Politische Bedeutung hatte Linz seit dem 15. Jahrhundert als Kopf der „Linzer Union“, eines Schutz und Verteidigungsbündnisses kleiner mittelrheinischer Städte und Orte. 1517-27 wurde das Bürger-/Rathaus an Stelle eines Vorgängerbaus errichtet. Auch während der Reformationswirren unter Kurfürst Hermann von Wied in den 1540er Jahren spielte Linz eine wichtige Rolle. Der Kurfürst versuchte 1542/43, die Reformation in Linz einzuführen und hatte dabei Unterstützung vom Stadtrat. Erst auf Intervention Kaiser Karls des V. bekannten sich Bürgermeister, Schöffen, Rat und Geschworene 1548 wieder zum alten Glauben. Seit 1707 war Linz kurkölnische Amtsstadt. Ein tiefer Einschnitt in die Entwicklung der Stadt war die Auflösung des Kurfürstentums Köln 1803, was den Verlust zentralörtlicher Funktionen (Amtssitz) und vor allem der Einnahmen aus dem Rheinzoll nach sich zog (endgültige Aufhebung des Zolls 1831). Linz fiel zunächst an das Fürstentum Nassau-Usingen, 1815 dann an Preußen. 1816 wurde der Kreis Linz gebildet, bereits 1822 jedoch dem Kreis Neuwied zugeschlagen. 1856 erhielt Linz die rheinische Städteordnung verliehen. 1970 wurde die Verbandsgemeinde Linz gebildet.

Seine wirtschaftliche Blütezeit hatte Linz im 15. Jahrhundert. Wein, Tuche, Eisenwaren und Walkerde waren seit dem Mittelalter die wichtigsten Handelsgüter, dazu kamen die Einnahmen aus dem Rheinzoll. Nach dem Ende des Kurstaats 1803 erlebte die Stadt in der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts einen dramatischen sozialen und wirtschaftlichen Einbruch, der durch das Auftreten der Reblaus und der daraus folgenden Vernichtung ganzer Weinbergsdistrikte noch verschärft wurde. Die Lage besserte sich zum Ende des 19. Jahrhunderts durch den Anschluss an das rechtsrheinische Eisenbahnnetz 1870 (1886 Fertigstellung erster Bogengruppen des Bahnviadukts am Gestade, 1933 Neubau) und der Gründung der Basalt AG 1888. 1912 wurde zudem die Westerwaldbahn eröffnet. Ein weiteres wichtiges Stadtbein der Linzer Wirtschaft ist seit dieser Zeit der Tourismus. Bereits 1858 legten die ersten Dampfschiffe legen in Linz an, mit dem Beginn der Freilegung verputzter Fachwerkbauten Anfang des 20. Jahrhunderts wurde Linz zur „Bunten Stadt am Rhein“. Ab 1980 wurde das Stadtkerngebiet neu gestaltet, Burgplatz und Neustraße 1983, der Buttermarkt 1984, die Mittelstraße 1985, der Marktplatz sowie der Dr.-Sigmund-Wolf-Platz 1993. Seit 1920 besteht die Partnerschaft mit der österreichischen Stadt Linz an der Donau, seit 1965 mit Marietta/Georgia (USA), seit 1987 mit dem französischen Pornic. Ein Freundschaftsvertrag mit Linz/Sachsen wurde 1991 geschlossen.