Linz gehörte zu kurkölnischem Besitz, jedoch verpfändet an die Grafen von Wied. Dies war für die reformationsgeschichtliche Entwicklung vor Ort entscheidend.

Im Vergleich zu den sie umgebenden Städten gab es eine starke reformatorische Bewegung in der Stadt, nicht nur die lutherische, sondern auch die reformierte Konfession hatte ihre Anhänger, was sich in der Vertreibung katholischer Prediger und einem Bildersturm deutlich machte, der die Stadt durchzog. Linz spielte in der Region in der Zeit der Reformationswirren eine wichtige Rolle. 

Die positive Haltung zum Protestantismus zeigte sich auch darin, dass der Kölner Kurfürst Hermann von Wied, der die Reformation 1542/43 in Linz einzuführen versuchte, Unterstützung vom Stadtrat bekam. Nachdem Hermann von Wied beim Versuch der Kölner Reformation gescheitert und vom Papst seines Amters enthoben worden war, folgte ihm 1547 Adolf von Schaumburg nach, der sofort energisch gegen protestantische Kräfte und Gesinnung in seinem Territorium vorging.

Von Schaumburg ging gewaltsam gegen die Stadt vor, es gab zahlreiche Verhaftungen - jedoch gab es eine große Gegenwehr durch die Bürger, die ihrerseits zu den Waffen griffen und die Prediger befreiten. Letztenendes musste sich die Stadt fügen: sie legten unter Druck das Versprechen ab, der neuen Lehre zu entsagen und die zuvor vertriebenen katholischen Geistlichen wieder in der Stadt willkommen zu heißen. Jedoch war die Intervention und Unterstützung Kaiser Karls V. nötig, damit sich Linzer Bürgermeister, Schöffen, Rat und Geschworene 1548 wieder zum alten Glauben bekannten.

Erzbischof Adolf löste die Pfandschaft des Grafen von Wied, da sich dieser dem neuen Glauben zugehörig fühle. Er wollte die Festsetzung des Katholizismus in der Stadt gesichert wissen.

Im sog. Truchsessischen Krieg (1583-1588) kämpften hauptsächlich die Truppen des Erzbistums Köln gegen Bayern, nachdem Erzbischof Gebhard Truchsess von Waldburg zum Protestantismus bekannte und aus dem Kurstaat ein erbliches, weltliches Territorium machen wollte.

Neben vielen anderen Städten wurde auch Linz im Jahr 1583 belagert und geplündert. Schriftstücke der Zeit belegen, dass auch in jener Zeit noch nicht wenige Bürger der neuen Konfession gegenüber aufgeschlossen waren. Mit der Niederlage des Kölner Erzbischofs und der damit verbundenen dauerhaften Rückgewinnung des Kurstaates für den Katholizismus war die Religionsfrage für Linz jedoch entschieden: jede reformatorische Bewegung wurde unterdrückt, die Stadt streng katholisch gehalten.