Nachdem der Trierer Erzbischof im Jahr 1018 den Königshof nebst reichem Grundbesitz, die abbatia und das Münz- und Zollrecht in Koblenz gewonnen hatte, erwarb er bald danach (1020) die Burg Ehrenbreitstein und sicherte (später auch mit dem Bau der Burg Helfenstein) seine strategische Stellung am Zusammenfluss von Rhein und Mosel weiter ab. Erzbischof Hillin ließ Birg Ehrenbreitstein um 1160 weiter ausbauen. Die Herren von Helfenstein wohnten zwischen dem 12. und 16. Jahrhundert auf dem südlich vorgelagerten Helfenstein. Unter Erzbischof Richard von Greiffenklau (1511-1531) wurde der Ehrenbreitstein zur Festung ausgebaut.
Auch das Tal Mühlheim/Philippstal war besiedelt und gewann mit dem Bau des Augustinereremitenklosters (1494, des Schlosses Philippsburg (1626/29) und  des Kapuzinerklosters (1627) weiter an Bedeutung.
Am 5.6.1632, mitten im Dreißigjährigen Krieg (1618-1648) wurden Koblenz und die Festung von den Franzosen besetzt. 1636 wurde Koblenz durch kaiserliche Truppen unter Feldmarschall Graf von Goertz bombardiert. Am 2.7.1636 erfolgte im Zuge eines französischen Ausfalls die fast völlige Zerstörung von Philippstal und dem Kloster zerstört. Die Festung ergab sich am 16.6.1637 dem Reitergeneral Jan von Werth, nachdem den Verteidigern freier Abzug gewährt worden war.
Den Kurfürsten diente Ehrenbreitstein weiter als Residenz. 
1672 wurde der Ort Ehrenbreitstein mit in die Befestigungsanlage einbezogen. Kurfürst Johann Hugo von Orsbeck verlegte die gesamte Verwaltung des Kurstaates nach Ehrenbreitstein.
Truppen Ludwigs XIV. belagerten 1688 auch den Ehrenbreitstein, konnten die Festung aber nicht einnehmen.
Auch unter den Kurfürsten Franz Georg von Schönborn (1729-1756) und Johann Philipp von Walderdorff (1756-1768) blieb Ehrenbreitstein die erzbischöfliche Hauptresidenz in der Rheingegend. Es entstanden der Dikasterialbau (1739-49) und der Marstall (1764). Erst der letzte Kurfürst Clemens Wenzeslaus verlegte die Residenz dann ins 1786 fertiggestellte Schloss nach Koblenz.
Nach dem Zusammenbruch des Kurstaates im Jahr 1794 im Zusammenhang mit dem Einmarsch französischer Revolutionstruppen zog sich die Regierung über den Reststaat zunächst nach Montabaur zurück, um 1796 wieder nach Ehrenbreitstein verlegt zu werden. Die seit dem 20. Oktober 1795 belagerte und dann ausgehungerte Festung wurde am 27. Januar 1799 von ihrem Kommandanten Oberst Faber den Franzosen kampflos übergeben. Als diese gemäß des Friedens von Lunéville 1801 abziehen mussten, sprengten sie die Festung und die Philippsburg im Tal in die Luft. Ehrenbreitstein kam aufgrund der Bestimmungen des Reichsdeputationhauptschlusses zunächst an das Herzogtum Nassau und wurde dann nach den territorialen Veränderungen des Wiener Kongresses am 3.7.1815 dem Königreich Preußen zugeschlagen.
Zwischen 1816 und 1832 wurde der Ehrenbreitstein dann von dem ehemaligen russischen Oberst General von Aster und dem Ingenieurhauptmann Freiherr von Huene zur mächtigen Festung ausgebaut. Sie war Teil der Festung Koblenz, das das Rheinland gegen einen erneuten Einmarsch der Franzosen schützen sollten. Zu Ende des 1. Weltkrieges wurde der Ehrenbreitstein 1918 durch die Amerikaner besetzt. Aufgrund der Bestimmungen des Versailler Vertrages wurden weite Teile der Festung zwischen 1920 und 1927 zerstört.
Am 1. Juli 1937 wurde Ehrenbreitstein nach Koblenz eingemeindet.