichte Sankt Goarshausens lässt sich nur schwer von den Anfängen der gegenüberliegenden Stadt Sankt Goar trennen. Sie begann im 6. Jahrhundert, als sich auf der linken Rheinseite der aquitanische Mönch Goar niederließ, der später als Heiliger verehrt wurde. Über seinem Grab entstand bereits im Frühmittelalter eine Klosteranlage, die Karl der Große 765 der Klosterabtei Prüm schenkte. Im Laufe der Zeit siedelten sich weitere Menschen um das Kloster an. Die so entstandene Ansammlung von Wohnhäusern wurde schlichtweg „Bi den Husen“, also „bei den Häusern“ genannt – vermutlich handelte es sich um Häuser sowohl im heutigen Sankt Goarshausen als auch in Sankt Goar.

Die Rechte über die Gemarkung Sankt Goarshausen mit der damals noch unbedeutenden, kleinen Ansiedlung wurden vom Erzstift Trier als Lehen vergeben. Als Vögte traten seit dem 12. Jahrhundert die Herren von Arnstein bzw. von Isenburg ab 1185 auf. 1211 wird Sankt Goarshausen erstmals als „Guereshusen“ bezeichnet – eine Mischung aus der schon früher verwendeten Vereinfachung und dem Namen des Heiligen Goar.

Urkundlich tritt Sankt Goarshausen auch im Jahr 1222 in Erscheinung. Darin wird das Kirchenpatronat der Isenburger in einer „bona villa“ (lat., „schönes Dorf“) erwähnt, die sich auf dem rechten Rheinufer gegenüber Sankt Goar befand. Als im Jahr 1276/77 Ludwig von Isenburg seiner Tochter Irmgard den größten Teil seiner mittelrheinischen Besitzungen als Mitgift versprach, gehörte zu diesem Gut auch das nunmehr als „Husen aqud sanctum Goarem“ bezeichnete Dörflein – die „Häuser beim Heiligen Goar“. 1284 heiratete Irmgard den Grafen Wilhelm I. von Katzenelnbogen. So kam Sankt Goarshausen als Trierer Lehen an das Grafenhaus. Umgehend sicherte der Graf seine Neuerwerbung mit dem Bau der Burg Reichenberg auf der Taunushöhe. Diesem Bau folgte ab etwa 1360 Burg Neukatzenelnbogen, im Volksmund Burg Katz genannt, auf dem gegenüberliegenden rechten Rheinufer.

Mit Erbauung der Burg Reichenberg erbat der Graf von Katzenelnbogen bei König Ludwig dem Bayer die Gunst, sowohl das um Burg Reichenberg entstandene Reichenberg als auch das frühe Sankt Goarshausen zur Stadt zu erheben. Dieser Bitte kam König Ludwig der Bayer am 20. Januar 1324 nach. Er nahm die beiden Dörfer in seinen Schutz und stattete sie mit den Rechten und Freiheiten der Stadt Frankfurt aus. Lebensgrundlage der Ortsbewohner*Innen waren Fischfang und Weinbau.

Die Burg Katz, die erst 1371 fertiggestellt wurde, konnte den Schutz der Stadt damals noch nicht übernehmen. Deshalb wurde der Ort wurde mit einer Mauer und den zwei Türmen befestigt, die noch immer das heutige Obertal begrenzen. Durch diese Baumaßnahmen fanden zahlreiche Menschen Arbeit in der wachsenden Stadt. Die Einwohner*Innen hielten zusätzlich Wochen- und andere Märkte ab, durch die der Handel und Verkehr gesteigert wurden. Weiterhin wurde ein eigener Gerichtsbezirk gebildet, an dessen Spitze der Schultheiß mit einem Schöffenkollegium stand. Diese Schöffen führten ein Siegel mit der abgekürzten Umschrift von: „Sigillum commune scabinorum in Husen“ (gemeinsames Siegel der Schöffen von ‚Husen‘).

Im Jahr 1358 erhielt Wilhelm II. von Katzenelnbogen durch Kaiser Karl IV. die Erlaubnis, in Sankt Goarshausen einen Zoll einzurichten. Jedoch gelang es dem Trierer Erzbischof 1378, die Aufhebung dieser Zollstelle zu erreichen. Sankt Goarshausen war mit dem ebenfalls katzenelnbogischen Sankt Goar durch eine Fähre verbunden. Die wirtschaftliche und strategische Bedeutung des Rheinübergangs wird durch die Existenz der Burgen Rheinfels, Katz, Maus und auch Reichenberg unterstrichen, die alle als Schutzposten dieses Rheinübergangs dienten.

Von 1806 bis 1813 war das Gebiet der Niedergrafschaft Katzenelnbogen unter französischer Verwaltung Napoleons (Pays réservé de Catzenellenbogen). Im Jahr 1806 wurde Burg Katz der Überlieferung nach auf Befehl Napoleons gesprengt. Sie war bis dahin zwar noch wehrfähig, aber weitgehend militärisch unrelevant geworden.

Im Wiener Kongress 1815 schließlich wurden Sankt Goarshausen und 34 andere Gemeinden dem Herzogtum Nassau einverleibt. Unter den nassauischen Herzögen gedieh die Stadt vor allem in wirtschaftlicher Hinsicht. Durch zahlreiche Gesetze wurde zwischen 1816 und 1832 eine neue, zeitgemäße Ordnung geschaffen, die sich auf Politik, Kirche, Schule und andere Gebiete des politischen, wirtschaftlichen und kulturellen Lebens erstreckte. Das Herzogtum Nassau wurde wiederum im preußisch-österreichischen Krieg 1866 vom Königreich Preußen annektiert. Sankt Goarshausen war zunächst der Provinz Hessen-Nassau zugeordnet und war ab 1885 Kreissitz des neu gegründeten Kreises Sankt Goarshausen.