Die Stelle war günstig, kreuzte doch hier, von der Köln-Leipziger Straße kommend, ein Weg (Eisenweg) über die Furt, um weiter ins Siegerland zu ziehen. Burg Nister, die in unmittelbarer Nachbarschaft stand, war zu dieser Zeit bereits Ruine.
Die Vögtin Guda von Greifenstein, Ehefrau Rorichs des Kleinen (aus dem Haus Nister), die zu dieser Zeit wohl schon in Hachenburg wohnte, ließ im Ainvelde eine Kapelle errichten,[Anm. 4] die noch bis ins 14. Jahrhundert neben dem dortigen Siechenhaus zu sehen war. An der Stelle, wo der blühende Dornbusch gefunden worden war, wurde ein Altar errichtet. Der Name Marienstatt leitet sich von diesem magischen Ort, dem locus Sanctae Mariae, der Stätte der hl. Maria ab. Zur Erinnerung an diese wunderbare Begebenheit nahm die Abtei einen blühenden Weißdornzweig in ihr Wappen auf.
Im Jahr 1221 gestattete Erzbischof Engelbert von Köln den Mönchen eine Abtei auf dem Grund und Boden zu errichten, den Graf Heinrich III. von Sayn und seine Gemahlin Mechthild den Klosterleuten überlassen hatten.[Anm. 5] Diese Schenkung wurde am 27. Februar 1222 auf Burg Blankenberg schriftlich festgehalten.[Anm. 6] Das Gut, die Grundherrschaft Nister (Nistria), bestand aus dem Ainvelde am Bach, mit dem Grund und Boden der ehemaligen Burg Nister auf dem Felsen. Erzbischof Engelbert von Köln bestätigte am gleichen Tage als Lehnsherr von Nister diese Schenkung und genehmigte als zuständiger Erzbischof die Verlegung des Klosters an den neuen Platz.[Anm. 7]
Im Jahr 1227 konnte Graf Heinrich von Sayn dann endlich den Grundstein zu einer neuen Abtei legen.[Anm. 8] Am 27. Dezember 1227 zog Abt Konrad mit seinem Konvent von Kirburg an ihre neue Wirkungsstätte.[Anm. 9]
Der neuen Gründung gelang es in den Folgejahren, einen ansehnlichen Besitz im Westerwald, an Rhein und Mosel zu erwerben.[Anm. 10] Im Jahr 1344 versuchte Graf Johann III. von Sayn mit dem Bau der Burg Vroneck seinen Oberhoheitsanspruch über die Abtei zu demonstrieren. Abt und Konvent baten Erzbischof Walram von Köln um Hilfe und dieser verhinderte den Bau der bereits begonnenen Burg. Das „Felsenstübchen“, die ausgehauenen Fundamente des geplanten Wohnturms sowie der Halsgraben erinnern noch heute an diesen Bauversuch.
Die Blüte seiner Entwicklung erlebte das Kloster Ende des 15. Jahrhunderts. In dieser Zeit war es Begräbnisstätte der Grafen von Sayn und anderer Adliger, dazu Anziehungspunkt für zahlreiche Pilger.
Im Gefolge der Reformation änderte sich nach 1560 das Verhältnis zwischen der katholischen Abtei und den evangelischen Grafen in Hachenburg grundlegend. In den Jahren 1567-1582 versuchten die Grafen, die Abtei aufzuheben, indem sie den Abteileuten Sittenverfall, Leben in Üppigkeit und Wollust vorwarfen. Die mehrfach durchgeführten Visitationen und Reformationen, die der geistliche Vorsteher der Abtei, der Abt von Heisterbach, anordnen ließ, brachten aber keine Bestätigung der Vorwürfe. Doch der Streit mit den Grafen sollte bis zur Aufhebung der Abtei im Jahr 1803 nicht mehr enden.
Im Dreißigjährigen Krieg (16181-1648) wurde die Abtei in den Strudel der politischen Ereignisse hineingezogen. Im Jahr 1633 beschlagnahmten die Schweden Abtei und Abteigüter mit all seinen Besitzungen. Die Pestwelle des Jahres 1636 fand auch im Abteibereich ihre Opfer.
Während der Koalitionskriege Ende des 18. Jahrhunderts diente die Abtei lange Zeit als Lazarett. Der "Kaiserliche Friedhof" erinnert noch heute an die Soldaten, die damals im Lazarett verstarben.

Die Abteikirche wurde seit 1227 in drei Bauabschnitten bis jeweils 1243, 1324 und um 1425 errichtet bzw. ausgebaut. Nach dem "Großen Krieg" (1618-1648) wurde unter Abt Benedikt Bach (1688-1720) der Kirchbau einer umfassenden Barockisierung unterzogen und unter Abt Petrus Emons (1734-1751) 1747 das neue Klostergebäude mit dem charakteristischen Mittelpavillon eingeweiht. Heute gilt die Kirche als eines der ältesten gotischen Bauwerke in Deutschland.[Anm. 11]