Weidenhahn ist wohl zu Beginn des 11. Jahrhunderts gegründet worden. Im Jahr 1043 schenkte Wigger, Graf im Engersgau, dem Koblenzer Kastorstift sein Gut Freilingen, aus der später am Rande des Engersgaus die Grundherrschaft Weidenhahn hervorgegangen ist.[Anm. 1]

Ein Weistum des 12. Jahrhunderts nennt Weidenhahn als Besitz des Stiftes St. Kastor.[Anm. 2] Wohl aus dieser Nachricht ist allgemein die Zeit »um 1200« als erste urkundliche Nennung Weidenhahns hergeleitet worden.
Die Gemeinde ist aus zwei Haufensiedlungen zusammengewachsen. Die heutige Hauptstraße verbindet beide Ortsteile. An ihr stehen noch heute repräsentative Bruchsteinhäuser, die vom früheren Wohlstand der Gemeinde zeugen.
Der Ortsname wurde über die Jahrhunderte immer wieder anders geschrieben: Von Weidenhagen über Weidenhayn, Widinhane, Weidinhan, Weidenhayn, Wydenhan, Weydenhan, Weidenhan, Obernn Waidenhain (1563) setzte sich der heutige Ortsname Weidenhahn dann durch.[Anm. 3]

Aus der Grundherrschaft des Stiftes St. Kastor ist die Vogtei Weidenhahn hervorgegangen. Die Vogtei Weidenhahn, 1300 als advocatissa de Widinhane erstmals erwähnt, besaßen im Jahr 1336 die Grafen von Nassau-Hadamar.
Im Jahr 1352 trug Graf Emich II. von Nassau-Hadamar (1328-1359) die Vogtei dem Kölner Erzstift zu Lehen auf. Auch sein Sohn Graf Johan von Nassau-Hadamar (1331-1365) trug die Vogtei als Lehen der Kölner Erzbischöfe . Nassau-Hadamar besaß noch 1359 und 1367 die Vogtei, von der Graf Ruprecht von Nassau 1374 ein Viertel an Nassau-Dillenburg abtreten musste.
Ein Drittel der Vogtei trug 1383 Salentin von Isenburg von Graf Ruprecht von Nassau zu Lehen. Anna von Nassau-Hadamar (1362-1403) verkaufte im Jahr 1403 die Vogtei für 2.000 Gulden ihrem Stiefsohn Graf Johann von Katzenelnbogen (1403-1444). Als Anhängsel der Herrschaft Hadamar teilte die Vogtei in der Folge deren Schicksale.
Rorich vom Stein genannt Schaup verpfändet 1434 die Vogtei Weidenhahn, die ihm gegen das St. Kastorstift zugesprochen worden war, für 1.236 Gulden an Johan von Heuchelheim und Dietrich Bertram von Herschbach auf sechs Jahre.
Das St. Kastorstift verkaufte Vogtei und Gericht zu Weidenhahn mit allem Recht, Herrlichkeit, Nutzung, Zinsen, Renten und Gülten im Jahr 1439 dem Johan von Heuchelheim, doch handelte es sich dabei offensichtlich nur um den stiftischen Fronhof, den dessen Erben in der Folge besaßen, während die Vogtei als Lehen der Herrschaft Hadamar die von Herschbach und ihre Erben innehatten.
Im 15. und 16. Jahrhundert war die Vogtei bereits stark zersplittert.[Anm. 4] Im 17. Jahrhundert ging die Vogtei als solche dann verloren.[Anm. 5]

Ortsherren in Weidenhahn waren zunächst die Grafen von Nassau. Der Ort kam 1303 mit der nassauischen Teilung an Nassau-Diez.[Anm. 6] Graf Ruprecht von Nassau (1362-1390) gab im Jahr 1383 Weidenhahn dem Grafen Salentin von Isenburg Weidenhahn als Mannlehen aus,[Anm. 7] blieb aber weiterhin Bestandteil der Grafschaft Diez. Weidenhahn gehörte zum Gericht Meudt. Im Zuge des Diezer Vertrags vom 27. Juli 1564 fielen das Gericht und das Kirchspiel Meudt, und damit auch Weidenhahn, an das Kurfürstentum Trier.

Im 16. Jahrhundert gehörte Weidenhahn diesseits »der Bach« zum Gerichtsbezirk des Bannes Maxsain, der damals als Lehen dem Trierer Erzstift unterstand.[Anm. 8] Nach dem Ende des Trierer Kurstaates, kam Weidenhahn im Jahr 1802 wieder zum neugebildeten Herzogtum Nassau. Nach dem verlorenen Krieg 1866 wurde das Herzogtum Nassau vom Königreich Preußen annektiert. Weidenhahn gehörte seitdem zur preußischen Provinz Hessen und Nassau und teilte deren weiteres Schicksal.
Seit 1972 ist Weidenhahn Teil der Verbandsgemeinde Selters.

Bereits im 15. Jahrhundert verfügte Weidenhahn über eine Ortsverwaltung, die an für das Dorf wichtigen Ereignissen teilnahm. Als am 27. Oktober 1434 Rorich vom Stein genannt Schaup, dem Johan von Heuchelheim seinen Anteil an der Vogtei überließ, werden der Weidenhahner Schultheiß Contze, der Sohn des Meckel Kusener, der Vogt Contze von Rodenbach sowie Heyppel von der Seyne, Heyncze Leusgen, Henne Karren, Henne Mulner und Hermann (Heyrman) von Weydenhan genannt.[Anm. 9]

Weidenhahn ist besonders für seinen gelb-braunen »Weidenhahner Trachyt« berühmt. Er wird noch heute im nahen Steinbruch zwischen dem »Oberdorf« und der nahe gelegenen Bundesstraße 8 gebrochen. Als behauener Stein hat er das Ortsbild von Weidenhahn und seiner Umgebung stark geprägt. Auch am Kölner Dom, an der Abtei Maria Laach, an Brücken und Fassaden zahlreicher Bauten ist Weidenhahner Trachyt verwendet worden. Ansonsten ist im Westerwald in nennenswerter Weise nur noch in Selters und in Wölferlingen Trachyt abgebaut worden.

Weidenhahn prägt ein reges Vereinsleben, darunter die freiwillige Feuerwehr (gegr. 1893), der Männergesangverein »Liederkranz« (gegr. 1900) und der Möhnenverein (gegr. 1965)[Anm. 10]